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- PDB-3bd0: Crystal structure of Memo, form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bd0
タイトルCrystal structure of Memo, form II
要素Protein MEMO1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / alpha/beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule-based process / ERBB2 Regulates Cell Motility / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
MEMO1 family / Memo-like protein / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein MEMO1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Qiu, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Memo Is Homologous to Nonheme Iron Dioxygenases and Binds an ErbB2-derived Phosphopeptide in Its Vestigial Active Site.
著者: Qiu, C. / Lienhard, S. / Hynes, N.E. / Badache, A. / Leahy, D.J.
履歴
登録2007年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MEMO1
B: Protein MEMO1
C: Protein MEMO1
D: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,2445
ポリマ－133,1384
非ポリマー1061
水1,13563
1
A: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3912
ポリマ－33,2851
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein MEMO1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2851
ポリマ－33,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein MEMO1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2851
ポリマ－33,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein MEMO1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2851
ポリマ－33,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.877, 88.307, 97.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 5 - 297 / Label seq-ID: 1 - 293

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Protein MEMO1 / Mediator of ErbB2-driven cell motility 1 / Protein memo / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus ...Mediator of ErbB2-driven cell motility 1 / Protein memo / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated protein 7


分子量: 33284.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEMO1, C2orf4, NS5ATP7 / プラスミド: pHT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y316
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystal was grown in 22.5% PEG 3350, 0.1 M MES pH 5.5. Soaked in 5 mM ZnCl2, 22.5% PEG 3350 pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97989 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日
放射モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 24559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.116.50.62624040.75899.8
3.11-3.2370.52724190.77199.9
3.23-3.387.30.42424020.83299.8
3.38-3.567.40.32824280.9599.9
3.56-3.787.40.25424231.0799.9
3.78-4.077.40.21324411.004100
4.07-4.487.40.16224581.093100
4.48-5.127.40.14124630.93100
5.12-6.447.30.16125040.863100
6.44-306.80.08426171.07599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BCZ

3bcz


解像度: 3.01→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 21.523 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1249 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.217 24472 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.753 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2--3.57 Å20 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9356 0 0 70 9426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0219612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.93713017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62551168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67123.509456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.221151600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8741556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.24162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.26484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6141.55991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94429400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25834157
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1484.53617
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1172TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B1172TIGHT POSITIONAL0.040.05
3C1172TIGHT POSITIONAL0.050.05
4D1172TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1167MEDIUM POSITIONAL0.540.5
2B1167MEDIUM POSITIONAL0.420.5
3C1167MEDIUM POSITIONAL0.40.5
4D1167MEDIUM POSITIONAL0.490.5
1A1172TIGHT THERMAL0.060.5
2B1172TIGHT THERMAL0.060.5
3C1172TIGHT THERMAL0.060.5
4D1172TIGHT THERMAL0.050.5
1A1167MEDIUM THERMAL0.52
2B1167MEDIUM THERMAL0.432
3C1167MEDIUM THERMAL0.442
4D1167MEDIUM THERMAL0.492
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 92 -
Rwork0.27 1650 -
all-1742 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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