[日本語] English
万見
- PDB-4peo: Crystal structure of a hypothetical protein from Staphylococcus a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4peo
タイトルCrystal structure of a hypothetical protein from Staphylococcus aureus.
要素Hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / ribosome biogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cysteine protease Prp / Cysteine protease Prp / Cysteine protease Prp superfamily / Cysteine protease Prp / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribosomal processing cysteine protease Prp
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者McGrath, T.E. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Soloveychik, M. / Chan, T.S.Y. / Gordon, R.D. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Mansoury, K. ...McGrath, T.E. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Soloveychik, M. / Chan, T.S.Y. / Gordon, R.D. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Mansoury, K. / Battaile, K.P. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein from Staphylococcus aureus.
著者: McGrath, T.E. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Soloveychik, M. / Chan, T.S.Y. / Gordon, R.D. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Mansoury, K. / Battaile, K.P. / Edwards, A.M. / ...著者: McGrath, T.E. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Soloveychik, M. / Chan, T.S.Y. / Gordon, R.D. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Mansoury, K. / Battaile, K.P. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2015年5月13日ID: 2P92
改定 1.12015年5月13日Group: Other
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid
改定 1.32024年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4042
ポリマ－23,4042
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.205, 67.205, 127.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 11701.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N6IJW4, UniProt: Q2FXS9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 31% PEG400, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 22209 / Num. obs: 22209 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique all: 2230 / Χ2: 1.077 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P92

2p92
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.73→18.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2105 1135 5.11 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1871 22195 99.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0635 Å20 Å20 Å2
2--1.0635 Å20 Å2
3----2.127 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.245 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→18.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1399 0 0 108 1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011413HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.991926HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d488SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes207HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1413HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion211SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1693SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.81 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 166 5.62 %
Rwork0.2319 2789 -
all0.2329 2955 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03-0.38720.54571.7189-0.80844.54630.0235-0.01360.06450.01350.1120.1143-0.2753-0.2638-0.1355-0.01020.04970.0367-0.07260.0377-0.0608-9.788116.763132.5963
22.3066-0.7548-0.55561.15050.75765.60060.0379-0.17150.1146-0.12910.03520.0039-0.0673-0.1258-0.0731-0.05010.02740.0494-0.06490.0125-0.0749-11.204917.682453.3686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る