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- PDB-7kld: Crystal Structure of an Essential Ribosomal Processing Protease P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kld
タイトルCrystal Structure of an Essential Ribosomal Processing Protease Prp from S. aureus in complex with a covalently linked product Peptide
要素
  • LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
  • Phage-related ribosomal protease
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / cysteine protease ribosomal protein L27 / product complex
機能・相同性Cysteine protease Prp / Cysteine protease Prp superfamily / Cysteine protease Prp / peptidase activity / リボソーム / タンパク質分解 / : / Predicted ribosomal protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wright, H.T. / Peterson, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21: NIH R21 AI109202 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Phage-Related Ribosomal Protease (Prp) of Staphylococcus aureus : In Vitro Michaelis-Menten Kinetics, Screening for Inhibitors, and Crystal Structure of a Covalent Inhibition Product Complex.
著者: Hotinger, J.A. / Pendergrass, H.A. / Peterson, D. / Wright, H.T. / May, A.E.
履歴
登録2020年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage-related ribosomal protease
B: Phage-related ribosomal protease
C: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
D: Phage-related ribosomal protease
E: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
Q: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,25414
ポリマ－37,9336
非ポリマー3218
水1,56787
1
A: Phage-related ribosomal protease
B: Phage-related ribosomal protease
C: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
Q: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
ヘテロ分子

A: Phage-related ribosomal protease
B: Phage-related ribosomal protease
C: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
Q: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
ヘテロ分子

D: Phage-related ribosomal protease
E: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
ヘテロ分子

D: Phage-related ribosomal protease
E: LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,50828
ポリマ－75,86612
非ポリマー64116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
Buried area15200 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.482, 66.556, 93.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.438, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Phage-related ribosomal protease / Ribosomal-processing cysteine protease Prp / Ribosome-associated protein


