PDB-7kv7: Surface glycan-binding protein B from Bacteroides fluxus in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kv7

タイトル

Surface glycan-binding protein B from Bacteroides fluxus in complex with laminaritriose

要素

PKD domain protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / CBM / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacteroides fluxus YIT 12057 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Tamura, K. / Brumer, H. / Van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Distinct protein architectures mediate species-specific beta-glucan binding and metabolism in the human gut microbiota.
著者: Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2020年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kv7.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kv7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kv7_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kv7_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7kv7_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	7kv7_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kv1C 7kv2C 7kv3C 7kv4C 7kv5C 7kv6C 7kwbC 7kwcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e51-d 3eja-d 2wqx-d 3eii-d 3msq-3 3msq-1 4kbb-d 2zmn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: PKD domain protein

BBB: PKD domain protein

ヘテロ分子

63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.268, 59.249, 148.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.611, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-584- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	PKD domain protein 分子量: 31185.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fluxus YIT 12057 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF9446_00613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F3PPH3

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose

#4: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 650分子

#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M MES pH6.6, 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG5000MME, 0.1 M guanidine hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→37.38 Å / Num. obs: 57885 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 2864 / CC_1/2: 0.972

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→35.664 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.163 / Average fsc free: 0.9398 / Average fsc work: 0.9499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	2864	4.948 %
R_work	0.1591	55021	-
all	0.161	-	-
obs	-	57885	92.663 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.047 Å²	0 Å²	1.322 Å²
2-	-	-1.262 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→35.664 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3824	0	83	645	4552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.666	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.518	1.594	8151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.36	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.853	25.029	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.518	15	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.691	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.305	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.016	2.366	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.013	2.364	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.629	3.535	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.63	3.537	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.943	2.585	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.9	2.576	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.298	3.779	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.27	3.763	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.956	28.758	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.757	27.735	4370

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.76-1.806	0.24	118	0.196	2718	0.197	4555	0.895	0.905	62.2613	0.17
1.806-1.855	0.243	149	0.176	3143	0.179	4486	0.913	0.927	73.3839	0.15
1.855-1.909	0.198	203	0.172	3741	0.173	4338	0.923	0.936	90.9175	0.147
1.909-1.967	0.214	191	0.169	3921	0.171	4234	0.934	0.944	97.1186	0.145
1.967-2.031	0.217	191	0.169	3751	0.172	4050	0.928	0.942	97.3333	0.15
2.031-2.102	0.202	191	0.166	3697	0.168	3989	0.94	0.948	97.468	0.15
2.102-2.182	0.199	160	0.161	3497	0.163	3821	0.948	0.951	95.7079	0.146
2.182-2.27	0.202	178	0.155	3403	0.157	3668	0.946	0.957	97.6281	0.142
2.27-2.371	0.213	192	0.153	3321	0.157	3582	0.938	0.954	98.0737	0.142
2.371-2.486	0.221	147	0.155	3144	0.158	3356	0.939	0.956	98.0632	0.144
2.486-2.62	0.201	167	0.153	2975	0.156	3217	0.947	0.957	97.6686	0.147
2.62-2.778	0.209	181	0.153	2744	0.156	3051	0.948	0.961	95.8702	0.15
2.778-2.968	0.196	135	0.151	2706	0.153	2891	0.953	0.962	98.2705	0.151
2.968-3.204	0.186	135	0.156	2474	0.157	2653	0.949	0.961	98.3415	0.162
3.204-3.507	0.183	129	0.157	2273	0.159	2500	0.955	0.963	96.08	0.173
3.507-3.916	0.179	117	0.152	2088	0.153	2230	0.96	0.966	98.8789	0.172
3.916-4.513	0.193	93	0.143	1896	0.145	2006	0.961	0.968	99.1525	0.171
4.513-5.506	0.204	77	0.147	1562	0.15	1682	0.958	0.972	97.4435	0.181
5.506-7.695	0.242	66	0.194	1247	0.197	1327	0.937	0.948	98.945	0.229
7.695-35.664	0.209	44	0.195	719	0.196	795	0.96	0.953	95.9748	0.258

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関連情報:EMDBヘッダ

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