PDB-7kyj: Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kyj

タイトル

Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in complex with zinc

要素

Acetyltransferase PA3944

キーワード

TRANSFERASE / PA3944 / acetyltransferase / GNAT Superfamily / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Shabalin, I.G. / Reidl, C.T. / Becker, D.P. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in complex with zinc
著者: Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Shabalin, I.G. / Minor, W.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kyj.cif.gz	176.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kyj.ent.gz	138.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eddS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kpp-1 6edv-d 2idv-d 2x1z-d 2r8b-2 3e23-d 2ywd-d 3gxb-1 4get-1 4hfo-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyltransferase PA3944

B: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.423, 43.801, 60.793
Angle α, β, γ (deg.)	98.050, 109.510, 90.100
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 191 / Label seq-ID: 10 - 193

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT 分子量: 22080.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#1: タンパク質

Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT

分子量: 22080.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3944 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 183分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.3 uL of 8 mg/mL protein incubated with 2.5 mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) ...詳細: 0.3 uL of 8 mg/mL protein incubated with 2.5 mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) and equilibrated against well solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). The obtained crystals were soaked with 10 mM (R)-3-(2-chloroacetamido)-4-(((S)-1-methoxy-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)amino)-4-oxobutanoic acid.

結晶

マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 uL of 8 mg/mL protein incubated with 2.5 mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.893
1	1	H, -K, -H-L	2	0.107

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22739 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.107 / R_rim(I) all: 0.151 / Χ²: 0.61 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 43598

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	1.8	0.455	1113	0.379	0.455	0.644	0.746	95.8
2.03-2.07	1.8	0.45	1129	0.345	0.45	0.637	0.822	95.8
2.07-2.11	1.8	0.368	1133	0.438	0.368	0.52	0.77	96.5
2.11-2.15	1.9	0.333	1143	0.571	0.333	0.472	0.735	96.9
2.15-2.2	1.9	0.33	1090	0.593	0.33	0.466	0.725	97.1
2.2-2.25	1.9	0.345	1153	0.515	0.345	0.488	0.788	96.2
2.25-2.31	1.9	0.391	1121	0.407	0.391	0.553	0.788	97.1
2.31-2.37	1.9	0.306	1155	0.593	0.306	0.433	0.7	97.6
2.37-2.44	2	0.273	1119	0.648	0.273	0.386	0.672	97.4
2.44-2.52	2	0.259	1133	0.624	0.259	0.367	0.568	97.8
2.52-2.61	2	0.241	1144	0.634	0.241	0.34	0.611	97.7
2.61-2.71	2	0.201	1148	0.664	0.201	0.284	0.539	97.4
2.71-2.84	2	0.173	1158	0.744	0.173	0.244	0.515	98.3
2.84-2.99	2	0.127	1150	0.861	0.127	0.179	0.463	98
2.99-3.17	1.9	0.109	1119	0.888	0.109	0.154	0.454	98.5
3.17-3.42	2	0.078	1149	0.937	0.078	0.111	0.466	98.5
3.42-3.76	1.9	0.073	1152	0.925	0.073	0.104	0.562	97.5
3.76-4.31	1.9	0.063	1153	0.943	0.063	0.09	0.546	98.2
4.31-5.43	1.9	0.057	1143	0.96	0.057	0.08	0.507	98.8
5.43-50	1.9	0.046	1134	0.968	0.046	0.065	0.32	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EDD

6edd

解像度: 2→32.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 10.129 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2452	1070	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1998	-	-	-
obs	0.2021	19513	87.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.09 Å² / B_iso mean: 31.369 Å² / B_iso min: 12.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.94 Å²	-3.53 Å²	-4.78 Å²
2-	-	0.03 Å²	2.15 Å²
3-	-	-	10.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→32.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3025	0	112	174	3311
B_iso mean	-	-	29.78	33.33	-
残基数	-	-	-	-	379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	1.658	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.49	1.575	6711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.531	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.559	18.756	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.76	15	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.918	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	842

