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Yorodumi- PDB-3gcd: Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gcd | ||||||
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Title | Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in complex with an aza-Leucine peptide inhibitor | ||||||
Components | RTX toxin RtxA | ||||||
Keywords | TOXIN/INHIBITOR / V. cholerae / repeats-in-toxin / MARTX / cysteine protease / inositol hexakisphosphate / aza-peptide / aza-Leu / TOXIN-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / actin filament organization / toxin activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / lipid binding ...CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / actin filament organization / toxin activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Lupardus, P.J. / Garcia, K.C. / Shen, A. / Bogyo, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2009 Title: Mechanistic and structural insights into the proteolytic activation of Vibrio cholerae MARTX toxin. Authors: Shen, A. / Lupardus, P.J. / Albrow, V.E. / Guzzetta, A. / Powers, J.C. / Garcia, K.C. / Bogyo, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3gcd.cif.gz | 333.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3gcd.ent.gz | 274.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3gcd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3eebS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | biological unit is a single monomer in complex with a single inositol hexakisphosphate molecule and a single Cbz-Leu-Leu-(aza)Leu-epoxide inhibitor |
-Components
#1: Protein | Mass: 22709.922 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 3442-3650 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Strain: V. cholerae 01 biovar eltor str. N16961 / Gene: rtxA, vc1451, VC_1451 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9KS12 #2: Chemical | ChemComp-AZ0 / #3: Chemical | ChemComp-IHP / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30%PEG3350, 15% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 140 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→30 Å / Num. obs: 31246 / % possible obs: 89 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2112 / % possible all: 61.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID 3EEB Resolution: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 22.357 / SU ML: 0.236 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.313 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.312 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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