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- PDB-7ko2: Restraining state of near full-length Hsp70 DnaK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ko2
タイトルRestraining state of near full-length Hsp70 DnaK
要素Chaperone protein DnaK
キーワードCHAPERONE / molecular chaperone / Hsp70 / protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wang, W. / Hendrickson, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Conformational equilibria in allosteric control of Hsp70 chaperones.
著者: Wang, W. / Liu, Q. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
B: Chaperone protein DnaK
C: Chaperone protein DnaK
D: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,34413
ポリマ－264,1224
非ポリマー2,2229
水4,594255
1
A: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5623
ポリマ－66,0311
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6584
ポリマ－66,0311
非ポリマー6283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5623
ポリマ－66,0311
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5623
ポリマ－66,0311
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)202.431, 77.490, 182.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 66030.508 Da / 分子数: 4 / 断片: Truncated (2-609) / 変異: E47C, T199A, F529C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dnaK, FAZ83_07380
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2W465
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000, 0.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→49.54 Å / Num. obs: 81891 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.9 % / CC1/2: 0.938 / CC star: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.554 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.565 / Net I/σ(I): 9.88
反射 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / 冗長度: 28.5 % / Rmerge(I) obs: 2.42 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 8136 / CC1/2: 0.57 / CC star: 0.85 / Rpim(I) all: 0.46 / Rrim(I) all: 2.46 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4b9q

4b9q


解像度: 2.64→49.54 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 1329 1.63 %
Rwork0.2413 80407 -
obs0.242 81736 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.33 Å2 / Biso mean: 74.7574 Å2 / Biso min: 19.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18082 0 133 255 18470
Biso mean--51.2 47.19 -
残基数----2399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67824942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0856978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043291
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.64-2.750.35871450.3098805895099
2.75-2.870.37721480.322888909038100
2.87-3.020.37321460.284488729018100
3.02-3.210.31331480.269988949042100
3.21-3.460.35051460.275588859031100
3.46-3.810.31841480.232989389086100
3.81-4.360.24651470.218789669113100
4.36-5.490.26551490.217789949143100
5.49-49.540.23761520.222991639315100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.165-0.0427-0.06210.2272-0.16010.06790.3118-0.02340.0184-0.4716-0.23890.18370.00030.053900.1103-0.0295-0.10360.2282-0.00810.224699.013686.874696.0328
20.06090.01020.05320.0905-0.02220.0450.0923-0.00120.2303-0.5192-0.5707-0.39360.42950.406200.1934-0.00060.03080.35210.14840.4006120.742688.903195.9627
30.0979-0.0414-0.0770.1541-0.18170.09430.26990.15130.02231.00350.1559-0.07631.21860.37520-0.1438-0.24960.21250.22170.13360.236198.194876.1586110.6855
40.0126-0.02510.04690.00190.0460.0764-0.0184-0.022-0.104-0.3999-0.066-0.71170.3415-0.288-00.39630.13910.19290.24450.11870.6156125.009765.988297.1527
50.0597-0.0224-0.03090.02150.06670.0017-0.03190.0488-0.35070.704-0.04930.1341-0.6032-0.047500.7428-0.0774-0.01870.4410.03520.2209106.7267105.6256121.2556
6-0.0097-0.02990.00760.012-0.0150.0157-0.1106-0.01610.0604-0.2139-0.1766-0.067-0.03930.109-00.31410.0410.02290.27460.04540.3046112.076199.630384.9479
70.0525-0.00260.01060.09120.01560.08140.05070.0374-0.09730.1158-0.06250.0197-0.10920.071400.31670.01160.03640.33570.030.2911119.378184.434653.3665
80.0036-0.000900.0083-0.0009-0.001-0.0304-0.0238-0.0322-0.0096-0.04320.0318-0.0276-0.0234-00.30190.0199-0.03690.3510.00840.3764107.85675.4733100.2278
90.14170.0585-0.11670.1522-0.02310.00460.12160.05960.0270.2417-0.0707-0.0916-0.0883-0.026300.31910.0134-0.11520.2578-0.01640.189984.877693.2238-7.4756
100.08140.03890.06350.10390.07950.02830.05950.08940.02380.2695-0.0738-0.02250.1286-0.39700.37570.0651-0.02680.3375-0.01290.215263.189894.5982-8.5919
110.1002-0.0435-0.03080.1036-0.08270.1991-0.0670.0001-0.021-0.00010.1296-0.07030.02010.0639-00.13160.031-0.0390.247-0.07240.21186.90282.2765-21.912
120.05170.08980.03350.0611-0.00820.048-0.06950.1342-0.04210.46190.12750.23330.11320.0156-00.24450.0110.09020.28020.05910.308158.729571.4392-10.2555
130.037-0.0378-0.02520.0297-0.05090.0546-0.03390.1498-0.1032-0.17960.0669-0.0572-0.4381-0.0061-00.70890.00980.04380.37140.04390.212878.0879111.1247-33.3638
140.04340.00860.00040.02080.03520.01760.03190.10.06250.172-0.15870.0225-0.0225-0.1148-00.63670.01150.04010.2842-0.02540.295471.2814105.39912.6673
150.01740.0112-0.01740.01220.00380.02520.025-0.1462-0.47250.37560.25190.0375-0.1787-0.324701.02210.35590.11460.50320.6553-1.982864.585190.101234.7794
160.00630.00960.00210.0259-0.00290.00440.13120.04680.0177-0.03180.0644-0.04610.0974-0.013200.2899-0.0137-0.02390.21310.01320.323476.593281.4912-12.0311
