PDB-7kt0: DNA Polymerase Mu, dGTP:At Ground State Ternary Complex, 50 mM Mg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kt0

タイトル

DNA Polymerase Mu, dGTP:At Ground State Ternary Complex, 50 mM Mg2+ (60min)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*A)-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

キーワード

REPLICATION/DNA / time-lapse crystallography / oxidized nucleotide insertion / DNA polymerase mu / double strand break repair / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050158	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050161	米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K16195	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide.
著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kt0.cif.gz	198.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kt0.ent.gz	150 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kt0_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kt0_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7kt0_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	7kt0_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/7kt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/7kt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kssC 7kstC 7ksuC 7ksvC 7kswC 7ksxC 7ksyC 7kszC 7kt1C 7kt2C 7kt3C 7kt4C 7kt5C 7kt6C 7kt7C 7kt8C 7kt9C 7ktaC 7ktbC 7ktcC 7ktdC 7kteC 7ktfC 7ktgC 7kthC 7ktiC 7ktjC 7ktkC 7ktlC 7ktmC 7ktnC 4m04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5twp-d 5tyx-d 6vf9-d 6p1t-d 6p1q-d 7ksz-d 6p1w-d 6ipf-d 6p1o-d 7kt8-d 7ktf-d 6vez-d 7ksu-d 5vz9-d 6ak9-d 5tye-d 7cob-d 5txx-d 5tyz-d 6p1r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (15) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (15)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (3)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*A)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

46.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.918, 68.568, 110.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPAPTPAPCPG)-3') 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTPA)-3') 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 8種, 429分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#11: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 % / Mosaicity: 0.177 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 97735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.068 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 669543

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.36-1.38	4.6	0.788	4707	0.67	0.4	0.889	1.044	98.1
1.38-1.41	6.4	0.765	4831	0.78	0.328	0.835	1.058	99.9
1.41-1.44	7	0.645	4839	0.853	0.263	0.698	1.072	99.9
1.44-1.47	7.2	0.542	4859	0.894	0.217	0.585	1.105	100
1.47-1.5	7.2	0.443	4865	0.93	0.177	0.478	1.108	100
1.5-1.53	7.2	0.347	4828	0.953	0.138	0.374	1.136	100
1.53-1.57	7.1	0.282	4861	0.964	0.114	0.305	1.163	100
1.57-1.61	6.9	0.231	4816	0.973	0.095	0.25	1.167	99.9
1.61-1.66	6.6	0.186	4890	0.981	0.078	0.202	1.16	99.8
1.66-1.71	6.1	0.152	4845	0.985	0.066	0.166	1.18	99.3
1.71-1.77	7.4	0.138	4819	0.989	0.054	0.148	1.116	100
1.77-1.85	7.5	0.116	4893	0.992	0.045	0.125	1.138	100
1.85-1.93	7.3	0.098	4889	0.993	0.039	0.106	1.046	100
1.93-2.03	7.2	0.087	4881	0.994	0.035	0.094	1.062	99.9
2.03-2.16	7	0.077	4904	0.995	0.031	0.084	0.951	99.8
2.16-2.33	6.3	0.071	4904	0.994	0.03	0.078	0.943	99.7
2.33-2.56	6.9	0.071	4928	0.995	0.029	0.077	0.954	99.8
2.56-2.93	7.6	0.073	4965	0.995	0.028	0.078	1.028	99.9
2.93-3.69	7.2	0.079	4999	0.994	0.031	0.085	1.017	99.6
3.69-50	6.5	0.092	5212	0.982	0.038	0.1	0.904	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2-3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M04

4m04

解像度: 1.36→34.284 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	4883	5 %
R_work	0.1613	92759	-
obs	0.1622	97642	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.55 Å² / B_iso mean: 24.8486 Å² / B_iso min: 12.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.36→34.284 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2564	344	44	431	3383
B_iso mean	-	-	33.59	34.98	-
残基数	-	-	-	-	346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	4566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.932	1798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	548

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.3604-1.3759	0.2913	151	0.2913	2905	95
1.3759-1.392	0.2677	158	0.2662	3019	99
1.392-1.409	0.2634	161	0.2366	3059	100
1.409-1.4269	0.2228	164	0.2147	3105	100
1.4269-1.4456	0.2453	160	0.2111	3023	100
1.4456-1.4654	0.2216	162	0.1986	3085	100
1.4654-1.4864	0.228	161	0.1901	3059	100
1.4864-1.5086	0.205	161	0.1855	3072	100
1.5086-1.5321	0.2135	163	0.1825	3078	100
1.5321-1.5573	0.2084	160	0.1717	3056	100
1.5573-1.5841	0.1929	162	0.1692	3073	100
1.5841-1.6129	0.1799	162	0.1578	3080	100
1.6129-1.6439	0.1681	165	0.1585	3099	100
1.6439-1.6775	0.1768	159	0.1516	3048	100
1.6775-1.714	0.1851	164	0.1596	3096	99
1.714-1.7538	0.1835	160	0.1614	3064	100
1.7538-1.7977	0.1916	161	0.155	3078	100
1.7977-1.8463	0.171	164	0.1581	3092	100
1.8463-1.9006	0.1705	163	0.1502	3117	100
1.9006-1.962	0.1684	163	0.1578	3078	100
1.962-2.0321	0.1893	164	0.1532	3095	100
2.0321-2.1134	0.1739	163	0.1526	3100	100
2.1134-2.2096	0.1576	164	0.1475	3117	100
2.2096-2.3261	0.1741	163	0.1477	3088	100
2.3261-2.4717	0.1502	165	0.1428	3123	100
2.4717-2.6625	0.166	164	0.1549	3132	100
2.6625-2.9303	0.1672	167	0.1607	3149	100
2.9303-3.3541	0.1567	165	0.1567	3151	100
3.3541-4.2245	0.1536	169	0.1467	3184	100
4.2245-34.284	0.2224	175	0.1799	3334	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.0526 Å / Origin y: -3.7205 Å / Origin z: -11.2719 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1328 Å²	0.0024 Å²	-0.0095 Å²	-	0.1389 Å²	0.0045 Å²	-	-	0.1135 Å²
L	0.857 °²	-0.1756 °²	-0.164 °²	-	0.8095 °²	0.1077 °²	-	-	0.646 °²
S	0.0278 Å °	0.0866 Å °	0.0411 Å °	-0.0417 Å °	-0.018 Å °	-0.0318 Å °	0.003 Å °	0.0182 Å °	0.0007 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	137 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	T	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	P	1 - 4
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 2
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 486

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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