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- PDB-7ksf: Crystal structure of Prototype Foamy Virus Protease-Reverse Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ksf
タイトルCrystal structure of Prototype Foamy Virus Protease-Reverse Transcriptase (native)
要素Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease H
キーワードVIRAL PROTEIN / Aspartyl protease / Hydrolase / Multifunctional enzyme / Transferase / reverse transcription / viral maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / DNA integration / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / host cell / DNA recombination / host cell cytoplasm / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity ...virion component / DNA integration / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / host cell / DNA recombination / host cell cytoplasm / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase ...Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Harrison, J.J.E.K. / Das, K. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM103368 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of a Retroviral Polyprotein: Prototype Foamy Virus Protease-Reverse Transcriptase (PR-RT).
著者: Harrison, J.J.E.K. / Tuske, S. / Das, K. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Boyer, P.L. / DeStefano, J.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
履歴
登録2020年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2132
ポリマ－85,1731
非ポリマー401
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.210, 52.540, 75.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pro-Pol polyprotein / Ribonuclease H / p42In / p65Pro-RT / p87Pro-RT-RNaseH


分子量: 85173.031 Da / 分子数: 1 / 変異: D26A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1Q1N9V8, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM KCl, 50 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 12% PEG 8000, 1.0 mM spermine, 1.0 mM L-argininamide, 200 mM glycyglycine or glycylglycylglycine, 100 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.97601 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97601 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19435 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 92.105 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.532 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2867 / CC1/2: 0.334 / Rpim(I) all: 1.089 / Rrim(I) all: 1.888 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KSE

7kse


解像度: 2.9→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 43.83 / 位相誤差: 47.7899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 992 5.11 %
Rwork0.2253 18432 -
obs0.2439 19424 96.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5901 0 1 8 5910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00456051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71418243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.37312262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.050.35051170.3362389X-RAY DIFFRACTION84.15
3.05-3.240.41161170.34742481X-RAY DIFFRACTION86.9
3.24-3.490.36321360.33482621X-RAY DIFFRACTION91.42
3.49-3.850.35651420.30982669X-RAY DIFFRACTION93.13
3.85-4.40.32211420.26262737X-RAY DIFFRACTION94.74
4.4-5.550.26461620.21892718X-RAY DIFFRACTION94.28
5.55-500.18761550.17742838X-RAY DIFFRACTION94.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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