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万見
- PDB-7kpg: Blocking Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody in complex with SIRP-alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpg
タイトルBlocking Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody in complex with SIRP-alpha Variant 1
要素
  • Heavy chain of Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody
  • Light chain of Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIRPa antibody complex / signal regulatory protein alpha variant 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of type II interferon production / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of type II interferon production / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of interferon-beta production / protein antigen binding / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of phagocytosis / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of interleukin-6 production / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of phagocytosis / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of T cell activation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / SH3 domain binding / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell migration / regulation of gene expression / protein phosphatase binding / cell adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Sim, J. / Pons, J.
引用ジャーナル: J Hematol Oncol / 年: 2020
タイトル: Targeting the myeloid checkpoint receptor SIRP alpha potentiates innate and adaptive immune responses to promote anti-tumor activity.
著者: Kuo, T.C. / Chen, A. / Harrabi, O. / Sockolosky, J.T. / Zhang, A. / Sangalang, E. / Doyle, L.V. / Kauder, S.E. / Fontaine, D. / Bollini, S. / Han, B. / Fu, Y.X. / Sim, J. / Pons, J. / Wan, H.I.
履歴
登録2020年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody
L: Light chain of Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody
S: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1988
ポリマ－57,7173
非ポリマー4805
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Running SEC after complexation to show shift in retention volume for larger complex formation.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.160, 189.160, 78.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody


分子量: 22566.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of Fab 25 anti-SIRP-alpha antibody


分子量: 22648.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1 / SHPS-1 / Brain Ig-like molecule with tyrosine-based activation motifs / Bit / CD172 antigen-like ...SHPS-1 / Brain Ig-like molecule with tyrosine-based activation motifs / Bit / CD172 antigen-like family member A / Inhibitory receptor SHPS-1 / Macrophage fusion receptor / MyD-1 antigen / Signal-regulatory protein alpha-1 / Sirp-alpha-1 / Signal-regulatory protein alpha-2 / Sirp-alpha-2 / Signal-regulatory protein alpha-3 / Sirp-alpha-3 / p84


分子量: 12502.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRPA, BIT, MFR, MYD1, PTPNS1, SHPS1, SIRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78324
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 28% w/v PEG 8000, 0.1 M citric acid pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月26日
放射モノクロメーター: Micromax Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→61.92 Å / Num. obs: 38395 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.27→2.32 Å / Num. unique obs: 2803 / CC1/2: 1 / Rsym value: 1.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UV3

2uv3


解像度: 2.27→61.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 8.495 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 1972 5.1 %RANDOM
Rwork0.2342 ---
obs0.2367 36422 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.15 Å2 / Biso mean: 39.689 Å2 / Biso min: 20.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→61.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 25 166 4231
Biso mean--74.31 36.28 -
残基数----539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0144170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.6685691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8471.6378504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3525537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62922.67176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28215631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3751518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02766
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.329 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 166 -
Rwork0.327 2635 -
all-2801 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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