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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7klz | ||||||
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タイトル | Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / SPOP / Geminin / MATH domain / E3 ubiquitin ligase / DNA damage response / DNA replication | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA replication preinitiation complex assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of proteolysis / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication ...DNA replication preinitiation complex assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of proteolysis / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / regulation of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / Assembly of the pre-replicative complex / animal organ morphogenesis / Hedgehog 'on' state / histone deacetylase binding / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: SPOP mutation induces replication over-firing by impairing Geminin ubiquitination and triggers replication catastrophe upon ATR inhibition. 著者: Ma, J. / Shi, Q. / Cui, G. / Sheng, H. / Botuyan, M.V. / Zhou, Y. / Yan, Y. / He, Y. / Wang, L. / Wang, Y. / Mer, G. / Ye, D. / Wang, C. / Huang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7klz.cif.gz | 159.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7klz.ent.gz | 105.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7klz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/7klz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/7klz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6f8gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16434.949 Da / 分子数: 2 / 断片: MATH domain / 変異: D140G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1450.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75496 #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.86 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.39→47.99 Å / Num. obs: 10264 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 37 % / Biso Wilson estimate: 77.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.24 |
反射 シェル | 解像度: 3.39→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 985 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6F8G 解像度: 3.4→47.99 Å / SU ML: 0.4481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.2103 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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