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Yorodumi- PDB-7kx1: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, Y110F mutant ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7kx1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, Y110F mutant with pyruvate bound in the active in C2221 space group | ||||||
Components | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase | ||||||
Keywords | LYASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology information4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (Campylobacter) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Saran, S. / Sanders, D.A.R. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: B-FACTOR ANALYSIS SUGGEST THAT L-LYSINE AND R, R-BISLYSINE ALLOSTERICALLY INHIBIT Cj.DHDPS ENZYME BY DECREASING PROTEIN DYNAMICS Authors: Saran, S. / Sanders, D.A.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7kx1.cif.gz | 690.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7kx1.ent.gz | 573.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7kx1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7kx1_validation.pdf.gz | 5.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7kx1_full_validation.pdf.gz | 5.9 MB | Display | |
| Data in XML | 7kx1_validation.xml.gz | 70.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 7kx1_validation.cif.gz | 96.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kx1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7m06C ![]() 4ly8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 3 - 298 / Label seq-ID: 15 - 310
|
-
Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 34169.258 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: Y110F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (Campylobacter)Strain: ATCC 700819 / NCTC 11168 / Gene: dapA, Cj0806 / Production host: ![]() References: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 619 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.68 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 288.15 K / Method: microbatch / pH: 7.4 Details: 0.3 M Magnesium acetate, 10 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2019 |
| Radiation | Monochromator: Double beam / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→46.03 Å / Num. obs: 156294 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 15 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.43 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 1.077 / Num. unique obs: 15421 / % possible all: 99.59 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4LY8 Resolution: 2.04→45.85 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.31 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 94.82 Å2 / Biso mean: 45.6298 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.04→45.85 Å
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (Campylobacter)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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