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- PDB-7kxh: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni with pyruvate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kxh
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni with pyruvate bound in the active site and R,R-bislysine bound at the allosteric site in C2221 space group
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VN / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Saran, S. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: B-FACTOR ANALYSIS SUGGEST THAT L-LYSINE AND R, R-BISLYSINE ALLOSTERICALLY INHIBIT Cj.DHDPS ENZYME BY DECREASING PROTEIN DYNAMICS.
著者: Saran, S. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,01851
ポリマ－205,1126
非ポリマー3,90645
水15,295849
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,34235
ポリマ－136,7414
非ポリマー2,60131
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16310 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area39560 Å2
手法PISA
2
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,35132
ポリマ－136,7414
非ポリマー2,61028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area14130 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area38640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.090, 231.560, 198.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 31 or (resid 32...
21(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...
31(chain C and (resid 3 through 31 or (resid 32...
41(chain D and (resid 3 through 31 or (resid 32...
51(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...
61(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSILEILE(chain A and (resid 3 through 31 or (resid 32...AA3 - 3115 - 43
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 31 or (resid 32...AA3244
13LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 31 or (resid 32...AA3 - 29815 - 310
14LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 31 or (resid 32...AA3 - 29815 - 310
15LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 31 or (resid 32...AA3 - 29815 - 310
21LYSLYSMETMET(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29015 - 302
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB291303
23LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
26LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
27LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
28LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
29LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 290 or (resid 291...BB3 - 29815 - 310
31LYSLYSILEILE(chain C and (resid 3 through 31 or (resid 32...CC3 - 3115 - 43
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 31 or (resid 32...CC3244
33LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 31 or (resid 32...CC3 - 29815 - 310
34LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 31 or (resid 32...CC3 - 29815 - 310
35LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 31 or (resid 32...CC3 - 29815 - 310
41LYSLYSILEILE(chain D and (resid 3 through 31 or (resid 32...DD3 - 3115 - 43
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 31 or (resid 32...DD3244
43LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 31 or (resid 32...DD3 - 29815 - 310
44LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 31 or (resid 32...DD3 - 29815 - 310
45LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 31 or (resid 32...DD3 - 29815 - 310
51LYSLYSILEILE(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...EE3 - 3115 - 43
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...EE3244
53LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...EE3 - 29815 - 310
54LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...EE3 - 29815 - 310
55LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...EE3 - 29815 - 310
56LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 31 or (resid 32...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSTHRTHR(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...FF3 - 7315 - 85
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...FF7486
63ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...FF2 - 29814 - 310
64ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...FF2 - 29814 - 310
65ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...FF2 - 29814 - 310
66ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 3 through 73 or (resid 74...FF2 - 29814 - 310

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34185.258 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 7種, 894分子

#2: 化合物 ChemComp-3VN / (2R,5R)-2,5-diamino-2,5-bis(4-aminobutyl)hexanedioic acid / bis-Lysine / 2,2′-エチレンビス[(R)-2,6-ジアミノヘキサン酸]


分子量: 318.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 10 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4), 120 mM R,R-bislysine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月29日
放射モノクロメーター: Double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→43.58 Å / Num. obs: 144548 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.94→2.009 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 14317 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 1.94→43.58 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 7225 5 %
Rwork0.1644 137298 -
