+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l00 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of C. difficile Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabK) in Complex with an Inhibitor | ||||||
![]() | Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Enoyl ACP reductase / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitronate monooxygenase / nitronate monooxygenase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / dioxygenase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akhtar, A. / Santarsiero, B.D. / Hevener, K.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of C. difficile Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabK) in Complex with an Inhibitor 著者: Jones, J.A. / Hevener, K.E. / Alghanim, L. / Akhtar, A. / Santarsiero, B.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 498.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 405.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2z6jS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33200.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fabK, BN1095_450087, BN1096_560086, BN1097_540088, cdgr_10495, E5F33_11835, E5F39_12870, E5F43_13130, FQN08_05765, SAMEA1402373_02260, SAMEA1402406_01811, SAMEA1402410_02165, SAMEA1710795_ ...遺伝子: fabK, BN1095_450087, BN1096_560086, BN1097_540088, cdgr_10495, E5F33_11835, E5F39_12870, E5F43_13130, FQN08_05765, SAMEA1402373_02260, SAMEA1402406_01811, SAMEA1402410_02165, SAMEA1710795_00230, SAMEA2239407_02705, SAMEA3374989_02524, SAMEA3375037_01248, SAMEA3375041_00754, SAMEA708418_02261 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A031WIF2, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), nitronate monooxygenase |
---|
-非ポリマー , 5種, 729分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/XCJ.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/XCJ.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-XCJ / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.0M Tris(base) ;1.0M BICINE pH8.5, 25% PEG (w/v)3350 , 25% (v/v)PEG 1000, 25% (v/v) MPD, amino acids 0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine ...詳細: 1.0M Tris(base) ;1.0M BICINE pH8.5, 25% PEG (w/v)3350 , 25% (v/v)PEG 1000, 25% (v/v) MPD, amino acids 0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月1日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.72→37.28 Å / Num. obs: 137306 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 624006 / Scaling rejects: 137 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2Z6J 解像度: 1.72→36.69 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.77 Å2 / Biso mean: 34.0976 Å2 / Biso min: 13.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.72→36.69 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|