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- PDB-7kjo: crystal structure of PLEKHA7 PH domain biding SO4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjo
タイトルcrystal structure of PLEKHA7 PH domain biding SO4
要素Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
キーワードCELL ADHESION / PLEKHA7 / PH domain / Pleckstrin homology domain / PIP / inositol-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


zonula adherens maintenance / pore complex assembly / epithelial cell-cell adhesion / delta-catenin binding / zonula adherens / cell-cell adhesion mediated by cadherin / pore complex / cell junction / centrosome / extracellular exosome ...zonula adherens maintenance / pore complex assembly / epithelial cell-cell adhesion / delta-catenin binding / zonula adherens / cell-cell adhesion mediated by cadherin / pore complex / cell junction / centrosome / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PKHA4-7, PH domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Marassi, F.M. / Aleshin, A.E. / Liddington, R.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA179087 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA160398 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the association of PLEKHA7 with membrane-embedded phosphatidylinositol lipids.
著者: Aleshin, A.E. / Yao, Y. / Iftikhar, A. / Bobkov, A.A. / Yu, J. / Cadwell, G. / Klein, M.G. / Dong, C. / Bankston, L.A. / Liddington, R.C. / Im, W. / Powis, G. / Marassi, F.M.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
B: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7479
ポリマ－32,0862
非ポリマー6617
水3,729207
1
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3274
ポリマ－16,0431
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family A member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4205
ポリマ－16,0431
非ポリマー3764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.830, 64.830, 59.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 164 through 236 or resid 258 through 283 or resid 302))
21(chain B and (resid 164 through 283 or resid 303))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHR(chain A and (resid 164 through 236 or resid 258 through 283 or resid 302))AA164 - 2366 - 78
12ARGARGVALVAL(chain A and (resid 164 through 236 or resid 258 through 283 or resid 302))AA258 - 283100 - 125
13SO4SO4SO4SO4(chain A and (resid 164 through 236 or resid 258 through 283 or resid 302))AE302
21PROPROVALVAL(chain B and (resid 164 through 283 or resid 303))BB164 - 2836 - 125
22SO4SO4SO4SO4(chain B and (resid 164 through 283 or resid 303))BI303

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family A member 7 / PH domain-containing family A member 7


分子量: 16043.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IQ23
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein in 180 mM NaCl and 20 mM sodium phosphate mixed with 25% glycerol, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→45.842 Å / Num. obs: 46929 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / Num. unique obs: 4283

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UPR

1upr


解像度: 1.45→45.842 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 17.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1714 4271 5.04 %
Rwork0.153 80519 -
obs0.1539 43487 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.15 Å2 / Biso mean: 31.787 Å2 / Biso min: 12.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→45.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 60 207 1962
Biso mean--49.61 40 -
残基数----206
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A952X-RAY DIFFRACTION9.446TORSIONAL
12B952X-RAY DIFFRACTION9.446TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4501-1.46660.34421500.3146255795
1.4666-1.48380.27671130.2829267598
1.4838-1.50190.27641570.2615263699
1.5019-1.52090.29591600.2355267798
1.5209-1.54090.24381430.224269199
1.5409-1.56210.2061430.2043265299
1.5621-1.58440.20361590.1893264799
1.5844-1.6080.17991460.1841268299
1.608-1.63310.2221390.1797265599
1.6331-1.65990.22071300.1776271899
1.6599-1.68850.20791400.165268599
1.6885-1.71930.18471450.16592670100
1.7193-1.75230.22461570.1591271099
1.7523-1.78810.19681380.1627265299
1.7881-1.8270.18081340.16272711100
1.827-1.86950.19651360.151269099
1.8695-1.91620.13931420.1502268799
1.9162-1.9680.1811240.1382682100
1.968-2.02590.17161510.13972706100
2.0259-2.09130.17951270.14262729100
2.0913-2.16610.18081250.13942688100
2.1661-2.25280.16631230.13972740100
2.2528-2.35530.17041370.13992655100
2.3553-2.47950.11931490.14422766100
2.4795-2.63480.1611520.14462668100
2.6348-2.83820.1661590.15082705100
2.8382-3.12380.18381530.15782696100
3.1238-3.57570.17581610.13422671100
3.5757-4.50440.13631440.12782693100
4.5044-45.820.16671340.16672725100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82590.19271.43493.4568-0.93264.5742-0.0676-0.1969-0.10470.52170.1226-0.1018-0.1432-0.1078-0.06820.20440.01250.00340.2034-0.01760.17846.915168.300731.8568
22.39680.72240.37421.85140.46152.03060.0466-0.09820.14570.2012-0.03250.15020.0083-0.1053-0.00960.1020.00080.01510.1208-0.00280.108940.438570.891230.1702
33.05830.48871.97783.7-0.07223.2971-0.0772-0.14050.02320.3146-0.06620.1102-0.18210.01380.17640.1511-0.02060.010.1756-0.02150.137454.42975.912635.749
43.0947-0.1651-0.46583.05330.26153.37950.01680.23930.3204-0.03440.02070.0929-0.2570.0501-0.01710.1054-0.0391-0.00940.1370.00890.173647.744578.654127.6148
53.1924-0.3451-3.41740.03080.37313.64260.5008-0.19770.081-0.30360.203-0.43-0.04920.3826-0.66350.4181-0.11790.00320.7118-0.01450.283338.357968.290243.4042
61.51190.02350.66851.499-0.12031.7085-0.00690.0642-0.0051-0.13760.09030.06210.01510.0473-0.06760.1084-0.01950.00270.1540.00680.100920.987763.953741.8355
74.82213.4087-0.95519.2201-1.23242.00440.41580.34370.0187-0.947-0.15730.2509-0.3259-0.1163-0.37860.4933-0.0246-0.05260.30120.01250.320711.487861.126.3279
81.832-0.5578-0.17311.5147-0.77561.5681-0.04090.0503-0.0001-0.26440.0820.02280.14960.016-0.00780.1916-0.01720.01360.1884-0.0060.163524.714463.435738.9404
95.6829-1.974-0.79510.96311.34359.5711-0.06570.0147-0.7413-0.08640.0394-0.39370.99170.3447-0.01160.21050.03020.03530.11780.00070.209626.940353.966643.059
101.55650.0762-0.39790.04010.1621.1499-0.06890.29810.1108-0.08020.00630.03150.0359-0.13270.04870.1954-0.00530.01240.23030.01240.202925.141370.741233.5817
111.8987-0.42591.37462.9006-0.48693.9284-0.10990.07730.0241-0.12250.01440.0603-0.1509-0.24290.12030.11840.0108-0.00220.17370.00740.136213.290370.840234.2254
127.04011.7865-2.96052.4435-1.01554.17570.2586-0.29390.6080.0755-0.01630.0793-0.4184-0.0064-0.20850.16270.0260.00810.1419-0.03320.178521.644675.678242.819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 164 through 181 )A164 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 182 through 218 )A182 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 258 )A219 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 259 through 283 )A259 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 159 through 164 )B159 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 165 through 174 )B165 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 175 through 181 )B175 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 182 through 197 )B182 - 197
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 198 through 204 )B198 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 205 through 218 )B205 - 218
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 219 through 266 )B219 - 266
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 267 through 284 )B267 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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