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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7krv | ||||||
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Title | Stimulating state of disulfide-bridged Hsp70 DnaK | ||||||
![]() | Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide | ||||||
![]() | CHAPERONE / molecular chaperone / Hsp70 / protein folding | ||||||
Function / homology | ![]() unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W. / Hendrickson, W.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Conformational equilibria in allosteric control of Hsp70 chaperones. Authors: Wang, W. / Liu, Q. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 609.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 513.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ko2C ![]() 7krtC ![]() 7kruSC ![]() 7krwC ![]() 7n46C ![]() 7raxC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 59693.320 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Truncated (2-540) / Mutation: R167C,T199A,A480C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: dnaK, FAZ83_07380 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A6D2W465 |
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-Non-polymers , 5 types, 644 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/6LN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/6LN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.04 M HEPES pH 7.5, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.01 M citric acid, 3% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 19, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.92→49.35 Å / Num. obs: 84808 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 937591 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KRU Resolution: 1.92→49.35 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.34 Å2 / Biso mean: 46.6858 Å2 / Biso min: 19.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→49.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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