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- PDB-2fi9: The crystal structure of an outer membrane protein from the Barto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fi9
タイトルThe crystal structure of an outer membrane protein from the Bartonella henselae
要素Outer membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / Outer membrane protein / Bartonella henselae / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Hypothetical Protein Mth938; Chain: A, / MTH938-like / NDUFAF3/Mth938 domain-containing protein / MTH938-like superfamily / Protein of unknown function (DUF498/DUF598) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Hypothetical outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, R. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Collart, F. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1.8A crystal structure of an outer membrane protein from the Bartonella henselae
著者: Zhang, R. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Collart, F. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS MOLECULE IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0231
ポリマ－14,0231
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.527, 51.931, 62.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein


分子量: 14023.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
株: str. Houston-1 / 遺伝子: GI:49238164 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 49238164, UniProt: Q8RIU4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.28 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M CAPS pH10.5, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 10365 / Num. obs: 8970 / % possible obs: 86.54 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 986 / % possible all: 35.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.244 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.147
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 447 4.7 %RANDOM
Rwork0.19927 ---
obs0.2009 8970 86.54 %-
all-10365 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----0.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.036 Å0.033 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.032 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 0 53 958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9831250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7665117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.7052340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28615153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.855159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6891.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1462943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0233354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3194.5307
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 15 -
Rwork0.283 292 -
obs--39.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.07 Å / Origin y: 32.367 Å / Origin z: 23.635 Å
111213212223313233
T0.1491 Å2-0.0062 Å20.0054 Å2--0.1013 Å2-0.0175 Å2---0.2427 Å2
L1.7943 °2-0.5447 °20.9432 °2-1.7642 °2-0.1071 °2--4.1723 °2
S0.0398 Å °0.0247 Å °0.0166 Å °-0.0698 Å °-0.0049 Å °0.0106 Å °0.2253 Å °0.0171 Å °-0.0348 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 5011 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1AA51 - 9051 - 90
3X-RAY DIFFRACTION1AA91 - 12891 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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