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- PDB-7kjs: Crystal structure of CDK2/cyclin E in complex with PF-06873600 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjs
タイトルCrystal structure of CDK2/cyclin E in complex with PF-06873600
要素
  • Cyclin-dependent kinase 2
  • G1/S-specific cyclin-E1
キーワードCELL CYCLE / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity ...positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / G1/S-Specific Transcription / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / telomere maintenance / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / potassium ion transport / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Wnt signaling pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / peptidyl-serine phosphorylation / cellular senescence / kinase activity / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / regulation of protein localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WG1 / G1/S-specific cyclin-E1 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.187 Å
データ登録者McTigue, M.A. / He, Y. / Ferre, R.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of PF-06873600, a CDK2/4/6 Inhibitor for the Treatment of Cancer.
著者: Freeman-Cook, K.D. / Hoffman, R.L. / Behenna, D.C. / Boras, B. / Carelli, J. / Diehl, W. / Ferre, R.A. / He, Y.A. / Hui, A. / Huang, B. / Huser, N. / Jones, R. / Kephart, S.E. / Lapek, J. / ...著者: Freeman-Cook, K.D. / Hoffman, R.L. / Behenna, D.C. / Boras, B. / Carelli, J. / Diehl, W. / Ferre, R.A. / He, Y.A. / Hui, A. / Huang, B. / Huser, N. / Jones, R. / Kephart, S.E. / Lapek, J. / McTigue, M. / Miller, N. / Murray, B.W. / Nagata, A. / Nguyen, L. / Niessen, S. / Ninkovic, S. / O'Doherty, I. / Ornelas, M.A. / Solowiej, J. / Sutton, S.C. / Tran, K. / Tseng, E. / Visswanathan, R. / Xu, M. / Zehnder, L. / Zhang, Q. / Zhang, C. / Dann, S.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: G1/S-specific cyclin-E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3763
ポリマ－67,9052
非ポリマー4721
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.304, 100.304, 149.982
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34056.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 G1/S-specific cyclin-E1


分子量: 33848.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNE1, CCNE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24864
#3: 化合物 ChemComp-WG1 / 6-(difluoromethyl)-8-[(1R,2R)-2-hydroxy-2-methylcyclopentyl]-2-{[1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]amino}pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one


分子量: 471.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27F2N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6, .18 M magnesium formate, and 9.0 % (w/v) PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.187→100.3 Å / Num. obs: 39969 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.187→2.3 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.162 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5396 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 1.21 / Rsym value: 1.119 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
BUSTER2.11.7位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1W98

1w98


解像度: 2.187→83.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.209
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 1955 -RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.2305 39893 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0786 Å20 Å20 Å2
2---5.0786 Å20 Å2
3---10.1572 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.187→83.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4528 0 32 144 4704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084675HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.956351HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1605SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes767HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4675HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion595SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3884SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.12
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2806 38 -
Rwork0.2206 --
obs0.2233 798 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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