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- PDB-7kl6: Helicobacter pylori Xanthine-Guanine-Hypoxanthine Phosphoribosylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kl6
タイトルHelicobacter pylori Xanthine-Guanine-Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase
要素Phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Helicobacter pylori Xanthine-Guanine-Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase Drug discovery Nucleoside phosphonates
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WG7 / Phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Keough, D.T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Helicobacter pylori Xanthine-Guanine-Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase-A Putative Target for Drug Discovery against Gastrointestinal Tract Infections.
著者: Keough, D.T. / Wun, S.J. / Baszczynski, O. / Eng, W.S. / Spacek, P. / Panjikar, S. / Naesens, L. / Pohl, R. / Rejman, D. / Hockova, D. / Ferrero, R.L. / Guddat, L.W.
履歴
登録2020年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyltransferase
B: Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5996
ポリマ－37,0242
非ポリマー5744
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.221, 51.488, 82.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.214, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyltransferase / Xanthine-Guanine-Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase


分子量: 18512.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: BXP09_04485, CV723_04510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2L2I2A6, 転移酵素; グリコシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-WG7 / (3-{[(4-oxo-4,5-dihydro-3H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}propyl)phosphonic acid


分子量: 286.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N4O4P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.3776 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→43.78 Å / Num. obs: 24376 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 17.02 Å2 / CC1/2: 0.8 / Net I/σ(I): 74.96
反射 シェル解像度: 1.96→2.08 Å / Num. unique obs: 2370 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Auto-Rickshaw1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
ARP/wARPデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.97→19.99 Å / SU ML: 0.1593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.6193
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 893 3.93 %
Rwork0.1608 21811 -
obs0.162 22704 94.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2348 0 34 334 2716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00982470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20173354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0648375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4807322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.090.19571510.16623482X-RAY DIFFRACTION91.95
2.09-2.260.21591360.15943569X-RAY DIFFRACTION93.14
2.26-2.480.18121430.16213541X-RAY DIFFRACTION93.12
2.48-2.840.19621630.16993699X-RAY DIFFRACTION96.48
2.84-3.580.20541380.15623681X-RAY DIFFRACTION95.71
3.58-19.990.17991620.15833839X-RAY DIFFRACTION97.85
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.2602522598 Å / Origin y: 6.1153507424 Å / Origin z: 103.375020692 Å
111213212223313233
T0.0944883088341 Å20.00289376183946 Å2-0.0160765677574 Å2-0.0823596548783 Å20.00955625695351 Å2--0.0804064194932 Å2
L1.20325713389 °2-0.0931832341492 °2-0.43800175753 °2-0.855581546311 °20.123439987442 °2--1.58172739213 °2
S0.0241372477571 Å °0.124143421176 Å °0.0360715994209 Å °-0.0244586426933 Å °-0.00524738275746 Å °-0.00344655400165 Å °0.00966876179623 Å °-0.027441420976 Å °-0.00943452914624 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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