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Yorodumi- PDB-5w6q: Structural basis for recognition of artificial DNA by an evolved ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w6q | ||||||
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Title | Structural basis for recognition of artificial DNA by an evolved KlenTaq variant | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA / AEGIS / unnatural base pair / host-guest system / transferase-dna complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside binding / hydrolase activity, acting on ester bonds / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus aquaticus (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.66 Å | ||||||
Authors | Singh, I. / Georgiadis, M.M. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2018 Title: Snapshots of an evolved DNA polymerase pre- and post-incorporation of an unnatural nucleotide. Authors: Singh, I. / Laos, R. / Hoshika, S. / Benner, S.A. / Georgiadis, M.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w6q.cif.gz | 358.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w6q.ent.gz | 285.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w6q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5w6q_validation.pdf.gz | 486.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5w6q_full_validation.pdf.gz | 499.6 KB | Display | |
Data in XML | 5w6q_validation.xml.gz | 57.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5w6q_validation.cif.gz | 79.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5w6kC 3sz2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 60862.902 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus aquaticus (bacteria) / Gene: polA, pol1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase #2: DNA chain | Mass: 3677.380 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) #3: DNA chain | Mass: 4026.612 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 14 % PEG 8000, 0.2 M Mg formate, 0.1 M MES pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.662→49.132 Å / Num. all: 57514 / Num. obs: 57623 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.82 Å2 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 8.9 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 194839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SZ2 Resolution: 2.66→49.132 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.05 Å2 / Biso mean: 39.9312 Å2 / Biso min: 17.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.66→49.132 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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