obs0.1658 144523 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.41 Å2 / Biso mean: 36.827 Å2 / Biso min: 15.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→43.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13662 0 255 849 14766
Biso mean--54.91 42.12 -
残基数----1777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5358X-RAY DIFFRACTION1.653TORSIONAL
12B5358X-RAY DIFFRACTION1.653TORSIONAL
13C5358X-RAY DIFFRACTION1.653TORSIONAL
14D5358X-RAY DIFFRACTION1.653TORSIONAL
15E5358X-RAY DIFFRACTION1.653TORSIONAL
16F5358X-RAY DIFFRACTION1.653TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.94-1.960.34982400.31614554
1.96-1.990.31972380.29764523
1.99-2.010.27732380.24594524
2.01-2.030.27152390.22994545
2.03-2.060.26782400.22114551
2.06-2.090.24822390.21394537
2.09-2.120.23962380.19564521
2.12-2.150.2142370.18024509
2.15-2.180.21442410.17644583
2.18-2.220.20852380.17544517
2.22-2.260.22922400.17574554
2.26-2.30.23092410.17294580
2.3-2.340.21542370.16884510
2.34-2.390.18572400.15914566
2.39-2.440.22262390.15724544
2.44-2.50.20022420.15854578
2.5-2.560.20152390.14914551
2.56-2.630.17492400.14324571
2.63-2.710.1812390.15154549
2.71-2.80.20452410.15114583
2.8-2.90.21562400.16154558
2.9-3.010.18822420.16264595
3.01-3.150.16772420.15874598
3.15-3.320.17952410.16494568
3.32-3.520.18782430.15964624
3.52-3.80.16262410.16124588
3.8-4.180.17922440.14674626
4.18-4.780.15872450.14174668
4.78-6.020.18232460.16724678
6.02-100.18052550.16024845
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41480.2625-0.80041.6239-0.25242.74240.0821-0.11030.05770.23090.09580.2523-0.0396-0.1022-0.21210.3080.06990.03120.28480.05760.3546-76.0329-67.33918.5943
22.45530.8905-0.45631.421-0.5652.5718-0.1759-0.22160.09470.17780.16360.3764-0.1413-0.2329-0.01240.27210.09790.02350.29290.03860.2807-76.3211-64.637520.4281
31.90361.2565-0.75047.2723-2.21693.1131-0.0814-0.16530.0640.22790.45850.8336-0.1025-0.6762-0.33820.25250.06540.04890.4180.07690.4288-84.7232-69.590918.226
41.1718-0.59790.3843.63770.13640.9793-0.0634-0.0183-0.0874-0.26540.11280.41480.0277-0.2326-0.05190.22430.00680.00990.31770.07660.3482-81.7191-73.770110.682
50.3620.0982-0.20731.0587-0.06150.3158-0.07330.03530.0217-0.04110.06670.11140.0052-0.07330.00770.24290.013-0.00830.27520.04790.2666-67.4808-76.52856.0377
61.7687-0.26130.32641.9284-1.13923.06630.0060.02570.25920.10980.0121-0.0817-0.21860.25280.01920.23830.0217-0.01940.2414-0.00460.3194-57.5369-59.520213.509
71.5620.17040.1432.8222-0.69921.97410.0026-0.260.06890.74170.0347-0.2098-0.22570.0156-0.08990.40390.0430.01150.3470.00250.3064-65.2329-66.037331.3483
81.0324-0.23360.19981.8762-0.25541.1411-0.04490.1539-0.0129-0.3215-0.026-0.22470.10090.16790.01750.2795-0.02520.05610.32150.06850.352-27.6449-78.313-3.3254
98.21080.9097-0.60014.45432.80643.83780.0835-0.1681-0.26080.0077-0.018-0.5350.35750.3549-0.04730.1538-0.0060.03620.31330.02210.3533-19.0447-79.08380.6177
100.4739-0.21490.02510.8599-0.30160.5174-0.0567-0.02020.10420.0621-0.0006-0.1691-0.01410.07320.0520.2319-0.0128-0.01930.26560.03370.3109-34.2455-72.286610.7321
111.45630.18810.00235.9824-0.13331.0294-0.12230.20.2665-0.17240.13550.1003-0.1186-0.1675-0.07970.2346-0.01980.00130.29840.06010.26-48.7534-71.864-4.8543
121.755-0.3160.24072.9522-1.24032.39970.00540.2779-0.1071-0.43680.0141-0.00040.221-0.11450.01910.3638-0.01970.0170.2998-0.00520.2541-38.4866-88.4695-8.9718
130.89230.3964-0.34151.9901-0.2810.96270.0358-0.2048-0.01890.263-0.0912-0.2453-0.02410.14070.03150.26670.0324-0.03260.3560.09230.3274-24.4239-100.793929.9765
140.87590.03010.36961.3348-0.37221.57950.00050.038-0.1006-0.1177-0.0435-0.20110.11790.17790.04270.23780.03020.03810.25780.05330.3088-27.4282-102.449815.4171
150.60260.32710.0740.6492-0.04951.144-0.0561-0.1042-0.1324-0.03680.0125-0.03690.0934-0.01670.04230.26980.0280.00630.25730.05360.306-41.2116-108.177522.9252
161.10460.31110.07085.90260.15830.9677-0.0079-0.2389-0.1190.53390.07960.04510.0776-0.0237-0.13320.31410.0294-0.00980.41320.07430.2648-44.9019-104.411437.3169
170.85850.1468-0.18722.2491-0.95351.99150.0099-0.2893-0.02080.475-0.0322-0.1233-0.25350.04860.0090.3860.0015-0.04540.40940.03430.3167-31.7737-89.168938.1185
181.8041-0.16051.48471.8567-0.43523.42670.1644-0.1832-0.2101-0.00310.1620.38940.1138-0.3181-0.2560.2336-0.00790.03530.34760.11310.3464-78.0874-104.401622.7259
191.2667-1.06560.02093.5457-1.01761.58910.04030.0121-0.21940.03780.08470.41720.176-0.2596-0.10140.2639-0.058-0.01880.34740.08520.3893-79.1574-107.124821.0799
202.10550.62710.36854.35690.50442.09530.0203-0.20430.00730.49220.22951.1818-0.2066-0.5154-0.27720.28790.00370.07880.43580.11740.4788-85.9204-100.91725.2915
211.13120.429-0.19152.18660.13761.3773-0.044-0.2213-0.02920.34620.33060.4289-0.0033-0.2697-0.20440.28870.03340.08210.4020.150.3767-80.6041-96.947831.6883
220.60490.08450.33641.2264-0.22430.477-0.0377-0.1403-0.09460.2020.0750.0887-0.0526-0.102-0.02640.29730.01710.03740.34820.0870.281-65.16-98.507331.6083
231.5962-0.11860.07352.514-2.22564.3697-0.1011-0.0054-0.1832-0.0487-0.0806-0.21210.27480.18040.16440.2588-0.00980.02310.27130.0250.3635-58.0479-113.782420.6489
240.1308-0.3093-0.00563.4242-0.59371.7432-0.04270.08-0.0699-0.41460.15830.29070.1379-0.1742-0.09040.3257-0.0191-0.04440.32930.07280.3723-74.5139-102.958.3165
253.06490.6453-0.48954.692-1.73533.1180.09740.2555-0.1545-0.77930.1613-0.14110.4068-0.2353-0.2160.427-0.0126-0.04360.298-0.0070.3518-67.3392-112.62136.3527
