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- PDB-7kps: Structure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kps
タイトルStructure of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase in complex with AcCoA
要素(Acetyltransferase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / PA3944 / acetyltransferase / GNAT Superfamily / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Acetyltransferase PA3944
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Reidl, C.T. / Becker, D.P. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Gcn5-Related N- Acetyltransferases (GNATs) With a Catalytic Serine Residue Can Play Ping-Pong Too.
著者: Baumgartner, J.T. / Habeeb Mohammad, T.S. / Czub, M.P. / Majorek, K.A. / Arolli, X. / Variot, C. / Anonick, M. / Minor, W. / Ballicora, M.A. / Becker, D.P. / Kuhn, M.L.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年8月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase PA3944
B: Acetyltransferase PA3944
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,60813
ポリマ－44,1762
非ポリマー2,43211
水5,170287
1
A: Acetyltransferase PA3944
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1726
ポリマ－22,0961
非ポリマー1,0765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetyltransferase PA3944
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4367
ポリマ－22,0801
非ポリマー1,3566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.563, 44.246, 60.183
Angle α, β, γ (deg.)97.940, 106.720, 89.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 191 / Label seq-ID: 11 - 193

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
Acetyltransferase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT


分子量: 22096.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質 Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT


分子量: 22080.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 7種, 298分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 uL of 10 mg/mL protein incubated with 5mM AcCoA and 5 mM (R)-3-(2-chloroacetamido)-4-(((S)-1-methoxy-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)amino)-4-oxobutanoic acid was mixed with 0.2 uL of the well ...詳細: 0.3 uL of 10 mg/mL protein incubated with 5mM AcCoA and 5 mM (R)-3-(2-chloroacetamido)-4-(((S)-1-methoxy-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)amino)-4-oxobutanoic acid was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) and equilibrated against well solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.851
11H, -K, -H-L20.149
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 32365 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.737 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.831.90.59216090.5530.5490.8090.68695.6
1.83-1.8620.54615800.5450.5040.7450.76895.7
1.86-1.92.10.48116180.5980.4370.6520.79896.6
1.9-1.942.20.41716140.6360.3760.5630.7796.3
1.94-1.982.20.33915740.7660.3070.4590.8596.8
1.98-2.032.20.30216610.7850.2740.4090.9196.9
2.03-2.082.20.27315790.830.2450.3680.91596.9
2.08-2.132.20.21916460.8780.1980.2960.87697.1
2.13-2.22.20.18716110.8920.1690.2530.87697.2
2.2-2.272.20.16716070.920.1510.2260.85597.7
2.27-2.352.20.15416330.9170.1390.2080.84497.4
2.35-2.442.20.12816400.930.1160.1730.78897.6
2.44-2.552.20.10915990.960.0980.1470.75798
2.55-2.692.20.08916340.9690.080.1210.7197.9
2.69-2.862.20.07416560.9660.0650.0990.67898.1
2.86-3.082.20.05816420.9730.0520.0780.66298.4
3.08-3.392.20.0416420.9890.0360.0540.53898.4
3.39-3.882.20.03315580.9890.0290.0450.51794.9
3.88-4.882.20.02916030.9910.0250.0380.44896
4.88-502.20.02716590.9850.0230.0350.46598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EDD

6edd


解像度: 1.8→37.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.683 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 1392 4.7 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.2078 28223 89.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.1 Å2 / Biso mean: 24.695 Å2 / Biso min: 10.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.91 Å21.39 Å23.09 Å2
2---6.6 Å2-0.33 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→37.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 0 152 287 3414
Biso mean--29.45 30.82 -
残基数----369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0172955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.664387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1081.5776753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5035371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.81918.826213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29115462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3741544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02831
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5937 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 21 -
Rwork0.233 467 -
obs--19.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5906-0.42610.43490.9807-0.49131.72520.11340.31410.0845-0.2322-0.1006-0.0757-0.01420.0456-0.01270.0999-0.0264-0.01110.20250.01150.16866.01715.3869.742
20.39890.1380.19741.6982-0.34590.90170.02330.0669-0.0219-0.0304-0.01150.01560.0252-0.0185-0.01180.0141-0.0228-0.02590.1378-0.00270.09982.1954.62316.638
38.1123-1.7669-4.2743.93831.34264.88480.0493-0.20670.06750.17570.0408-0.0139-0.0660.1004-0.090.0682-0.028-0.06450.05860.02440.07981.193-3.6321.627
41.99260.6965-0.58571.6553-0.04983.22140.0655-0.23760.04010.126-0.09220.0294-0.05610.03780.02680.04810.0136-0.02870.12320.00210.110713.13338.20646.104
50.6676-0.020.21281.81480.94241.34580.026-0.09-0.06780.1201-0.00040.00280.12520.0163-0.02550.0269-0.0244-0.02910.13010.01230.089417.35427.43740.991
65.80590.8032-2.45525.1381-0.42794.01850.10160.06710.03830.15290.01770.2363-0.0587-0.2079-0.11930.06440.0042-0.07140.0882-0.01040.12316.73618.29637.033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2A62 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3A176 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4B8 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5B54 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6B174 - 192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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