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Yorodumi- PDB-7kyk: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kyk | ||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM589 (ethyl 3-methyl-4-((4-(trifluoromethyl)benzo[d]oxazol-7-yl)methyl)-1H-pyrrole-2-carboxylate) | ||||||
Components | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Deng, X. / Phillips, M. / Tomchick, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Potent Antimalarials with Development Potential Identified by Structure-Guided Computational Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series. Authors: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / ...Authors: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / Shackleford, D.M. / Mok, S. / Deni, I. / Lawong, A. / Huang, A. / Chen, G. / Wang, W. / Jayaseelan, J. / Katneni, K. / Patil, R. / Saunders, J. / Shahi, S.P. / Chittimalla, R. / Angulo-Barturen, I. / Jimenez-Diaz, M.B. / Wittlin, S. / Tumwebaze, P.K. / Rosenthal, P.J. / Cooper, R.A. / Aguiar, A.C.C. / Guido, R.V.C. / Pereira, D.B. / Mittal, N. / Winzeler, E.A. / Tomchick, D.R. / Laleu, B. / Burrows, J.N. / Rathod, P.K. / Fidock, D.A. / Charman, S.A. / Phillips, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kyk.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kyk.ent.gz | 738.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kyk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kyk_validation.pdf.gz | 4.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kyk_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
Data in XML | 7kyk_validation.xml.gz | 56.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7kyk_validation.cif.gz | 75.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7kyvC 7kyyC 7kz4C 7kzyC 7l01C 7l0kC 3i65S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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-Components
#1: Protein | Mass: 45385.914 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (eukaryote) Strain: isolate 3D7 / Gene: PFF0160c / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) #2: Chemical | ChemComp-XAJ / #3: Chemical | ChemComp-FMN / #4: Chemical | ChemComp-ORO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 48.6 % / Description: rectangle |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.17 M Ammonium acatete, 0.085 M sodium citrate pH 5.6, PEG4000 25.5% v/v, 15% v/v Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: liquid N2 vapor / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 92373 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.09 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4445 / Rpim(I) all: 0.668 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3I65 Resolution: 2.15→43.11 Å / SU ML: 0.1982 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.4982 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→43.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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