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万見
- PDB-7kkj: Structure of anti-SARS-CoV-2 Spike nanobody mNb6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kkj
タイトルStructure of anti-SARS-CoV-2 Spike nanobody mNb6
要素Synthetic nanobody mNb6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Nanobody / VHH
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Schoof, M.S. / Faust, B.F. / Saunders, R.A. / Sangwan, S. / Rezelj, V. / Hoppe, N. / Boone, M. / Billesboelle, C.B. / Puchades, C. / Azumaya, C.M. ...Schoof, M.S. / Faust, B.F. / Saunders, R.A. / Sangwan, S. / Rezelj, V. / Hoppe, N. / Boone, M. / Billesboelle, C.B. / Puchades, C. / Azumaya, C.M. / Kratochvil, H.T. / Zimanyi, M. / Desphande, I. / Liang, J. / Dickinson, S. / Nguyen, H.C. / Chio, C.M. / Merz, G.E. / Thompson, M.C. / Diwanji, D. / Schaefer, K. / Anand, A.A. / Dobzinski, N. / Zha, B.S. / Simoneau, C.R. / Leon, K. / White, K.M. / Chio, U.S. / Gupta, M. / Jin, M. / Li, F. / Liu, Y. / Zhang, K. / Bulkley, D. / Sun, M. / Smith, A.M. / Rizo, A.N. / Moss, F. / Brilot, A.F. / Pourmal, S. / Trenker, R. / Pospiech, T. / Gupta, S. / Barsi-Rhyne, B. / Belyy, V. / Barile-Hill, A.W. / Nock, S. / Liu, Y. / Krogan, N.J. / Ralston, C.Y. / Swaney, D.L. / Garcia-Sastre, A. / Ott, M. / Vignuzzi, M. / Walter, P. / Manglik, A. / QCRG Structural Biology Consortium
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: An ultrapotent synthetic nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by stabilizing inactive Spike.
著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T ...著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T Kratochvil / Marcell Zimanyi / Ishan Deshpande / Jiahao Liang / Sasha Dickinson / Henry C Nguyen / Cynthia M Chio / Gregory E Merz / Michael C Thompson / Devan Diwanji / Kaitlin Schaefer / Aditya A Anand / Niv Dobzinski / Beth Shoshana Zha / Camille R Simoneau / Kristoffer Leon / Kris M White / Un Seng Chio / Meghna Gupta / Mingliang Jin / Fei Li / Yanxin Liu / Kaihua Zhang / David Bulkley / Ming Sun / Amber M Smith / Alexandrea N Rizo / Frank Moss / Axel F Brilot / Sergei Pourmal / Raphael Trenker / Thomas Pospiech / Sayan Gupta / Benjamin Barsi-Rhyne / Vladislav Belyy / Andrew W Barile-Hill / Silke Nock / Yuwei Liu / Nevan J Krogan / Corie Y Ralston / Danielle L Swaney / Adolfo García-Sastre / Melanie Ott / Marco Vignuzzi / / Peter Walter / Aashish Manglik /
要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By screening a yeast surface-displayed library of synthetic nanobody sequences, we developed nanobodies that disrupt the interaction between Spike and ACE2. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed that one nanobody, Nb6, binds Spike in a fully inactive conformation with its receptor binding domains locked into their inaccessible down state, incapable of binding ACE2. Affinity maturation and structure-guided design of multivalency yielded a trivalent nanobody, mNb6-tri, with femtomolar affinity for Spike and picomolar neutralization of SARS-CoV-2 infection. mNb6-tri retains function after aerosolization, lyophilization, and heat treatment, which enables aerosol-mediated delivery of this potent neutralizer directly to the airway epithelia.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synthetic nanobody mNb6
C: Synthetic nanobody mNb6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7027
ポリマ－27,2822
非ポリマー4205
水2,360131
1
A: Synthetic nanobody mNb6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9655
ポリマ－13,6411
非ポリマー3244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Synthetic nanobody mNb6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7372
ポリマ－13,6411
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.569, 71.253, 46.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Synthetic nanobody mNb6


分子量: 13641.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 1.0 M Aammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→42.105 Å / Num. obs: 16591 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1582 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VNV

5vnv


解像度: 2.05→42.105 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 902 5.57 %
Rwork0.2116 --
obs0.2136 16204 97.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.5 Å2 / Biso mean: 36.1272 Å2 / Biso min: 18.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→42.105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 21 131 1945
Biso mean--57.58 38.55 -
残基数----237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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