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- PDB-7kq7: Crystal structure of IL21R in complex with an antibody Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kq7
タイトルCrystal structure of IL21R in complex with an antibody Fab fragment
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
  • Interleukin-21 receptor
キーワードPROTEIN BINDING/Immune System / cytokine receptor / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-21 receptor activity / Interleukin-21 signaling / natural killer cell activation / cytokine receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / external side of plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-21 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Mosyak, L. / Svenson, K.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2021
タイトル: Combining random mutagenesis, structure-guided design and next-generation sequencing to mitigate polyreactivity of an anti-IL-21R antibody.
著者: Campbell, S.M. / DeBartolo, J. / Apgar, J.R. / Mosyak, L. / McManus, V. / Beyer, S. / Bennett, E.M. / Lambert, M. / Cunningham, O.
履歴
登録2020年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody heavy chain
L: Antibody light chain
B: Interleukin-21 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2633
ポリマ－72,2633
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.482, 246.501, 55.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 23848.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Antibody light chain


分子量: 23777.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Interleukin-21 receptor / IL-21R / Novel interleukin receptor


分子量: 24636.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21R, NILR, UNQ3121/PRO10273
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9HBE5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG MME 5000 and 0.1M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 230 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 47436 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 1437

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house structure

解像度: 2.203→42.216 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2497 5.28 %
Rwork0.2148 44788 -
obs0.2161 47285 87.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.491 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.77 Å2 / Biso mean: 67.69 Å2 / Biso min: 21.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.7957 Å2-0 Å20 Å2
2---3.5455 Å20 Å2
3---18.3412 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.203→42.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4962 0 0 149 5111
Biso mean---48.36 -
残基数----637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1916930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0241820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2033-2.2820.32451580.2782277255
2.282-2.37340.29421860.2541337267
2.3734-2.48140.32272400.2529393678
2.4814-2.61220.28292540.2477448888
2.6122-2.77580.24772750.2318486496
2.7758-2.99010.26612970.2295501099
2.9901-3.29090.24212920.2223506399
3.2909-3.76690.21742610.2009505998
3.7669-4.74480.19082560.1784508598
4.7448-42.2160.22862780.2025513995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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