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6123 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.1197	-1.745	-7.4191	1.5415	1.7241	14.344	-0.2602	-0.5353	-0.4433	0.1546	-0.0307	0.4256	0.4563	-1.0219	0.2909	0.2268	0.0135	0.0445	0.2202	0.008	0.1722	2.815	-0.924	8.35
2	5.2108	1.3803	1.27	4.2138	-0.6777	17.0499	0.0217	-0.078	-0.1677	-0.1476	-0.0219	0.0438	0.8142	0.0905	0.0002	0.1133	0.0258	0.0468	0.0705	-0.0249	0.1129	8.07	-2.484	14.868
3	7.4281	5.1643	0.4177	4.1145	0.9192	0.7942	0.1288	0.0189	-0.48	0.14	-0.0279	-0.3773	0.0287	-0.0181	-0.1009	0.223	0.0254	0.0407	0.1996	0.0427	0.1707	20.264	1.366	19.74
4	2.7233	0.6626	-4.6486	4.2004	-1.9281	8.1064	0.0858	-0.2271	-0.0603	-0.0617	-0.2259	-0.1073	-0.0771	0.3993	0.1401	0.2311	-0.0195	0.0364	0.3053	0.0044	0.1552	23.309	11.479	21.324
5	25.3195	-9.6733	6.8034	4.2333	-4.3151	7.6147	0.3272	-0.0502	-0.0669	-0.0367	-0.131	0.0485	0.0824	0.3821	-0.1961	0.322	-0.0585	-0.0148	0.2117	-0.0073	0.1971	14.389	3.83	26.889
6	16.1144	-3.8939	0.2435	11.008	-4.4391	10.787	-0.2652	-0.4484	0.1719	0.4882	0.1013	-0.0914	-0.0672	0.0284	0.1639	0.1034	0.0091	0.0525	0.0882	-0.0384	0.0647	1.798	6.826	22.094
7	4.4391	-5.4974	-4.1471	10.0556	4.5351	6.1753	-0.0318	0.2735	0.1076	0.0733	-0.0206	-0.2183	0.3035	-0.0654	0.0524	0.1349	-0.0091	0.0643	0.1076	-0.0022	0.0448	8.783	0.068	10.942
8	0.8653	-1.0498	-0.0324	5.8957	0.9442	0.5911	-0.0667	-0.1277	0.0871	0.3323	0.1086	0.1423	-0.0418	0.0213	-0.0418	0.1628	-0.0051	0.072	0.1265	-0.0339	0.0584	7.941	13.715	16.679
9	9.6093	-6.969	0.3561	5.7705	-0.2002	1.2857	-0.1465	-0.2654	-0.0272	0.2939	0.0137	-0.0322	0.0647	0.0903	0.1328	0.1614	-0.0232	0.0629	0.1088	-0.0015	0.0957	13.362	10.112	12.432
10	5.9302	-2.3546	-0.5206	1.2809	0.0797	1.1151	0.1069	0.1298	-0.1974	-0.1563	-0.1002	0.2096	-0.041	-0.1229	-0.0066	0.1609	0.0276	0.0418	0.0901	-0.0226	0.1272	6.969	8.237	5.217
11	3.4741	-1.5184	-0.034	5.1554	1.4723	1.2311	0.1382	0.2766	0.2682	0.0266	0.0485	-0.357	-0.0396	0.1548	-0.1868	0.1759	0.0234	0.0792	0.0879	0.0013	0.0737	16.488	18.529	10.511
12	2.1048	-0.3663	0.6089	1.9856	0.5807	4.1634	0.0095	-0.0826	0.0417	0.0377	0.0258	0.0827	-0.2722	0.1581	-0.0353	0.1453	0.0173	0.0967	0.0551	-0.0138	0.0988	14.45	22.792	10.912
13	22.909	-2.6729	13.0536	6.49	-6.7495	23.6485	0.2436	-0.5307	-0.6699	0.4553	-0.4652	0.3929	0.0509	0.934	0.2217	0.1912	0.0138	0.0107	0.2372	-0.0109	0.1709	22.699	24.548	23.662
14	7.5254	-0.3251	4.7636	1.21	0.6569	7.4578	-0.0908	-0.5366	0.2841	-0.0827	-0.0496	0.0662	-0.2025	-0.5329	0.1403	0.1934	0.0312	0.0787	0.0888	-0.0203	0.099	10.129	23.056	9.1
15	18.5951	-12.468	15.59	10.2679	-3.0373	41.8969	0.7906	1.4231	0.1398	-0.649	-0.9837	-0.0685	0.2177	1.0946	0.193	0.564	-0.1181	0.1218	0.3619	0.0137	0.2845	3.378	17.292	-2.038
16	11.1624	-0.6698	1.9008	0.0574	-0.131	0.3564	-0.404	-2.4656	-0.0255	-0.0191	0.2323	-0.0607	-0.0698	-0.4668	0.1718	0.9292	-0.0517	-0.0685	1.0798	-0.0186	1.0554	14.367	13.443	23.628
17	15.8013	-6.9587	-29.4642	9.6916	19.6685	66.6292	-0.3583	0.2348	-0.3501	-0.7855	-0.2252	-0.178	1.1275	0.2792	0.5834	0.6449	0.1408	0.0221	0.5141	-0.0536	0.3728	16.748	10.764	41.332
18	2.4274	-2.4937	0.5553	3.3638	-0.9447	3.4444	0.0821	0.2928	-0.003	-0.1617	-0.2975	-0.1428	0.5108	0.1243	0.2155	0.3445	0.0051	0.1215	0.1724	-0.0323	0.1405	5.733	11.185	42.61
19	21.0465	-14.0916	0.2826	10.1476	1.6091	4.5512	-0.1721	-0.1404	-0.6784	0.1715	0.1341	0.4718	0.1024	0.0856	0.038	0.2006	-0.0021	0.0618	0.1977	-0.0377	0.1422	-7.739	16.431	36.897
20	1.4551	0.2265	-1.7301	8.0149	3.333	4.3172	0.0003	0.0596	0.0192	-0.3114	-0.0167	0.2803	-0.187	0.3224	0.0164	0.1536	0.0408	0.0417	0.297	-0.0225	0.1065	-7.524	23.004	35.72
