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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kjj | |||||||||
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タイトル | Reconstructed ancestor of HIUases and Transthyretins | |||||||||
![]() | TTR ancestor | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / HORMONE TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE![]() | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nagem, R.A.P. / Bleicher, L. / Costa, M.A.F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Reenacting the Birth of a Function: Functional Divergence of HIUases and Transthyretins as Inferred by Evolutionary and Biophysical Studies. 著者: Carrijo de Oliveira, L. / Figueiredo Costa, M.A. / Goncalves Pedersolli, N. / Heleno Batista, F.A. / Migliorini Figueira, A.C. / Salgado Ferreira, R. / Alves Pinto Nagem, R. / Alves Nahum, L. / Bleicher, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14486.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: TTR ancestor is a reconstruction of the node right after duplication, corresponding to the ancestor of all modern transthyretins 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Condition 1: 2 M lithium sulfate, 5% (v/v) 2-propanol, 0.1 M magnesium sulfate, 0.2 M sodium acetate pH 4.5 Condition 2: 30% (w/v) PEG 1500, 20% (w/v) PEG 400, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→41.34 Å / Num. obs: 55503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7752 / CC1/2: 0.868 / Rrim(I) all: 0.703 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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