PDB-7kzy: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kzy

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM778 (3-methyl-N-(1-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)ethyl)-4-(1-(6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl)cyclopropyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide)

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Deng, X. / Phillips, M. / Tomchick, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Potent Antimalarials with Development Potential Identified by Structure-Guided Computational Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series.
著者: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / Shackleford, ...

履歴

登録	2020年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・要旨	7kzy_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	7kzy_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/7kzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/7kzy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kykC 7kyvC 7kyyC 7kz4C 7l01C 7l0kC 3i65S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kz4-2 7l01-2 7kzy-2 2p5b-1 6evg-d 6wt2-2 2uxt-1 6wt2-1 5fex-d 6n1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

92.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.409, 158.194, 62.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.238, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 45385.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-XCM / 3-methyl-N-[(1R)-1-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)ethyl]-4-{1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]cyclopropyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 417.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂F₃N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 % / 解説: prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50 mM MgCl2, PEG4000 v/v 24%, 100 mM Tris-HCl, pH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid N2 vapor / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→33.03 Å / Num. obs: 90365 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.88 Å² / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.64
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3334 / R_pim(I) all: 0.536 / % possible all: 68.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I65

3i65

解像度: 1.75→33.03 Å / SU ML: 0.1832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 22.957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	1456	2 %
R_work	0.1652	71335	-
obs	0.1659	72791	75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6055	0	144	472	6671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	6338
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2026	8566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.167	2368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.81	0.2749	59	0.2388	2925	X-RAY DIFFRACTION	30.88
1.81-1.88	0.2509	84	0.2082	4110	X-RAY DIFFRACTION	43.41
1.88-1.97	0.2456	107	0.1936	5243	X-RAY DIFFRACTION	55
1.97-2.07	0.2056	127	0.1791	6169	X-RAY DIFFRACTION	65.13
2.07-2.2	0.2106	145	0.1629	7093	X-RAY DIFFRACTION	74.7
2.2-2.37	0.2118	169	0.1601	8278	X-RAY DIFFRACTION	87.02
2.37-2.61	0.2002	188	0.1707	9261	X-RAY DIFFRACTION	97.41
2.61-2.98	0.2132	191	0.1631	9373	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.98-3.76	0.2151	193	0.1625	9440	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.76-33.03	0.1771	193	0.1567	9443	X-RAY DIFFRACTION	98.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.370889380584	0.0943922863729	-0.247236377889	0.388184028034	0.0755350629557	1.20211972177	0.218521964493	-0.184521204092	-0.588921718457	0.139680037859	0.035733425429	-0.186510178976	0.484973829913	0.274444126268	0.178559082311	0.512634071841	0.0829882770757	-0.220592262433	0.159248531197	0.0207662042243	0.442717828074	20.71566502	-56.5882262415	29.9928522593
2	1.12364270284	0.341504473819	0.669576445441	1.44706119171	0.0267744929415	0.588711797589	0.271359205957	-0.143344725072	-0.193151126358	0.258099808556	-0.032657109756	-0.139007245151	0.288167233639	-0.0155726048177	-0.0825969428947	0.185152923547	0.0129154299463	-0.0143881369396	0.113935094057	0.0101095341376	0.132114737376	15.3345467753	-40.8070787306	27.1174100013