21	10.8953	1.6061	4.6637	2.0145	1.8818	6.4509	-0.0636	0.3115	-0.0304	-0.0498	0.0826	0.0878	-0.1221	0.0712	-0.0189	0.1439	0.0175	0.0754	0.0638	-0.0214	0.0704	9.633	19.693	33.465
22	0.9874	0.6782	0.4886	6.9454	0.5101	3.6668	0.019	-0.1161	0.0136	0.2641	-0.0493	0.0943	0.1846	-0.0757	0.0304	0.1185	0.0285	0.0782	0.0802	-0.003	0.0658	4.016	12.788	45.506
23	1.6601	0.8225	-0.5302	2.6162	-0.0486	1.2552	-0.0719	0.2199	0.128	-0.2319	0.1538	-0.0547	-0.082	-0.1125	-0.0819	0.1887	0.0574	0.0724	0.1182	-0.0123	0.0957	4.141	25.979	43.982
24	19.0974	5.806	-1.581	8.1599	-1.1073	1.3543	0.3237	-0.2378	-0.0421	0.736	-0.1333	-0.0337	-0.0977	0.1017	-0.1905	0.1491	0.005	0.0401	0.09	-0.0266	0.0612	11.031	21.394	51.832
25	11.5575	-2.4432	2.6358	2.0323	-0.2972	2.12	-0.0718	0.0201	0.0504	0.0496	0.0465	-0.1108	-0.0391	0.1458	0.0253	0.1616	0.0212	0.0912	0.0716	-0.0272	0.0926	10.007	29.839	47.252
26	1.6354	1.4973	0.9032	6.3173	0.6972	1.6466	0.0128	-0.0213	0.1463	-0.0127	0.0508	0.2044	-0.1524	-0.0885	-0.0636	0.1236	0.0382	0.076	0.076	-0.0232	0.0978	0.109	33.759	51.623
27	6.4147	1.7084	3.7707	6.9281	10.2358	38.8509	0.0828	0.7144	-0.5562	-0.6063	0.3091	0.1309	0.4175	0.3332	-0.3919	0.243	-0.0184	0.0248	0.1294	-0.0127	0.1706	1.152	38.608	36.393
28	6.1433	2.0574	6.6247	24.9955	-9.0146	12.3427	-0.4168	-0.123	0.1049	-1.0462	0.3689	0.2656	-0.0627	-0.3079	0.048	0.3942	-0.0703	-0.0644	0.279	-0.0373	0.3773	-6.319	38.452	32.391
29	8.5385	-1.3812	4.0901	1.1951	-1.1775	6.7445	-0.0707	0.6525	0.4846	0.0518	-0.0629	-0.0055	-0.2975	0.3967	0.1337	0.2072	0.0018	0.0734	0.0847	-0.0091	0.1514	5.517	36.484	47.589
30	14.1636	4.1346	1.9642	17.544	6.789	28.6366	0.5369	-0.7192	0.3854	1.3486	-0.0609	0.3959	0.5615	-0.1071	-0.4759	0.3612	-0.0064	0.1734	0.2004	0.0097	0.2008	12.442	30.67	58.5

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	59 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	69 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	80 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	100 - 110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	111 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	136 - 148
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	149 - 172
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	173 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	178 - 187
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	188 - 192
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	-1 - 5
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	6 - 13
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	14 - 31
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	32 - 38
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	39 - 50
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	51 - 70
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	71 - 87
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	88 - 118
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	119 - 128
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	129 - 145
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	146 - 163
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	164 - 169
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	170 - 177
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	178 - 187
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	188 - 192

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 183分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 183分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 183分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)