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- PDB-7kp9: asymmetric hTNF-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kp9
タイトルasymmetric hTNF-alpha
要素Tumor necrosis factor
キーワードCYTOKINE / Tumour necrosis factor alpha / TNF / asymmetric / protein-protein inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of interleukin-18 production / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of hair follicle development / : / death receptor agonist activity / negative regulation of myelination / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / response to isolation stress / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / inflammatory response to wounding / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of action potential / sequestering of triglyceride / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / TNF signaling / positive regulation of protein transport / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / vascular endothelial growth factor production / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / cellular response to toxic substance / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of D-glucose import / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of metabolic process / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of hepatocyte proliferation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of fat cell differentiation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / response to L-glutamate / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of DNA biosynthetic process / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / : / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / skeletal muscle contraction / phagocytic cup / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A7G / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Arakaki, T.L. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Foley, A. / Ceska, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the disruption of TNF-TNFR1 signalling by small molecules stabilising a distorted TNF.
著者: McMillan, D. / Martinez-Fleites, C. / Porter, J. / Fox 3rd, D. / Davis, R. / Mori, P. / Ceska, T. / Carrington, B. / Lawson, A. / Bourne, T. / O'Connell, J.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8234
ポリマ－52,3733
非ポリマー4491
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.520, 81.960, 93.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17457.736 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 化合物 ChemComp-A7G / 1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-benzimidazole


分子量: 449.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25F2N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 21.44% PEG 3350, 100 mM Tris pH9.0, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 23367 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 31.831 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.19
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.210.5033.117161100
2.21-2.270.4693.71651199.9
2.27-2.330.4044.41607199.8
2.33-2.40.3584.815571100
2.4-2.480.3035.715411100
2.48-2.570.2746.414631100
2.57-2.670.201814191100
2.67-2.780.1689.81375199.9
2.78-2.90.15110.71324199.8
2.9-3.040.1213.112621100
3.04-3.210.08417.11206199.9
3.21-3.40.0720.61152199.9
3.4-3.630.05723.91072199.7
3.63-3.930.0526.210081100
3.93-4.30.04131.59281100
4.3-4.810.03536848199.9
4.81-5.550.03634.37661100
5.55-6.80.03931.5656199.8
6.8-9.620.03434.6514199.8
9.62-500.0337.1302197.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0032位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished structure

解像度: 2.15→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.306 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1149 4.9 %RANDOM
Rwork0.188 22218 --
obs0.19 23367 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å2-0 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 33 180 3347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9754475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7352.9947026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6115417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63124.462130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22115476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7021514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2942.7091671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2932.7081672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6494.0222073
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 73 -
Rwork0.233 1635 -
all-1708 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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