PDB-7klz: Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7klz

タイトル

Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide

要素

Geminin peptide
Speckle-type POZ protein

キーワード

PROTEIN BINDING / SPOP / Geminin / MATH domain / E3 ubiquitin ligase / DNA damage response / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication preinitiation complex assembly / positive regulation of chromatin binding / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / regulation of DNA replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: SPOP mutation induces replication over-firing by impairing Geminin ubiquitination and triggers replication catastrophe upon ATR inhibition.
著者: Ma, J. / Shi, Q. / Cui, G. / Sheng, H. / Botuyan, M.V. / Zhou, Y. / Yan, Y. / He, Y. / Wang, L. / Wang, Y. / Mer, G. / Ye, D. / Wang, C. / Huang, H.

履歴

登録	2020年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7klz.cif.gz	159.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7klz.ent.gz	105.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7klz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7klz_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7klz_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	7klz_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	7klz_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/7klz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/7klz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f8gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3obs-d 3hqm-1 1b1j-d 6f8f-d 7lio-2 5m9q-d 7d3d-2 7lin-d 7d3d-1 2ftx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Speckle-type POZ protein

B: Speckle-type POZ protein

C: Geminin peptide

D: Geminin peptide

ヘテロ分子

36 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Speckle-type POZ protein

C: Geminin peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Speckle-type POZ protein

D: Geminin peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.060, 103.060, 131.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain 'A' and ((resid 28 and (name N or name...	A	A	28 - 164	5 - 141
2	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 28 through 61 or (resid 62...	B	B	28 - 164	5 - 141
1	2	GLU	GLU	THR	THR	(chain 'C' and ((resid 196 and (name N or name...	C	C	196 - 203	2 - 9
2	2	GLU	GLU	THR	THR	chain 'D'	D	D	196 - 203	2 - 9

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1 分子量: 16434.949 Da / 分子数: 2 / 断片: MATH domain / 変異: D140G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド	Geminin peptide 分子量: 1450.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75496
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.39→47.99 Å / Num. obs: 10264 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 37 % / B_iso Wilson estimate: 77.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.24
反射シェル	解像度: 3.39→3.52 Å / R_merge(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 985

