PDB-7kye: Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kye

タイトル

Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in complex with CHES

要素

Acetyltransferase PA3944

キーワード

TRANSFERASE / PA3944 / acetyltransferase / GNAT Superfamily / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / Acetyltransferase PA3944

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in complex with CHES
著者: Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Minor, W.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kye.cif.gz	97.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kye.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kye_validation.pdf.gz	886.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kye_full_validation.pdf.gz	886.1 KB	表示
XML形式データ	7kye_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7kye_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eddS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mro-d 7kps-1 6edv-d 7kpp-1 5khp-3 7kyj-1 3ofk-2 3gcd-2 2x1z-d 2g03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.208, 44.075, 97.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT 分子量: 22080.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.2 uL of 20 mg/mL protein incubated with 2.5 mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (20%w/v PEG 8K, 100mM CHES pH=9.5 (Emerald - Wizard Full (I & II) #1) and equilibrated against ...詳細: 0.2 uL of 20 mg/mL protein incubated with 2.5 mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (20%w/v PEG 8K, 100mM CHES pH=9.5 (Emerald - Wizard Full (I & II) #1) and equilibrated against well solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci).

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %

結晶化

温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.2 uL of 20 mg/mL protein incubated with 2.5 mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (20%w/v PEG 8K, 100mM CHES pH=9.5 (Emerald - Wizard Full (I & II) #1) and equilibrated against ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 13814 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.147 / Χ²: 1.104 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 84478

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	3.7	0.512	554	0.836	0.266	0.581	0.823	78.7
1.96-2	3.9	0.474	607	0.799	0.246	0.538	0.788	84.4
2-2.04	4	0.445	591	0.909	0.23	0.505	0.828	84.5
2.04-2.08	4.1	0.417	622	0.861	0.21	0.47	0.816	87.2
2.08-2.12	4.3	0.487	636	0.85	0.243	0.548	0.841	88
2.12-2.17	4.5	0.459	644	0.861	0.224	0.514	0.828	89.9
2.17-2.23	4.7	0.41	653	0.904	0.192	0.456	0.922	93.3
2.23-2.29	4.9	0.483	691	0.886	0.221	0.534	0.866	95.2
2.29-2.36	5.3	0.54	690	0.903	0.236	0.592	0.917	97.2
2.36-2.43	6	0.514	710	0.936	0.216	0.56	0.895	97.9
2.43-2.52	6.4	0.51	710	0.931	0.209	0.553	0.894	100
2.52-2.62	7	0.53	724	0.959	0.209	0.571	0.938	99.7
2.62-2.74	7.5	0.484	733	0.964	0.187	0.52	0.914	100
2.74-2.88	7.8	0.377	722	0.96	0.145	0.405	0.946	100
2.88-3.06	8	0.278	726	0.989	0.105	0.298	1.048	100
3.06-3.3	7.9	0.207	731	0.994	0.079	0.222	1.13	100
3.3-3.63	7.8	0.121	750	0.996	0.046	0.13	1.301	100
3.63-4.16	7.8	0.085	732	0.997	0.033	0.092	1.521	100
4.16-5.24	7.6	0.071	763	0.997	0.027	0.076	1.599	100
5.24-50	6.6	0.066	825	0.997	0.028	0.072	1.838	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EDD

6edd

解像度: 1.93→32.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 10.579 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	659	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1735	-	-	-
obs	0.1753	13113	94.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.93 Å² / B_iso mean: 49.043 Å² / B_iso min: 29.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.7 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→32.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1487	0	69	91	1647
B_iso mean	-	-	54	52.05	-
残基数	-	-	-	-	184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.663	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.1	1.577	3361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.49	5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.132	18.879	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.119	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.666	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	416

LS精密化シェル

解像度: 1.931→1.981 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	38	-
R_work	0.28	773	-
all	-	811	-
obs	-	-	77.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5192	-1.4683	-3.0301	5.4318	-1.4284	8.081	0.0812	-0.0939	0.1942	0.9909	-0.1368	-1.0033	0.3574	1.0047	0.0556	0.6179	0.0058	-0.1612	0.3999	0.0352	0.4674	15.779	-2.42	20.488
2	4.0507	-0.7312	1.7732	2.0633	-0.3688	3.0942	0.0293	0.4239	-0.0385	0.1752	-0.1484	0.1486	0.2072	-0.0562	0.119	0.0798	-0.0275	0.0454	0.2736	-0.0117	0.2634	4.116	1.038	4.571
3	12.3644	1.5567	6.136	5.9311	3.4297	6.6466	-0.0236	0.4195	0.4854	0.1835	0.0154	-0.1843	0.0337	0.1114	0.0083	0.0566	0.0124	0.0151	0.2657	0.0358	0.2501	17.319	4.45	4.498
4	1.6712	1.742	-0.924	5.6817	-0.5307	1.0441	0.0126	0.0725	-0.0374	0.4177	0.0073	-0.1675	0.062	0.1259	-0.0199	0.108	-0.0084	-0.0306	0.1936	0.0119	0.2033	12.972	6.195	12.795
5	3.3722	2.1801	-0.7747	4.7722	-0.2476	0.5886	0.0513	-0.0265	0.1071	0.9773	-0.019	-0.0094	0.0565	0.1187	-0.0324	0.3101	-0.0234	-0.0096	0.1727	0.0029	0.2009	9.252	6.964	18.871
6	8.9179	-0.7147	2.0019	3.8181	-0.1849	3.9949	-0.0362	-0.2116	-0.0455	0.7484	-0.0042	-0.2655	0.1118	0.2394	0.0403	0.2302	-0.0167	-0.0307	0.1751	-0.0156	0.2077	13.376	15.666	17.009
7	2.254	0.6864	-0.2457	4.6733	-0.5175	3.6927	0.1002	0.2819	0.1379	0.3976	-0.0547	0.3256	-0.1683	-0.1418	-0.0455	0.0991	-0.0046	0.0649	0.1884	-0.0291	0.2554	5.021	20.923	12.629
8	5.1962	5.9522	5.6406	17.896	0.2024	9.7438	0.6124	-1.3021	0.4079	2.3293	-0.8823	0.4745	-0.0588	-1.7068	0.2699	1.0651	-0.0063	-0.1829	0.6589	-0.1073	0.5126	13.804	15.675	29.231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	53 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	68 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	98 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	131 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	146 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	184 - 192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)