261.4403-0.06140.30261.07560.01971.7682-0.02280.14840.0711-0.10240.02550.2964-0.04-0.2850.03350.3108-0.042-0.09120.37120.04220.346-29.4798-133.079438.5672
271.8288-0.15690.22522.8833-2.07018.01210.0648-0.1198-0.1552-0.0941-0.21060.4820.2933-1.00930.0320.2679-0.0738-0.06740.47860.03860.4444-36.557-137.512643.1839
280.759-0.4488-0.32781.0801-0.07061.1940.01360.1562-0.2022-0.09270.03380.21740.4629-0.2683-0.0540.4658-0.1092-0.08060.3603-0.01610.3657-23.5545-150.263942.3398
291.2478-0.5858-0.49281.9230.08390.82590.02330.203-0.1269-0.0998-0.02710.0530.256-0.1786-0.03620.3546-0.0521-0.07670.33680.00640.2711-14.8763-141.75629.4716
301.86320.17360.12082.76992.14185.2493-0.03850.2681-0.0505-0.41750.01760.17530.0895-0.1461-0.02820.3559-0.0021-0.05970.33320.04740.3459-10.7898-131.858526.7792
310.40530.5762-0.67341.6466-0.77012.92330.08020.0530.16740.0674-0.09010.0984-0.2164-0.1485-0.02430.32210.027-0.04220.29080.0110.3311-21.0254-123.953145.9827
323.2388-0.18950.83881.7246-0.87863.4745-0.12170.12020.47220.1-0.1465-0.0993-0.35760.00990.21980.33920.0133-0.02550.30270.05680.4447-15.157-118.746736.6279
332.01481.24340.85533.4041.06931.86820.1644-0.3066-0.12980.1505-0.14450.07160.4404-0.4805-0.00370.4741-0.0897-0.01480.35970.04250.28-20.5575-149.921572.3762
341.396-0.36480.92731.3386-0.18922.82840.0266-0.1739-0.2060.3664-0.08540.13570.3571-0.16970.04320.5489-0.1118-0.01230.3680.06470.3717-20.8978-152.753773.7847
351.23730.346-0.07982.242-0.84622.03850.0853-0.25880.00620.1559-0.02120.34910.0616-0.1919-0.06460.3366-0.04850.00970.35370.01480.2982-24.5159-140.94669.5139
361.366-0.09090.07931.0855-0.1480.79940.0127-0.16580.02890.1198-0.0250.02460.0782-0.07190.01350.331-0.0275-0.00910.284-0.0050.2545-13.1598-132.011666.2403
371.30170.4054-0.28091.558-0.18040.65020.0349-0.1412-0.08070.11830.01780.00520.2149-0.0141-0.06460.3860.0021-0.05760.29420.05170.2353-3.5485-143.129774.5028
382.24990.87790.95043.46771.79424.1685-0.1023-0.297-0.18910.48220.0401-0.19450.36040.29160.13080.48090.0136-0.03240.32360.09540.38971.2424-153.04974.9771
391.6749-0.12650.89531.7948-0.41212.42550.0161-0.184-0.48250.1970.0685-0.14260.643-0.0461-0.11350.6746-0.0688-0.07520.31790.0410.4962-13.1769-163.203365.2882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 23 )A3 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 55 )A24 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 70 )A56 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 98 )A71 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 214 )A99 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 215 through 248 )A215 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 249 through 298 )A249 - 298
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 55 )B3 - 55
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 70 )B56 - 70
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 71 through 226 )B71 - 226
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 227 through 248 )B227 - 248
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 249 through 298 )B249 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 3 through 55 )C3 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 56 through 148 )C56 - 148
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 149 through 226 )C149 - 226
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 227 through 248 )C227 - 248
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 249 through 298 )C249 - 298
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 3 through 23 )D3 - 23
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 24 through 55 )D24 - 55
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 56 through 70 )D56 - 70
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 71 through 98 )D71 - 98
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 99 through 226 )D99 - 226
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 227 through 248 )D227 - 248
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 249 through 279 )D249 - 279
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 280 through 298 )D280 - 298
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 3 through 55 )E3 - 55
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 56 through 70 )E56 - 70
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 71 through 171 )E71 - 171
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 172 through 226 )E172 - 226
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 227 through 248 )E227 - 248
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 249 through 279 )E249 - 279
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 280 through 298 )E280 - 298
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 3 through 23 )F3 - 23
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 24 through 55 )F24 - 55
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 56 through 115 )F56 - 115
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 116 through 171 )F116 - 171
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 172 through 226 )F172 - 226
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 227 through 248 )F227 - 248
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 249 through 298 )F249 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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