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Yorodumi- PDB-4xng: Central Domain of Mycoplasma Genitalium Terminal Organelle protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xng | ||||||
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Title | Central Domain of Mycoplasma Genitalium Terminal Organelle protein MG491 | ||||||
Components | Uncharacterized protein MG218.1 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / antiparallel three-helix bundles / asymmetric dimer of dimers / gliding motility | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein MG218.1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycoplasma genitalium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Martinelli, L. / Fita, I. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2016 Title: Structure-Guided Mutations in the Terminal Organelle Protein MG491 Cause Major Motility and Morphologic Alterations on Mycoplasma genitalium. Authors: Martinelli, L. / Garcia-Morales, L. / Querol, E. / Pinol, J. / Fita, I. / Calisto, B.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xng.cif.gz | 240.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xng.ent.gz | 204.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xng.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xng | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 16769.986 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 63-204 / Mutation: I168M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycoplasma genitalium (bacteria) / Gene: MG218.1 / Plasmid: pOPINE / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9ZB78 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: PEG3350, Li2SO4, Tris / PH range: 7.5 - 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryogenic data collection |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.979154 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 31, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979154 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 13879 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 50.093 / SU ML: 0.398 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.467 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 214.77 Å2 / Biso mean: 87.896 Å2 / Biso min: 37.93 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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