PDB-7l15: Marsupial T cell receptor Spl_118

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l15

タイトル

Marsupial T cell receptor Spl_118

要素

T cell receptor gamma chain
T cell receptor mu chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / antigen recognition / IgV domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Wegrecki, M. / Kannan Sivaraman, K. / Praveena, T. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: The molecular assembly of the marsupial gamma mu T cell receptor defines a third T cell lineage.
著者: Morrissey, K.A. / Wegrecki, M. / Praveena, T. / Hansen, V.L. / Bu, L. / Sivaraman, K.K. / Darko, S. / Douek, D.C. / Rossjohn, J. / Miller, R.D. / Le Nours, J.

履歴

登録	2020年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l15.cif.gz	223.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l15.ent.gz	147.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l15	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k0xC 7k0zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aa3-3 4jy5-d 6syi-d 6jsz-d 2x6v-d 4fbw-2 1hwo-d 6bmr-2 5obf-d 1z05-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T cell receptor mu chain

B: T cell receptor gamma chain

ヘテロ分子

50.9 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.396, 82.705, 108.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

T cell receptor mu chain

分子量: 24182.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: タンパク質

T cell receptor gamma chain

分子量: 26046.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→45.34 Å / Num. obs: 24810 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 50.41 Å² / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2247 / R_pim(I) all: 0.376

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 2.25→45.34 Å / SU ML: 0.2722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8673
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	1235	4.99 %
R_work	0.1808	23517	-
obs	0.1831	24752	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3325	0	42	101	3468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	3454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	4697
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0534	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2211	1246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.34	0.2972	123	0.2469	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.45	0.3337	158	0.2459	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.58	0.2959	153	0.2353	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.74	0.2714	124	0.2307	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.95	0.2793	125	0.2195	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.95-3.24	0.2653	138	0.2062	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.247	136	0.1792	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.68	0.1728	143	0.1429	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.68-45.34	0.195	135	0.1631	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.154341170364	0.106073083266	-0.0616067920161	0.124893719512	0.0022514632196	0.363551449594	0.238987792019	0.193633875	0.0937746499175	-0.39698211699	-0.222269437949	-0.254242201271	0.136332545426	0.071233393481	-6.98038163938E-5	0.434824166995	0.049136618199	0.0319701108566	0.459742756618	0.0904006822832	0.437661116648	-15.893938113	-7.20364138069	-14.6045223325
2	0.41184982785	-0.0474575125607	-0.331479136693	0.0767278416822	-0.156084773756	0.40398003014	-0.132168399666	0.500087648832	0.484226113321	-0.232377906683	0.0509130827978	-0.65660851766	0.25944356383	-0.42469772323	-0.021067439609	0.39199841955	0.0589230909742	0.0735875172652	0.544274769282	0.20118566492	0.474887531837	-12.5815245108	-5.58612076978	-19.6083430822
3	0.107015321034	-0.236312562847	-0.0716422631049	0.182606872688	0.0530982974681	0.0473084635665	-0.0636323703281	0.245158466199	0.24902615877	0.396803004569	-0.0124072278637	-0.395140767586	-0.212950829808	0.110744053705	-0.000142205552025	0.419139912943	0.0402465169428	0.0434422285533	0.4635823182	0.0790391441145	0.451053788297	-11.4032662787	-7.31671673146	-3.3879157377
4	0.089583325218	-0.164068678665	-0.121756759267	1.04167955041	0.831905575599	1.29636416618	0.19752499758	-0.0241794076952	1.01128619188	0.142668526807	-0.00939164651922	-1.02372379242	-0.0144508896705	0.618383859529	0.178786360625	0.283296434196	-0.0210346615189	0.137110520447	0.50020509208	0.199018738058	0.677989331857	-2.38759763676	-6.674293438	-12.8178799931
5	0.421287242493	-0.00917042604943	-0.00140132110405	0.644426118222	0.151769944427	0.0839577622849	-0.0665502060111	0.186773218638	0.108773519015	-0.119897124744	-0.319728683811	-0.574470557486	-0.405478520244	-0.16240924475	0.00041291350702	0.555093389197	0.0893116432948	0.0691526792903	0.502503727454	0.117239353214	0.463257403719	-6.80515336899	-14.4249174771	-12.8241467287
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7	0.590178687162	0.137531057574	-0.143478323198	0.230410322916	-0.355842800644	0.278144782495	-0.00453810767555	0.273224951552	-0.0463250764366	0.278328089432	-0.160547220293	-0.0224063073623	-0.0964088159345	0.248799751557	0.000147879992773	0.380748761002	-0.0241649028897	-0.0208490412938	0.303644361854	0.0436940523147	0.356479881649	-11.5839762736	-20.8373179164	-2.38336666638
8	0.255185061314	0.32073470415	0.174658438825	0.336830469172	0.0567771989836	0.125365340355	0.113981847225	-0.307429024241	0.104921641833	0.0587364349878	0.0150050976267	0.211865207969	0.059647720849	-0.251841266985	-0.000351217284646	0.468241637396	-0.00240228259059	0.0198600123265	0.611194572772	0.0348458108826	0.372648611183	-12.5345513587	-31.1909703711	25.1107176134
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12	0.743920388474	-0.156214367198	-0.115388998962	0.572112510183	-0.355856834005	0.811572283075	-0.0436357571254	-0.0876354920305	0.349765013636	0.498954308124	0.00842120798648	-0.466472122477	-0.34209277434	-0.231618304597	0.000120052182247	0.631685936602	0.0502040128127	-0.0617987961482	0.314254704755	-0.0410228391025	0.571979345385	-21.0264525454	9.26548618083	2.20345734068
13	0.748045426566	-0.140869835418	0.378820086152	0.793703040769	-0.536275583013	1.20862408349	-0.113652858087	-0.262722712963	0.230499834135	0.187008616497	0.119888996454	-0.179901298845	-0.273621151174	-0.0554646196569	-0.000179838819776	0.390699704307	-0.00422772294701	0.010135943604	0.371599396191	-0.0388035948574	0.349398390291	-16.262110206	-11.1471000263	13.9661105606
14	0.537138142258	-0.620856495082	-0.565392608477	2.34220148658	-0.358392054813	1.3145659537	-0.0921180442303	-0.219261871881	0.125577347301	0.0040687542595	0.100636680511	-0.180213465154	-0.235079169662	-0.0295413307146	-1.922745682E-5	0.420159040481	-0.0258178496359	-0.057490649335	0.409114391757	-0.00969769609868	0.405635953192	-10.1949147548	-14.5218447555	20.3141561327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 155 through 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 182 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 205 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 206 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 224 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 240 through 261 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 262 through 277 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 278 through 317 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 318 through 343 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 40 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 41 through 84 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 85 through 150 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 151 through 222 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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