PDB-7knp: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7knp

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-butylphosphate from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99)

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-butylphosphate from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99)
著者: Abendroth, J. / Fox III, D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_abbrev
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7knp.ent.gz	606.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7knp_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7knp_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7knp_validation.xml.gz	71 KB	表示
CIF形式データ	7knp_validation.cif.gz	101.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/7knp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/7knp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ifiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ifi-d 5k85-d 7kno-d 7l4g-d 5vpv-d 6jem-d 6jen-d 1ryz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-CrneC.00629.a.FS11

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

235 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.250, 184.660, 85.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: Crnec.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-WT7 / 5'-O-[(S)-butoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine 分子量: 403.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₂N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 5.8, 200mM NaCl, 12.73% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at ...詳細: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 5.8, 200mM NaCl, 12.73% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10mg/ml + 1mM TCEP + 1mM butyl-AMP: tray 317934 a7: cryo: 20% EG + compounds: puck: ffb2-5

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 5.8, 200mM NaCl, 12.73% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月1日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 103490 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.863 % / B_iso Wilson estimate: 42.752 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.105 / Χ²: 0.907 / Net I/σ(I): 10.14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	3.909	0.547	2.6	7597	0.81	0.634	97.9
2.31-2.37	3.906	0.459	3.06	7404	0.859	0.532	97.9
2.37-2.44	3.905	0.377	3.68	7201	0.898	0.437	98.1
2.44-2.52	3.903	0.312	4.38	7021	0.928	0.361	98.1
2.52-2.6	3.901	0.276	4.88	6818	0.94	0.32	98.3
2.6-2.69	3.897	0.232	5.74	6593	0.956	0.27	98.3
2.69-2.79	3.894	0.189	6.76	6386	0.971	0.219	98.4
2.79-2.9	3.883	0.155	8.1	6108	0.977	0.18	98.5
2.9-3.03	3.871	0.13	9.35	5909	0.983	0.151	98.5
3.03-3.18	3.861	0.101	11.61	5594	0.988	0.118	98.7
3.18-3.35	3.847	0.083	13.68	5354	0.99	0.096	98.6
3.35-3.56	3.828	0.072	15.32	5096	0.991	0.084	98.7
3.56-3.8	3.83	0.066	16.88	4765	0.993	0.076	98.7
3.8-4.11	3.817	0.061	18.41	4431	0.993	0.071	98.6
4.11-4.5	3.805	0.057	19.67	4107	0.993	0.066	98.7
4.5-5.03	3.801	0.056	20.32	3676	0.993	0.065	98.9
5.03-5.81	3.796	0.057	20.14	3287	0.993	0.066	99.2
5.81-7.12	3.787	0.057	20.15	2810	0.993	0.066	99.4
7.12-10.06	3.759	0.057	22	2145	0.993	0.066	99.1
10.06-50	3.609	0.057	22.33	1188	0.993	0.067	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19rc4	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 5ifi

5ifi

解像度: 2.25→40.26 Å / SU ML: 0.2725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2128	2160	2.09 %	0
R_work	0.1756	101290	-	-
obs	0.1764	103450	98.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13942	0	139	819	14900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	14519
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8231	19819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0531	2141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	2562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8637	5123

