PDB-7l01: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l01

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM782 (N-(1-(5-cyano-1H-pyrazol-3-yl)ethyl)-3-methyl-4-(1-(6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl)cyclopropyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide)

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Deng, X. / Phillips, M. / Tomchick, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Potent Antimalarials with Development Potential Identified by Structure-Guided Computational Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series.
著者: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / Shackleford, ...

履歴

登録	2020年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l01.cif.gz	558.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l01.ent.gz	381.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/7l01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/7l01	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kykC 7kyvC 7kyyC 7kz4C 7kzyC 7l0kC 3i65S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tv5-d 6i55-2 7l0k-2 6gjg-2 4cq9-2 5del-d 3o8a-d 6vty-2 4orm-d 7kyk-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

92.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.059, 158.027, 61.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 45385.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-XCV / N-[(1R)-1-(5-cyano-1H-pyrazol-3-yl)ethyl]-3-methyl-4-{1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]cyclopropyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 428.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉F₃N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50 mM MgCl2, PEG4000 v/v 24%, 100 mM Tris-HCl, pH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→33.39 Å / Num. obs: 114807 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.76 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 17.24
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5062 / R_pim(I) all: 0.489 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I65

3i65

解像度: 1.6→33.39 Å / SU ML: 0.1229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 20.3642
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	1260	1.3 %
R_work	0.1636	95622	-
obs	0.1639	96882	80.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6007	0	146	616	6769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1157	8511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0569	935
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	1079
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.9979	2355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.66	0.2754	52	0.2058	3951	X-RAY DIFFRACTION	29.99
1.66-1.74	0.2091	82	0.2056	6170	X-RAY DIFFRACTION	46.99
1.74-1.83	0.229	117	0.2027	9006	X-RAY DIFFRACTION	68.45
1.83-1.95	0.207	162	0.185	12236	X-RAY DIFFRACTION	92.85
1.95-2.1	0.1881	169	0.1635	12819	X-RAY DIFFRACTION	96.87
2.1-2.31	0.1842	166	0.1498	12583	X-RAY DIFFRACTION	95.95
2.31-2.64	0.1992	171	0.156	13012	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.64-3.33	0.181	170	0.1584	12886	X-RAY DIFFRACTION	97.48
3.33-33.39	0.1729	171	0.1594	12959	X-RAY DIFFRACTION	97.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.925839369545	-0.038626890231	0.263988636325	1.11342328276	-0.186188058297	0.874854629496	-0.0559769325781	-0.0217821683758	0.164975323698	-0.00323802760182	-0.0217271841667	0.0565530086019	-0.21925125713	-0.0300766090201	0.0211802009898	0.328303482308	-0.020550816791	-0.100187843521	0.140645940268	-0.0528947958457	0.220567686479	-0.171801752923	55.0937510615	4.367517304
2	0.53775652168	-0.0562154774786	0.104048529266	0.73238343733	-0.220654891466	0.81724062199	-0.0741858270216	-0.0392576494345	0.0925529125936	-0.0549433392511	-0.0394200652019	0.0516737545409	-0.141063033011	0.0326961415681	0.0636765550641	0.0947250281277	0.010299879494	-0.0104989084661	0.0527448855203	-0.00335194485736	0.0891055593178	-6.16231715119	40.7022781393	-3.69458213489
3	0.903664308568	0.101662863082	-0.059499881105	0.85158678229	-0.334009927142	0.82183620517	-0.0628645498863	-0.0493356079303	0.0210584496469	0.0565294936546	-0.0413501017822	-0.0340469965507	-0.162776338009	0.0608945906275	0.0478065078694	0.0955594049594	-0.00645198873643	0.0138219981737	0.141807118864	-0.0185336756221	0.0644817332501	-1.38589711693	38.8674496969	2.39644125714
4	0.75721659933	-0.0289262305607	0.0112487612375	0.747739418146	-0.0917795333331	0.723733960096	-0.00917109845852	-0.0150334744634	-0.0103665182681	-0.0231371416356	0.0276721950955	-0.0509723194957	0.0355649436777	0.0527390652441	-0.00268939041869	0.0382065064039	0.00955577140819	0.026265132678	0.087005955788	-0.00187446386435	0.0604598603653	-3.89891890912	28.0426751031	-2.97772082768
