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- PDB-7kx0: Crystal structure of the CD27:CD70 co-stimulatory complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kx0
タイトルCrystal structure of the CD27:CD70 co-stimulatory complex
要素
  • CD27 antigen
  • CD70 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / TNF / Costimulation / Trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell mediated immunity / TNFs bind their physiological receptors / T cell mediated immunity / negative regulation of T cell apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / B cell proliferation / plasma membrane => GO:0005886 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process ...B cell mediated immunity / TNFs bind their physiological receptors / T cell mediated immunity / negative regulation of T cell apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / B cell proliferation / plasma membrane => GO:0005886 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell signaling / response to ethanol / protease binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD70 antigen / Tumour necrosis factor receptor 7 / Tumour necrosis factor receptor 7, N-terminal / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...CD70 antigen / Tumour necrosis factor receptor 7 / Tumour necrosis factor receptor 7, N-terminal / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CD27 antigen / CD70 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Maben, Z. / Liu, W. / Mosyak, L. / Chaparro-Riggers, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural delineation and phase-dependent activation of the costimulatory CD27:CD70 complex.
著者: Liu, W. / Maben, Z. / Wang, C. / Lindquist, K.C. / Li, M. / Rayannavar, V. / Lopez Armenta, I. / Nager, A. / Pascua, E. / Dominik, P.K. / Oyen, D. / Wang, H. / Roach, R.C. / Allan, C.M. / ...著者: Liu, W. / Maben, Z. / Wang, C. / Lindquist, K.C. / Li, M. / Rayannavar, V. / Lopez Armenta, I. / Nager, A. / Pascua, E. / Dominik, P.K. / Oyen, D. / Wang, H. / Roach, R.C. / Allan, C.M. / Mosyak, L. / Chaparro-Riggers, J.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD70 antigen
B: CD70 antigen
C: CD70 antigen
D: CD27 antigen
E: CD27 antigen
F: CD27 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,51216
ポリマ－90,7966
非ポリマー5,71610
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Individual components were purified separately and then incubated together. These mixtures were then analyzed using analytical size exclusion chromatography. A higher ...根拠: gel filtration, Individual components were purified separately and then incubated together. These mixtures were then analyzed using analytical size exclusion chromatography. A higher molecular-weight peak arose in mixed sampled, consistent with the formation of a stable complex.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21600 Å2
ΔGint86 kcal/mol
Surface area31670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.530, 113.630, 163.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 CD70 antigen / CD27 ligand / CD27-L / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 7


分子量: 17482.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD70, CD27L, CD27LG, TNFSF7 / 細胞株 (発現宿主): ExpiHEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32970
#2: タンパク質 CD27 antigen / CD27L receptor / T-cell activation antigen CD27 / T14 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 7


分子量: 12782.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD27, TNFRSF7 / 細胞株 (発現宿主): ExpiHEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26842

-
糖 , 5種, 9分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 146分子

#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % / 解説: rectangular prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris hydrochloride pH 8 40 % 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→93.31 Å / Num. obs: 18602 / % possible obs: 64.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.69→2.98 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 931 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.479 / % possible all: 12.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
STARANISOデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RE9, 5TL5

2re9

5tl5


解像度: 2.69→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.415
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 915 4.92 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 18587 64.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 99.1 Å2 / Biso min: 22.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0438 Å20 Å20 Å2
2---1.3631 Å20 Å2
3----6.6807 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5556 0 392 145 6093
Biso mean--192.23 57.44 -
残基数----718
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2160SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1006HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6148HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion898SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6441SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6148HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8435HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.17
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4479 17 6.42 %
Rwork0.2512 248 -
all0.2639 265 -
obs--5.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.85870.9774-0.92914.82540.16385.1163-0.0172-0.1227-0.38830.0745-0.1036-0.46180.46730.20270.12080.53580.05340.705-0.21860.07340.1259-30.7353-37.761-23.9811
24.362-0.0239-0.38266.1899-0.04453.49490.2204-0.56490.2250.7074-0.01890.0928-0.28630.2015-0.20160.5913-0.04780.7527-0.1245-0.04890.1069-37.91-16.7707-12.7248
33.3772-0.9562-0.65.7282-0.46545.93820.09690.03070.3393-0.1206-0.1124-0.5177-0.3910.39810.01540.5205-0.01490.775-0.16060.02160.2036-24.1524-16.0115-33.5534
44.9967-2.0899-0.51257.6457-2.96873.8380.1579-0.14270.00860.4310.13060.5973-0.4241-0.0748-0.28850.4387-0.12370.8155-0.2834-0.08880.2949-33.26492.9532-28.2426
51.88070.9681.24526.89551.74477.90910.13480.1622-0.1872-0.58110.0325-0.3269-0.23560.0589-0.16730.42210.15830.8108-0.22280.01810.185-22.9277-38.8689-44.3631
65.85861.8153-1.22654.49310.7094.1781-0.03780.0964-0.1733-0.0759-0.0275-0.1173-0.0267-0.00750.06530.6352-0.01140.6536-0.15520.0613-0.1623-48.1849-34.8023-6.091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A54 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B54 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C54 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D25 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E26 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F26 - 124

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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