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F8G

6f8g

解像度: 3.4→47.99 Å / SU ML: 0.4481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.2103
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	1026	10 %
R_work	0.2098	9238	-
obs	0.213	10264	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2297	0	10	0	2307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	2349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4792	3161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0389	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.8538	1395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.58	0.3269	142	0.2798	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.8	0.3086	143	0.2436	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.1	0.2806	144	0.2385	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.51	0.2263	145	0.1867	1298	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.51-5.16	0.1952	146	0.1595	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
5.16-6.5	0.2211	148	0.1927	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5-47.99	0.2255	158	0.2194	1422	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.342173998867	-0.588776260034	-0.0172473537462	1.80344648841	-0.513036467766	0.375236128106	0.167297271379	-0.860393760037	-0.122609344994	0.0321789521151	-0.173447475698	0.254637087666	0.394082445885	-0.239362464996	-0.0550083771484	0.23387881144	0.0789859698574	-0.000403746657166	0.895288530804	-0.0502153866138	0.553053256871	-19.5722651093	27.650683936	-18.6967617411
2	1.11468243748	-1.63877762778	-2.41770104582	8.91699510488	0.842534547033	9.46712841974	-0.979012194311	-0.371851261099	-0.0692834892691	1.38499967129	-0.526569836292	-0.333254484105	0.905537437835	1.7055007536	0.952710620587	0.831297039827	0.0993635712208	-0.0266506745972	1.01028466666	0.0940056892528	0.628373463675	-7.33182021137	25.0548801875	-8.64872512177
3	0.693835279469	0.896947291987	-0.587216161401	3.00422348295	0.251490671679	1.05819579338	-0.159941500244	-1.10080769415	0.651603006715	0.460957838698	-0.162279182541	0.33204401177	-0.278110062436	-0.753421526638	0.429899952638	0.46409379274	0.0618898879044	0.0116173938492	0.952266528279	-0.28142924931	0.44920882532	-21.2024133739	34.9014061838	-11.0334080527
4	1.33840382545	0.15355368599	1.31234854054	3.17263103534	0.157869219451	4.20151904401	0.0232295304119	-0.964335953914	0.427137774947	-0.10936759392	-0.096113240578	0.0937998803756	-0.522589714205	0.476989911449	0.0868227772788	0.491503039929	-0.12736261504	-0.0535319161496	0.937146728288	-0.31667615508	0.811704897616	-11.8920665037	38.4476992008	-15.5211235104
5	0.641332739951	-0.235878415076	-0.773447901617	2.39569226917	0.193730041919	1.85586889803	-0.263589716379	-0.803872876892	0.317331317593	-0.102742433044	0.140673016471	0.430245242974	-0.248480598431	-0.552546071094	0.108012616818	0.338223767195	0.146032151036	-0.098738549024	0.584289705672	-0.216257755739	0.606154963158	-18.6209416945	35.6254873255	-22.5125430189
6	9.45574897414	1.43242744614	4.16671908174	3.02051201517	-1.20243742164	3.0211604666	0.635168558425	-0.796284709797	-0.749069559858	0.073356685305	-0.257462767552	-0.320368242298	-0.532794188699	-0.838776720852	-0.0374735788375	0.354589725083	0.153900282199	-0.0213413314455	1.0415169502	-0.0861459185677	0.599784406537	1.58817905458	28.7174541142	-19.7773854239
7	0.54481725592	-0.701322523911	0.632147446355	1.60223525547	0.447403748982	3.05041171627	-0.292392209066	0.899044282055	-0.183452816498	-0.295035560075	0.417114273529	-0.647639140571	-0.489733856536	-0.0396900851743	0.0948379366512	0.257126980159	0.0422295604172	0.0598332654647	0.881957648938	-0.0605884131579	0.626447557443	17.1535106012	29.5637905094	-15.9684553252
8	1.28482322641	0.252917912677	-2.38393760753	2.06651396014	-3.36204844439	8.57480712818	-0.804562564375	0.31652943343	-0.96255412985	0.586545461374	0.104290642572	2.03226490109	1.56871056408	-1.53092083056	0.251562998702	1.05399882633	-0.297267838946	0.294128291782	1.29984737912	-0.419445630114	0.951302707307	-3.47001462618	16.578454234	-22.6089419212
9	3.74945802409	-1.24306359101	0.275264730705	4.91118469594	0.035775561272	0.62501311886	0.370241922779	1.31616962386	0.841756343374	-0.866652657086	0.027435690653	-0.663607220906	-0.000610542469675	0.517622068951	-0.206451742031	0.394733986739	-0.0585993214542	0.086633948254	1.19512629172	-0.0453197401307	0.726767020301	18.1343239224	32.6283022258	-26.5662769443
10	3.00667071264	0.277412973588	0.616183161573	3.67308310188	-0.335248637396	3.1716101925	-0.331445964196	1.11964090142	-0.100206051458	-0.612462268872	0.0407684165844	0.839067593302	-0.12846815269	-0.661863304377	0.320866695829	0.687639360464	0.111282064658	-0.152198080023	1.33842519678	-0.0973844450868	0.636537286527	4.53967503462	31.3767470231	-25.0617763758
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12	4.03053210114	-0.0779944087519	2.42389585588	3.48160299222	0.827956069009	4.73466291787	-0.301932271514	0.212376269792	0.826396081541	-0.443155548344	0.0290180354708	0.0840581336633	-0.894068163232	-0.484055404337	0.148336494356	0.463468593832	0.00144358713055	0.0554980229241	0.657767258557	-0.0497899779771	0.403552377486	9.51289247358	37.8253262364	-17.9191047166
13	1.45022955953	-0.811662678678	-1.64001706703	2.14774048326	0.348164916082	2.67287392473	0.472552430438	0.215218569839	-0.241549863763	0.0252556608599	-0.424282958516	0.832547452138	-0.646809558757	-0.465912003797	0.25936588488	0.657620779354	0.103230770538	0.240094839493	0.502218376392	-0.451478086059	1.36068979435	-20.3431206598	42.9270911755	-10.0034216894
14	4.62522979918	-5.1694616306	-2.20780617942	7.17276377732	1.29803400865	7.87079480981	1.02820375573	0.522985246629	0.792360852916	-0.541358457126	-0.0568032687738	-0.403695406499	-1.14374824796	0.370882884089	0.0315449818485	0.623115961556	-0.0785414691431	0.202302195825	1.92417293321	0.0863711513163	0.579248116802	12.9264174129	31.7579553129	-35.1510454044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 129 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 130 through 165 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 39 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 40 through 59 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 66 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 67 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 85 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 138 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 139 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 196 through 204 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 196 through 204 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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