5	2.84141907471	-0.654225241476	-1.20659720786	2.24373974277	0.357284402198	3.17051095946	-0.0474514214347	-0.00240871723196	-0.225906019758	0.0885312314245	0.0298002476476	0.13360945311	0.193869669597	-0.112604703909	0.0512622387793	0.137421219857	-0.0310044633722	-0.00341217069095	0.117000092004	0.00285694618353	0.0911637441205	-9.16236076144	18.9167441727	-9.43268980605
6	0.93868685915	-0.137048706504	-0.140688778676	0.726505855689	0.24659281066	0.676830016928	-0.0414117491956	0.039135987981	-0.0769930576385	-0.0117560502558	0.0212369270947	0.0227271133892	0.0287919609846	0.0282754634712	0.0317728534611	0.0446856757441	-0.0174342072538	0.0290910266444	0.123632445021	-0.00235044425466	0.0582671194103	-6.60259869039	27.8671071464	-13.5793984846
7	1.94348139724	0.571083186639	0.729360588002	0.508923032542	0.369109102679	0.571322670119	-0.0359782692744	0.0526200189861	0.0513698068071	-0.026577517742	0.0234373992592	-0.205965711115	-0.118530737713	0.200876523802	-0.024481915625	0.0815679409766	-0.0690775847311	0.0181784794097	0.189639769532	0.0159330276224	0.155924669225	10.7954633341	37.6592075466	-11.8913018622
8	0.0973862045105	0.0421054003737	0.097643891462	0.076635818269	0.0128763216218	0.113219388956	-0.0705438845151	0.0758455704815	0.0241418659684	-0.0499889386216	0.00958195583894	-0.0709979954016	-0.0967138416716	0.105754495846	-0.0492036011523	0.143399802414	-0.0982799064373	-0.00712346409186	0.144009325262	0.0415650738907	0.0861514287393	0.0647988085129	41.0615397622	-19.2255261437
9	0.125792341749	-0.0268963227301	0.13110394506	0.172802471272	-0.0631600140294	0.302723966921	-0.0167944534983	0.049358952584	0.0669551322404	-0.0950723634542	0.0160900122502	0.065108145466	-0.0800441909526	-0.0193059848419	0.0309227528298	0.346856405846	-0.0459156532447	-0.118566465991	0.123661201882	0.0621329842212	0.229847907994	-6.49819208373	52.4652889327	-17.3526311788
10	0.476007670663	-0.0617332378536	0.236447952967	0.776005621099	0.0986955610608	1.20617831876	0.0492407115197	0.00363798528578	-0.2114581454	0.0116083728042	-0.00127016787589	-0.0286324671636	0.182052668791	0.0353371505839	-0.0148614662516	0.360450740896	0.0348400751396	-0.152417167408	0.173384438995	0.0183775415781	0.321244776962	20.2814735638	-8.12342291972	29.6375725971
11	0.700165512721	0.0576881377663	0.309518794118	0.693272308946	0.120088015173	0.570092231059	0.0884868196865	0.00460202157673	-0.0893713370208	0.0662826747341	0.0233582746242	-0.104197980359	0.037250918056	0.0609954337244	-0.0676865787211	0.0664255907477	-0.00214415633517	0.0171690948393	0.067363391297	-0.0137410072424	0.0613808867405	16.1728480608	15.7423810752	23.4978920809
12	0.426157893453	-0.0620451141782	0.243546341536	0.524239391218	-0.0834946733992	0.411826347096	0.0888944230559	-0.148610085954	-0.134500761832	0.128165430426	0.0282728132192	0.106570948619	0.0890257649145	-0.184518401227	-0.0192105643557	0.0954990505528	-0.0473431878052	0.0175203095274	0.117311318854	0.044830571921	0.0933854126105	-0.799553299785	10.1519139791	23.8369277247
13	0.234508349403	0.0770975544547	0.194289409136	0.367226941403	0.149925251266	0.499217803627	0.00602260091751	0.0358071604289	-0.0915839935307	-0.0470380916308	-0.0130820515355	0.0520101994167	0.0701643039384	-0.0297083865018	-0.035072505988	0.273324908139	-0.0310822214963	-0.106172402415	0.0949609625673	-0.0207741367703	0.250894538987	4.74705776811	-4.03884887562	15.1653289427

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 159 through 203 )	A	A	159 - 203	1 - 45
2	2	chain 'A' and (resid 204 through 262 )	A	A	204 - 262	46 - 106
3	3	chain 'A' and (resid 263 through 299 )	A	A	263 - 299	107 - 143
4	4	chain 'A' and (resid 300 through 356 )	A	A	300 - 356	144 - 205
5	5	chain 'A' and (resid 357 through 376 )	A	A	357 - 376	206 - 225
6	6	chain 'A' and (resid 377 through 449 )	A	A	377 - 449	226 - 262
7	7	chain 'A' and (resid 450 through 474 )	A	A	450 - 474	263 - 287
8	8	chain 'A' and (resid 475 through 528 )	A	A	475 - 528	288 - 341
9	9	chain 'A' and (resid 529 through 566 )	A	A	529 - 566	342 - 379
10	10	chain 'B' and (resid -7 through 205 )	B	E	-7 - 205	1 - 53
11	11	chain 'B' and (resid 206 through 435 )	B	E	206 - 435	54 - 255
12	12	chain 'B' and (resid 436 through 528 )	B	E	436 - 528	256 - 351
13	13	chain 'B' and (resid 529 through 567 )	B	E	529 - 567	352 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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