170.06990.02260.13490.0666-0.1809-0.08790.59921.1585-1.21431.65390.18150.39350.01830.6762-0-0.9884-1.08692.6326-0.82881.7375-2.816398.347248.929379.6565
180.0316-0.0175-0.03040.0896-0.07430.04540.18790.4112-0.00730.6335-0.5395-0.4362-0.31740.291600.3724-0.0148-0.09850.1270.17520.2664118.463147.67974.5162
190.0066-0.1063-0.06160.1583-0.0327-0.0588-0.53940.42310.6244-0.27270.43460.7115-0.8241.00650-1.22611.0960.1874-0.53420.10470.65393.288360.553765.2115
200.0370.0043-0.05040.0247-0.00390.0592-0.21780.2581-0.39840.9652-0.2889-0.5832-0.1873-0.2948-00.30730.0396-0.31980.04740.40080.5577123.268770.336871.3418
210.10730.08720.1290.06790.04160.02490.4518-0.18820.205-0.7075-0.04150.37070.26150.27700.6910.1706-0.26050.28430.07960.260899.111931.380252.7048
22-0.0051-0.02320.0161-0.0060.01140.00470.1158-0.0325-0.0780.1126-0.1824-0.02270.10910.0987-00.36830.02370.01610.29920.08080.3533112.476536.980287.1119
23-0.0162-0.00060.01910.00770.02880.00860.1205-0.12930.12280.13520.2858-0.16480.04940.3943-00.64080.0486-0.08420.6211-0.04240.5496124.843851.8254117.4298
240.00670.0056-0.00370.01920.0020.00580.01310.1107-0.00070.0123-0.03440.0487-0.0727-0.075600.4362-0.0520.28360.14860.10350.285104.933760.953773.3226
250.11580.00970.17190.08850.0497-0.00030.3099-0.2824-0.1495-0.92570.1782-0.11660.2186-0.231600.18860.03780.25560.1926-0.1460.332485.508654.47399.3071
260.0576-0.0026-0.01940.07510.08520.05730.0288-0.1768-0.0314-0.2655-0.0418-0.0899-0.3034-0.421800.24460.02710.00740.40270.02280.270964.458753.545912.9523
27-0.01070.0053-0.08580.11010.0529-0.0233-0.1595-0.17580.00840.25810.3196-0.4569-0.905-0.5324-00.1562-0.18250.02750.1977-0.09520.491489.561365.690723.6321
280.0346-0.02660.03510.09550.00030.00580.0367-0.0018-0.0391-0.4823-0.01790.067-0.34120.020800.42860.11740.01510.3331-0.02610.387960.586676.578315.0729
290.04480.00680.06770.0914-0.01880.11220.29280.04290.0650.4715-0.1269-0.1290.287-0.061600.62360.012-0.17160.3704-0.01270.349881.966336.772535.8143
30-0.0451-0.01990.0228-0.0082-0.0132-0.00170.01670.0454-0.03830.04230.01680.14740.1203-0.168900.29170.0373-0.04440.17280.01380.260771.256442.6320.7597
31-0.00570.00360.05830.0190.00520.02680.14150.01430.279-0.32350.013-0.05170.291-0.238700.1722-0.2394-0.69550.45430.001-0.424860.030557.947-30.2568
320.0072-0.01130.0030.0367-0.00710.0002-0.0874-0.04830.0084-0.0136-0.0584-0.052-0.07710.025200.3773-0.0460.08690.2389-0.02660.367278.399466.606614.9234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 2 through 39 ) or (resid 116 through 188 ))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 115 )A40 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resid 189 through 228 ) or (resid 307 through 393))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 306 )A229 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 394 through 506 )A394 - 506
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 507 through 534 )A507 - 534
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 535 through 602 )A535 - 602
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resname ATP or (water and within (2.5, element mg)) or element mg )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and ((resid 2 through 39 ) or (resid 116 through 188 ))B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 40 through 115 )B40 - 115
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and ((resid 189 through 228 ) or (resid 307 through 393))B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 229 through 306 )B229 - 306
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 394 through 506 )B394 - 506
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 507 through 534 )B507 - 534
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 535 through 605 )B535 - 605
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resname ATP or (water and within (2.5, element mg)) or element mg )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and ((resid 2 through 39 ) or (resid 116 through 188 ))C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 40 through 115 )C40 - 115
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and ((resid 189 through 228 ) or (resid 307 through 393))C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 229 through 306 )C229 - 306
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 394 through 506 )C394 - 506
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 507 through 534 )C507 - 534
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 535 through 603 )C535 - 603
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resname ATP or (water and within (2.5, element mg)) or element mg )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and ((resid 2 through 39 ) or (resid 116 through 188 ))D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 40 through 115 )D40 - 115
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and ((resid 189 through 228 ) or (resid 307 through 393))D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 229 through 306 )D229 - 306
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 394 through 506 )D394 - 506
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 507 through 534 )D507 - 534
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 535 through 605 )D535 - 605
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resname ATP or (water and within (2.5, element mg)) or element mg )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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