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- PDB-7kjz: crystal structure of PLEKHA7 PH domain biding inositol-tetraphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjz
タイトルcrystal structure of PLEKHA7 PH domain biding inositol-tetraphosphate
要素Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
キーワードCELL ADHESION / PLEKHA7 / PH domain / Pleckstrin homology domain / PIP / inositol-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


zonula adherens maintenance / pore complex assembly / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / delta-catenin binding / cell-cell adhesion mediated by cadherin / pore complex / cell junction / centrosome / extracellular exosome ...zonula adherens maintenance / pore complex assembly / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / delta-catenin binding / cell-cell adhesion mediated by cadherin / pore complex / cell junction / centrosome / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PKHA4-7, PH domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Marassi, F.M. / Aleshin, A.E. / Liddington, R.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA179087 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA160398 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the association of PLEKHA7 with membrane-embedded phosphatidylinositol lipids.
著者: Aleshin, A.E. / Yao, Y. / Iftikhar, A. / Bobkov, A.A. / Yu, J. / Cadwell, G. / Klein, M.G. / Dong, C. / Bankston, L.A. / Liddington, R.C. / Im, W. / Powis, G. / Marassi, F.M.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
B: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1775
ポリマ－32,1152
非ポリマー1,0623
水1,02757
1
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0571
ポリマ－16,0571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1204
ポリマ－16,0571
非ポリマー1,0623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.470, 77.470, 82.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 163 - 282 / Label seq-ID: 5 - 124

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family A member 7 / PH domain-containing family A member 7


分子量: 16057.337 Da / 分子数: 2 / 変異: D175K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the sequence GPLGS is cloning artifact / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IQ23
#2: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein in 2.5 mM I(1,3,4,5)P4, 180 mM NaCl, 20 mM Tris, 30 mM BisTris, 0.5 mM TCEP was mixed with 20% PEG 3350, 200 mM Na acetate
PH範囲: 6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→52.1 Å / Num. obs: 11134 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1136

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KJO

7kjo


解像度: 2.43→38.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 15.119 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 668 6 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.1848 10443 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.04 Å2 / Biso mean: 67.678 Å2 / Biso min: 35.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20.2 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→38.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 60 57 1789
Biso mean--110.48 56.88 -
残基数----202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131779
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8911.6982422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.5953695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1735198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.21719.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.23715286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.931518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02430
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3085 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.434→2.497 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 49 -
Rwork0.262 761 -
all-810 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.10151.37522.81924.6745-1.46328.7176-0.0333-0.6072-0.13660.17760.27090.45610.2036-0.9916-0.23760.0651-0.00430.00440.13550.050.063131.12-10.653-12.996
26.01520.5237-4.27634.61720.72310.3514-0.8211-0.1826-0.92990.2421-0.0010.42961.7239-0.68950.82210.343-0.0620.18130.17930.00560.222519.06513.949-10.969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A161 - 283
2X-RAY DIFFRACTION2B163 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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