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.3	0.2568	148	0.235	6700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3-2.36	0.2889	138	0.2299	6679	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.36-2.42	0.2602	163	0.2223	6677	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.42-2.5	0.2456	130	0.2121	6764	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.5-2.58	0.277	146	0.2081	6738	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.58-2.67	0.2555	141	0.2002	6704	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.67-2.77	0.2597	148	0.2011	6729	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.77-2.9	0.2451	142	0.1996	6763	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.9-3.05	0.2326	164	0.2008	6724	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.05-3.24	0.2735	143	0.1882	6753	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.24-3.5	0.2037	113	0.1763	6811	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.5-3.85	0.2152	136	0.1694	6805	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.85-4.4	0.1737	163	0.1405	6734	X-RAY DIFFRACTION	98.61
4.4-5.54	0.1687	131	0.1386	6844	X-RAY DIFFRACTION	98.98
5.54-40.26	0.1633	154	0.16	6865	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.40579104374	0.0979864371358	0.0955090153501	1.36240159701	-0.367349932138	0.84713941131	0.242997774027	0.0810749670234	-0.238352694384	-0.518803231464	0.23133653134	1.0788488165	0.20261003637	-0.422933872724	-0.0528564639397	0.279418946399	-0.0312048835185	-0.210235797561	0.521396685758	0.214579430677	1.05391090028	-33.7268937451	6.89541131491	-16.9453513197
2	1.47763627243	-0.744065860348	0.48676453479	2.35036350811	-1.07355502404	1.03870731574	0.135300302604	-0.00467919708344	-0.242071512383	-0.140853865832	0.0609580520838	0.42546042288	0.177461528943	-0.0200344752332	-0.150797401564	0.177101163266	0.000242838495815	0.00208358211757	0.293996410091	-0.00275979689484	0.246147698223	-7.09299327356	-4.42467096418	-5.67220493573
3	0.611555438533	-0.717796558745	0.127783438935	1.41837259347	-0.539234104269	0.324545974961	0.370889094594	0.404956351173	-0.019477038619	-0.834705305603	-0.374911872064	-0.0153803632813	0.424757620671	0.307274622692	0.00331929477341	0.582492252625	0.198751456111	0.0606691286233	0.554384728961	-0.0315599801994	0.218108808924	4.7149136102	-8.10150477192	-18.1363847317
4	0.898049866686	-0.205902480025	0.432054754619	0.921950760111	-0.428040175149	0.358710333251	0.442861389321	0.205509678574	-0.62532684082	-0.826119620193	0.139074197469	1.14293752624	0.55334016312	-0.127661155832	-0.0912314829795	0.509893985717	-0.0393505624796	-0.407279063262	0.423408652199	-0.00688465380343	0.767424361189	-22.1947299594	-5.53122479092	-21.0096375649
5	1.16294322034	-0.653043148608	0.76292486406	2.49769331375	-1.01313877285	1.69246792455	0.0703761082425	0.0405838174162	0.0414284572683	-0.267003149672	-0.0171795655779	0.259401863054	-0.0150384358254	0.0600864530678	-0.160150300084	0.199481201857	0.00219671490404	0.0162639615378	0.324529116506	0.0113286553353	0.287266278084	-13.493021136	18.8837564489	-19.7933638013
6	3.35470405047	0.193514653978	0.919123021382	2.5440993292	1.7892319091	3.46868846612	0.055562682849	0.62959028113	-0.115816547284	-1.19834116743	0.176053643136	0.693821059085	-0.0892495911388	-0.0444694867179	-0.119339829592	0.737821863728	-0.0473613356853	-0.299678182798	0.480144840314	0.0664953974979	0.605745997942	-22.5428501754	11.8737124008	-36.2491950023
7	2.294989102	0.461245343719	1.03530640331	0.433941291883	1.05030560804	3.20707611314	-0.0188216916798	0.446959425739	-0.280640131172	-1.00608732094	0.158245390842	0.565393372928	-0.113296822762	0.0931985080143	-0.139981059981	1.48869964519	-0.0551987753302	-0.609958935938	0.669897916764	-0.0167723110036	0.93391912946	-23.4968486781	4.1344333731	-50.2011224479
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 63 )	A	A	10 - 63	1 - 54
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 182 )	A	A	64 - 182	55 - 173
3	3	chain 'A' and (resid 183 through 303 )	A	A	183 - 303	174 - 292
4	4	chain 'A' and (resid 304 through 463 )	A	A	304 - 463	293 - 452
5	5	chain 'A' and (resid 464 through 526 )	A	A	464 - 526	453 - 515
6	6	chain 'A' and (resid 527 through 579 )	A	A	527 - 579	516 - 568
7	7	chain 'A' and (resid 580 through 617 )	A	A	580 - 617	569 - 606
8	8	chain 'A' and (resid 618 through 676 )	A	A	618 - 676	607 - 653
9	9	chain 'B' and (resid 10 through 63 )	B	H	10 - 63	1 - 54
10	10	chain 'B' and (resid 64 through 278 )	B	H	64 - 278	55 - 269
11	11	chain 'B' and (resid 279 through 432 )	B	H	279 - 432	270 - 419
12	12	chain 'B' and (resid 433 through 526 )	B	H	433 - 526	420 - 513
13	13	chain 'B' and (resid 527 through 617 )	B	H	527 - 617	514 - 601
14	14	chain 'B' and (resid 618 through 678 )	B	H	618 - 678	602 - 658
15	15	chain 'C' and (resid 26 through 58 )	C	P	26 - 58	1 - 33
16	16	chain 'C' and (resid 59 through 278 )	C	P	59 - 278	34 - 253
17	17	chain 'C' and (resid 279 through 317 )	C	P	279 - 317	254 - 288
18	18	chain 'C' and (resid 318 through 382 )	C	P	318 - 382	289 - 353
19	19	chain 'C' and (resid 383 through 426 )	C	P	383 - 426	354 - 397
20	20	chain 'C' and (resid 427 through 461 )	C	P	427 - 461	398 - 432
21	21	chain 'C' and (resid 462 through 507 )	C	P	462 - 507	433 - 478
22	22	chain 'C' and (resid 508 through 540 )	C	P	508 - 540	479 - 511

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)