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- PDB-7l0o: Streptococcus gordonii C123 Domain(s)-Structural and Functional A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l0o
タイトルStreptococcus gordonii C123 Domain(s)-Structural and Functional Analysis
要素Agglutinin receptor
キーワードCELL ADHESION / Streptococcus gordonii / SspB / C-terminal Domain / Agglutinin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Antigen I/II, N-terminal ...Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Antigen I/II, N-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Adhesin P1 N-terminal domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schormann, N. / Deivanayagam, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analysis of the C-terminal region of Streptococcus gordonii SspB.
著者: Schormann, N. / Purushotham, S. / Mieher, J.L. / Patel, M. / Wu, H. / Deivanayagam, C.
履歴
登録2020年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin receptor
B: Agglutinin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7226
ポリマ－112,5622
非ポリマー1604
水73941
1
A: Agglutinin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3613
ポリマ－56,2811
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Agglutinin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3613
ポリマ－56,2811
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.049, 109.140, 204.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 916 through 958 or resid 960...
21(chain B and (resid 916 through 1263 or resid 1278 through 1407 or resid 1502 through 1503))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 916 through 958 or resid 960...A916 - 958
121(chain A and (resid 916 through 958 or resid 960...A960 - 1018
131(chain A and (resid 916 through 958 or resid 960...A1021 - 1407
141(chain A and (resid 916 through 958 or resid 960...A1502 - 1503
211(chain B and (resid 916 through 1263 or resid 1278 through 1407 or resid 1502 through 1503))B916 - 1263
221(chain B and (resid 916 through 1263 or resid 1278 through 1407 or resid 1502 through 1503))B1278 - 1407
231(chain B and (resid 916 through 1263 or resid 1278 through 1407 or resid 1502 through 1503))B1502 - 1503

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要素

#1: タンパク質 Agglutinin receptor / SSP-5


分子量: 56281.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
遺伝子: ssp5, sspB / プラスミド: pET23-d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16952
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.5M NaCl, 0.1M citric acid, pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.592 Å / Num. obs: 60235 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 2.102 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4493 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.863 / Rrim(I) all: 2.276 / Χ2: 0.94 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA0.7.3データスケーリング
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QE5, 2WOY

3qe5

2woy


解像度: 2.7→48.592 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 2844 4.74 %
Rwork0.2184 57139 -
obs0.2201 59983 96.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.54 Å2 / Biso mean: 89.7616 Å2 / Biso min: 45.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7466 0 4 41 7511
Biso mean--125.81 64.84 -
残基数----955
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2830X-RAY DIFFRACTION9.933TORSIONAL
12B2830X-RAY DIFFRACTION9.933TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.7466 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4132 140 -
Rwork0.3716 2882 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4212-0.77360.00253.9748-0.73991.892-0.08430.18620.5677-0.30810.0234-0.0273-0.41720.0561-0.04230.8307-0.0581-0.25530.14970.07561.1287-31.433233.07616.2426
21.5113-1.43371.12713.772-3.02632.43530.08610.2618-0.0661-0.0236-0.0479-0.21050.61090.37060.07930.9790.1127-0.22290.2338-0.00750.8053-18.3695-3.327620.7805
30.02770.1956-0.09351.0751-0.56080.28820.0464-0.1723-0.2640.34880.37050.64170.1837-0.2816-0.22731.45420.0547-0.20450.17940.17121.0849-17.3173-29.577845.372
41.46540.09940.63496.6222.21732.9149-0.17310.3085-0.4947-0.82130.0081-0.07580.0549-0.04690.14590.8385-0.1550.20030.299-0.11070.9473-3.5028-84.5394-0.7174
50.61570.4605-0.15013.57382.5232.2161-0.34020.12160.112-0.3464-0.04760.1038-0.5287-0.33170.28721.13750.0916-0.26410.1736-0.05860.8281-5.0998-46.485118.9948
60.54840.1768-0.06322.60490.84360.86250.1469-0.00490.0974-0.13830.2136-0.615-0.20110.257-0.40021.3719-0.0668-0.28930.1687-0.11561.08696.839-15.057741.8257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 915 through 1078 )A915 - 1078
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1079 through 1227 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1228 through 1407 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 916 through 1072 )B916 - 1072
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1073 through 1260 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1261 through 1407 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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