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- PDB-7l0i: Ligand-free YopH G352T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l0i
タイトルLigand-free YopH G352T
要素Protein-tyrosine-phosphatase
キーワードHYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Shen, R.D. / Hengge, A.C. / Johnson, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01GM112781 米国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Single Residue on the WPD-Loop Affects the pH Dependency of Catalysis in Protein Tyrosine Phosphatases.
著者: Shen, R. / Crean, R.M. / Johnson, S.J. / Kamerlin, S.C.L. / Hengge, A.C.
履歴
登録2020年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8362
ポリマ－33,5981
非ポリマー2381
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.135, 56.296, 98.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein-tyrosine-phosphatase


分子量: 33597.938 Da / 分子数: 1 / 変異: G352T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌)
遺伝子: yopH, Y0013, YPCD1.67c, G4D65_20050, G4D67_19670, GD372_22270
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68720, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, and 15-34 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 17704 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.03-2.130.9614310.4670.5781.1331.00279.6
2.1-2.193.70.66816340.7040.3640.7671.06789.3
2.19-2.294.10.63117380.7630.3270.7161.08294.5
2.29-2.414.60.53217150.8730.2610.5961.05195
2.41-2.5650.46617240.9160.2190.5181.07593.3
2.56-2.766.40.418360.950.1690.4361.07499.6
2.76-3.0370.29118520.9620.1180.3151.027100
3.03-3.476.70.18918670.9840.0770.2051.04799.8
3.47-4.377.10.1219040.9920.0470.1291.04699.8
4.37-506.50.08620030.9960.0350.0931.03999.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YAA

4yaa


解像度: 2.02→49.17 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 875 4.99 %
Rwork0.2017 16674 -
obs0.2043 17549 94.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.37 Å2 / Biso mean: 34.9746 Å2 / Biso min: 22.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 15 141 2270
Biso mean--41.99 35.79 -
残基数----282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.02-2.140.37521230.3489226479
2.14-2.310.32471380.2742269894
2.31-2.540.38041410.2365272394
2.54-2.910.25571550.21162940100
2.91-3.660.25721550.18552958100
3.66-49.170.17971630.15443091100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6582-0.080.37131.2307-0.86371.86630.01310.00220.16310.1064-0.04860.0306-0.08660.07670.0260.17450.0090.03050.1811-0.02340.4606-12.567516.6721-20.2158
21.7390.5144-0.71570.5046-0.07611.175-0.0281-0.0987-0.13930.0179-0.0594-0.02550.10670.04070.08630.24730.0108-0.01490.20460.01180.5567-14.2312-0.4491-14.4977
31.0970.13860.74472.7594-0.41391.9742-0.06230.00150.1096-0.07410.01710.2236-0.0077-0.05030.03140.20930.01030.01840.2008-0.00840.4675-19.334711.338-28.3808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 187 through 287 )A187 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 288 through 386 )A288 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 387 through 468 )A387 - 468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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