3	1.47289948307	0.0748711218708	0.742966496702	1.75065543779	0.158440733652	1.56032547427	0.0373779080006	-0.00544763001019	-0.00603934762272	0.064313156237	0.03896500865	-0.110671773627	-0.169645842633	0.108377208985	-0.073534811291	0.134951985355	0.0260643388108	0.0424100684679	0.134618904524	-0.0271374770352	0.102879120609	18.0902552214	-27.5851378902	23.1773636094
4	0.263652729979	-0.188261542347	0.287549379369	0.841556448702	0.0393009315807	0.736799329651	0.0881625190776	0.130254851574	0.233836632557	-0.061898023861	0.16581836718	-0.313388543898	-0.338509832296	0.239879514253	-0.211605773917	0.113948865961	-0.011053367772	0.27515539812	0.277548068429	-0.0878532360212	0.119845248084	18.8973740403	-27.9826567399	15.3235748292
5	0.933738387597	-0.154238368565	0.635840976817	1.0222148261	0.165009918919	1.08032838313	0.0974456215798	-0.232762391582	-0.141151194997	0.175227916079	0.0479279931959	0.259842009827	0.0757313701813	-0.396491102193	-0.127624841295	0.150273912657	-0.00137808851017	0.0446692252696	0.215598724605	0.0456978111858	0.158406984091	0.145522059537	-37.989876398	23.6590476226
6	0.209080786991	-0.161674860411	-0.0187446886367	0.666918176755	-0.100488634555	1.12322865022	0.179547248901	0.05935239747	-0.354005445314	-0.0619407914348	0.0259098319283	0.118846755238	0.432489570294	-0.239731679981	0.0287395815932	0.384261374542	-0.0140234810197	-0.137483236263	0.0933776927316	-0.00952307488675	0.322771404831	5.7457913639	-52.5306624905	15.1420912897
7	0.674951524456	0.0754591907694	-0.103663531463	0.752421383675	0.333814954971	0.398739350974	-0.310230087043	-0.135263241511	0.48356488059	0.171081001107	0.0458030872153	-0.0441691956152	-0.812432354144	0.127619290767	0.0765378011468	0.494985410856	-0.0299382279107	-0.151609992024	0.192800045415	-0.0123694619804	0.314557270851	31.9370715145	8.13332713425	63.133530318
8	0.163589288955	0.149676394689	-0.125234004352	1.25851989469	-0.355243841707	1.4657801807	-0.146596836035	-0.0114552537044	0.132787503055	0.112697949891	-0.0629558453761	-0.120649613462	-0.33170359218	0.241142319371	0.0831087661783	0.106223362239	-0.0329949794151	-0.0230696195876	0.137526529022	0.0264051983041	0.166892166777	32.5895915526	-7.45828840773	56.8042311524
9	0.966352758404	-0.335192180677	0.599731244731	1.83855093994	-0.0318284569608	2.13036400716	0.000720098994898	-0.0331933972612	-0.0171210218675	-0.0275563150894	0.0537304445169	-0.0365504151797	0.140682997157	0.111781354281	-0.0370912404629	0.0585576592206	0.00349763646044	0.0217767475743	0.11406701043	0.0151453063606	0.117452692261	28.0891619146	-20.857033073	57.0697106105
10	1.16617324758	-0.323222113832	0.438418148178	1.21413621909	0.121933790915	1.44372046355	0.00963783924647	-0.0370156843579	-0.0156331678998	-0.114807764515	-0.0726675743003	-0.0500108470278	0.0802969563468	0.424025287204	-0.0220764603397	0.0521763462727	-0.0130816219535	0.0454359417287	0.257219913663	0.0238300492411	0.144491446229	35.0284888516	-16.2520928045	46.7730712738
11	0.844170676848	0.0487109324341	0.199594826777	1.22214881805	0.175685409668	0.726314226352	-0.207796548406	0.384666682793	0.225265911793	-0.285674904927	-0.00799372334291	-0.0418348973286	-0.565735711342	0.428611952371	0.0576524335873	0.254012812676	-0.0956864608154	-0.0273470875331	0.196045367338	0.0696305441477	0.176783581381	31.2183177221	-1.89566407585	41.4653601467

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -7 through 205 )	A	A	-7 - 205	1 - 53
2	2	chain 'A' and (resid 206 through 282 )	A	A	206 - 282	54 - 134
3	3	chain 'A' and (resid 283 through 376 )	A	A	283 - 376	135 - 230
4	4	chain 'A' and (resid 377 through 435 )	A	A	377 - 435	231 - 259
5	5	chain 'A' and (resid 436 through 528 )	A	A	436 - 528	260 - 352
6	6	chain 'A' and (resid 529 through 566 )	A	A	529 - 566	353 - 390
7	7	chain 'B' and (resid -7 through 205 )	B	E	-7 - 205	1 - 53
8	8	chain 'B' and (resid 206 through 282 )	B	E	206 - 282	54 - 132
9	9	chain 'B' and (resid 283 through 376 )	B	E	283 - 376	133 - 228
10	10	chain 'B' and (resid 377 through 474 )	B	E	377 - 474	229 - 290
11	11	chain 'B' and (resid 475 through 566 )	B	E	475 - 566	291 - 382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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