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- PDB-7kx1: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, Y110F mutant ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kx1 | ||||||
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Title | Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, Y110F mutant with pyruvate bound in the active in C2221 space group | ||||||
![]() | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
Function / homology | ![]() (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saran, S. / Sanders, D.A.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: B-FACTOR ANALYSIS SUGGEST THAT L-LYSINE AND R, R-BISLYSINE ALLOSTERICALLY INHIBIT Cj.DHDPS ENZYME BY DECREASING PROTEIN DYNAMICS Authors: Saran, S. / Sanders, D.A.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 573.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 5.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 70.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 96.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7m06C ![]() 4ly8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 3 - 298 / Label seq-ID: 15 - 310
|
-
Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 34169.258 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: Y110F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 700819 / NCTC 11168 / Gene: dapA, Cj0806 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 619 molecules ![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 288.15 K / Method: microbatch / pH: 7.4 Details: 0.3 M Magnesium acetate, 10 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2019 |
Radiation | Monochromator: Double beam / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→46.03 Å / Num. obs: 156294 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 15 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 1.077 / Num. unique obs: 15421 / % possible all: 99.59 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4LY8 Resolution: 2.04→45.85 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.82 Å2 / Biso mean: 45.6298 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.04→45.85 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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