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Yorodumi- PDB-6syi: C-TERMINAL DOMAIN OF INFLUENZA POLYMERASE PA SUBUNIT AND OPTIMIZE... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6syi | ||||||
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Title | C-TERMINAL DOMAIN OF INFLUENZA POLYMERASE PA SUBUNIT AND OPTIMIZED SMALL PEPTIDE INHIBITOR | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / neuraminidase / influenza / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / cap snatching / endonuclease activity / host cell cytoplasm / Hydrolases; Acting on ester bonds / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Hejdanek, J. / Pachl, P. | ||||||
Funding support | Czech Republic, 1items
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Citation | Journal: Antiviral Res. / Year: 2020 Title: structural characterization of the interaction between the C-terminal domain of the influenza polymerase PA subunit and an optimized small peptide inhibitor. Authors: Hejdanek, J. / Radilova, K. / Pachl, P. / Hodek, J. / Machara, A. / Weber, J. / Rezacova, P. / Konvalinka, J. / Kozisek, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6syi.cif.gz | 194.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6syi.ent.gz | 152.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6syi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6syi_validation.pdf.gz | 454.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6syi_full_validation.pdf.gz | 457.7 KB | Display | |
Data in XML | 6syi_validation.xml.gz | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6syi_validation.cif.gz | 30.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2znlS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52939.637 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Wisconsin/629-D00036/2009(H1N1)) Gene: PA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: D4HIS2, Hydrolases; Acting on ester bonds | ||||
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#2: Protein/peptide | Mass: 1286.495 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||
#3: Chemical | ChemComp-PGE / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1 M HEPES; pH 7.5, 35% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jan 10, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→43.043 Å / Num. obs: 74825 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.564 % / Biso Wilson estimate: 35.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 13.42 / Num. measured all: 491165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ZNL Resolution: 1.6→34.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2046 / WRfactor Rwork: 0.1773 / FOM work R set: 0.6984 / SU B: 5.415 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.0789 / SU Rfree: 0.0809 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.85 Å2 / Biso mean: 38.131 Å2 / Biso min: 19.75 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→34.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.639 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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