分子量: 11701.829 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Electron density is missing for residues 24 - 29 in chain A
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: BN1321_260284, BTN44_03930, C7P97_01985, CSC87_06715, DD547_01729, DDL17_04735, DQV20_11645, DQV53_09155, E3A28_00240, E3K14_08315, E4U00_05990, EP54_09330, EQ90_02345, ERS072840_00776, ...遺伝子: BN1321_260284, BTN44_03930, C7P97_01985, CSC87_06715, DD547_01729, DDL17_04735, DQV20_11645, DQV53_09155, E3A28_00240, E3K14_08315, E4U00_05990, EP54_09330, EQ90_02345, ERS072840_00776, FA040_12870, FVP29_06750, G0V24_11265, G0X12_13445, G0X27_07880, G0Y02_04565, G0Z08_03095, G0Z18_03180, G6W67_00930, G6W97_12315, G6X24_04030, G6X31_01365, G6X35_09650, G6Y10_03065, G6Y24_01400, G6Y28_11445, G6Y30_16890, GF545_03610, GF559_00535, GIX97_04380, GO677_13485, GO706_06595, GO746_11035, GO788_00935, GO793_02925, GO793_12515, GO803_01985, GO805_05045, GO810_16085, GO821_00235, GO894_13395, GO915_03870, GO941_09805, GO942_04925, HMPREF3211_01798, M1K003_1397, NCTC10654_01710, NCTC10702_02585, NCTC5664_03624, NCTC6133_02188, NCTC7878_03165, RK64_08805, SAMEA1029528_01686, SAMEA1029547_02076, SAMEA1029553_02519, SAMEA1469856_00607, SAMEA1469884_01223, SAMEA1531680_00288, SAMEA1531701_01205, SAMEA1964876_02447, SAMEA1965205_02481, SAMEA1966505_02490, SAMEA1969349_02416, SAMEA1969845_01676, SAMEA1971706_01055, SAMEA1972827_01838, SAMEA2076212_01600, SAMEA2076218_01666, SAMEA2076220_01752, SAMEA2076226_01556, SAMEA2076463_02381, SAMEA2076464_02394, SAMEA2076470_02431, SAMEA2076472_02346, SAMEA2076478_02402, SAMEA2076480_02456, SAMEA2076481_02468, SAMEA2076743_02501, SAMEA2076745_02445, SAMEA2076746_02444, SAMEA2076747_02486, SAMEA2076749_02400, SAMEA2076751_02425, SAMEA2076752_02493, SAMEA2076755_02464, SAMEA2076756_02514, SAMEA2076758_02521, SAMEA2076759_02515, SAMEA2076761_02557, SAMEA2076762_01945, SAMEA2076763_01877, SAMEA2076764_02486, SAMEA2076765_02396, SAMEA2077023_02451, SAMEA2077025_02500, SAMEA2077027_02451, SAMEA2077029_02463, SAMEA2077031_02497, SAMEA2077034_01994, SAMEA2077035_02483, SAMEA2077039_02486, SAMEA2077040_02404, SAMEA2077041_02447, SAMEA2077044_02452, SAMEA2077045_02427, SAMEA2077046_02417, SAMEA2077293_02510, SAMEA2077294_02438, SAMEA2077295_02425, SAMEA2077297_02396, SAMEA2077300_02477, SAMEA2077301_02476, SAMEA2077302_02443, SAMEA2077303_02458, SAMEA2077307_02357, SAMEA2077832_02485, SAMEA2078252_02489, SAMEA2078256_02457, SAMEA2078307_02502, SAMEA2078308_02409, SAMEA2078553_02399, SAMEA2078558_02472, SAMEA2078560_02496, SAMEA2078569_00046, SAMEA2078570_02413, SAMEA2078572_02514, SAMEA2078824_02435, SAMEA2078837_02548, SAMEA2079048_02570, SAMEA2079051_02465, SAMEA2079277_01808, SAMEA2079291_02682, SAMEA2079503_02553, SAMEA2079507_01005, SAMEA2079512_02667, SAMEA2079517_02674, SAMEA2079724_01337, SAMEA2079727_01612, SAMEA2079728_01943, SAMEA2079732_01656, SAMEA2079742_01684, SAMEA2079946_01624, SAMEA2079949_01591, SAMEA2079951_01555, SAMEA2079952_01419, SAMEA2079957_01912, SAMEA2079958_01822, SAMEA2079960_01835, SAMEA2079961_01609, SAMEA2079968_01340, SAMEA2080329_01468, SAMEA2080330_01912, SAMEA2080334_01932, SAMEA2080433_01740, SAMEA2080812_02522, SAMEA2080898_02518, SAMEA2080900_02445, SAMEA2080904_02459, SAMEA2080913_02507, SAMEA2081043_02492, SAMEA2081053_02569, SAMEA2081054_02533, SAMEA2081055_02521, SAMEA2081060_01823, SAMEA2081211_00857, SAMEA2081213_00881, SAMEA2081218_01649, SAMEA2081341_01341, SAMEA2081342_01612, SAMEA2081349_01864, SAMEA2081359_01619, SAMEA2081362_01623, SAMEA2081468_02419, SAMEA2081474_02496, SAMEA2081475_02467, SAMEA2081476_02433, SAMEA2081479_02517, SAMEA2081480_02464, SAMEA2081560_02361, SAMEA2081561_02437, SAMEA2081564_02416, SAMEA2081567_02404, SAMEA2081568_02500, SAMEA2081569_02476, SAMEA2081570_02367, SAMEA2081571_02441, SAMEA2081572_02441, SAMEA2081573_02444, SAMEA2081575_02417, SAMEA2081577_02472, SAMEA2081578_02440, SAMEA2081579_02464, SAMEA2081581_02376, SAMEA2081582_02553, SAMEA2081673_01456, SAMEA2081674_01693, SAMEA958766_01141, SAMEA958770_01541, SAMEA958772_01367, SAMEA958778_01377, SAMEA958779_02720, SAMEA958785_01190, SAMEA958793_01565, SAMEA958798_01254, SAMEA958804_01429, SAMEA958810_02901, SAMEA958836_01614, SAMEA958838_02812, SAMEA958845_01498, SAMEA958846_01744, SAMEA958848_02333, SAMEA958855_02126, SAMEA958858_02293, SAMEA958870_02489, SAMEA958898_01783, SAMEA958906_02170, SAMEA958924_01277, SAMEA958925_01299, SAMEA958951_01296, SAMEA958953_00896, SAMEA958961_01996, SAMEA958979_01146, SAMEA958987_02151, SAMEA958995_01155, SAST44_01826, SAST45_01804
プラスミド: pEW34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: W8U5D2
#2: タンパク質・ペプチド LYS-LEU-ASN-LEU-GLN-PHE-PCS


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 942.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Amino terminal peptide of ribosomal protein L27
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: BIRD: PRD_002454
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 % / 解説: prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein sample: 10 - 20 mg/ml in 10mM Hepes (pH 7.5), 0.1M NaCl, 0.3mM TCEP, 3.3mM Triss (pH 7.5), 0.5% beta-octylglucoside, <4% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月26日 / 詳細: Rigaku Varimax-HF Arc
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→29.31 Å / Num. obs: 15213 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / R split: 0.062 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/av σ(I): 12.1 / Net I/σ(I): 3.84
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 14933 / CC1/2: 0.972 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.632 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrysalisPro40.64.42aデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PEO

4peo


解像度: 2.25→29.31 Å / SU ML: 0.2131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8842
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2789 774 5.11 %
Rwork0.2455 14386 -
obs0.2472 15160 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2513 0 8 87 2608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01992526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.83463451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1166415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8006886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.390.28631280.25822335X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.580.33121260.26362406X-RAY DIFFRACTION99.69
2.58-2.830.28481340.25682387X-RAY DIFFRACTION99.92
2.83-3.240.27731290.252400X-RAY DIFFRACTION100
3.24-4.080.26051220.22212416X-RAY DIFFRACTION99.57
4.09-29.310.27231350.24932442X-RAY DIFFRACTION99.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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