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Yorodumi- PDB-7kkd: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, N84A mutant w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kkd | ||||||
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Title | Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, N84A mutant with pyruvate bound in the active site and R,R-bislysine bound at the allosteric site | ||||||
Components | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Saran, S. / Majdi Yazdi, M. / Sanders, D.A.R. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: A TIGHT DIMER INTERFACE N84 RESIDUE, PLAYS A CRITICAL ROLE IN THE TRANSMISSION OF THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS Authors: Saran, S. / Majdi Yazd, M. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kkd.cif.gz | 720.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kkd.ent.gz | 595.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kkd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kkd_validation.pdf.gz | 10.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kkd_full_validation.pdf.gz | 10.9 MB | Display | |
Data in XML | 7kkd_validation.xml.gz | 85.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7kkd_validation.cif.gz | 124.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/7kkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/7kkd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7kk1C 7kkgC 7kktC 4ly8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 34142.234 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: N84A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (Campylobacter) Strain: ATCC 700819 / NCTC 11168 / Gene: dapA, Cj0806 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase |
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-Non-polymers , 7 types, 1871 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 288.15 K / Method: microbatch / pH: 7.4 Details: 0.1 M Magnesium acetate, 12 % PEG8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4), 120 mM R,R-BisLysine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2019 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→49.11 Å / Num. obs: 228412 / % possible obs: 91.88 % / Redundancy: 15 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 12292 / % possible all: 49.85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LY8 Resolution: 1.6→49.11 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.39 Å2 / Biso mean: 19.5231 Å2 / Biso min: 5.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→49.11 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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