PDB-7kjj: Reconstructed ancestor of HIUases and Transthyretins

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kjj

タイトル

Reconstructed ancestor of HIUases and Transthyretins

要素

TTR ancestor

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / HORMONE TRANSPORT

機能・相同性

3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Nagem, R.A.P. / Bleicher, L. / Costa, M.A.F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 2021
タイトル: Reenacting the Birth of a Function: Functional Divergence of HIUases and Transthyretins as Inferred by Evolutionary and Biophysical Studies.
著者: Carrijo de Oliveira, L. / Figueiredo Costa, M.A. / Goncalves Pedersolli, N. / Heleno Batista, F.A. / Migliorini Figueira, A.C. / Salgado Ferreira, R. / Alves Pinto Nagem, R. / Alves Nahum, L. / Bleicher, L.

履歴

登録	2020年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kjj.cif.gz	121.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kjj.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/7kjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/7kjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kcnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1thc-1 2qpf-3 1fhn-1 4abu-1 2qpf-1 6e76-1 1dvy-1 6gnw-d 1soq-3 5u4a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TTR ancestor

B: TTR ancestor

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TTR ancestor

B: TTR ancestor

ヘテロ分子

A: TTR ancestor

B: TTR ancestor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The TTR functional tetramer is obtained apllying the rotation/translation matrix to both A,B chains of the model.
61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.430, 92.430, 87.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-342- HOH
2	1	B-334- HOH

#1: タンパク質	TTR ancestor 分子量: 14486.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: TTR ancestor is a reconstruction of the node right after duplication, corresponding to the ancestor of all modern transthyretins 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン分子量: 776.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁I₄NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Condition 1: 2 M lithium sulfate, 5% (v/v) 2-propanol, 0.1 M magnesium sulfate, 0.2 M sodium acetate pH 4.5 Condition 2: 30% (w/v) PEG 1500, 20% (w/v) PEG 400, 0.1 M Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→41.34 Å / Num. obs: 55503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.27 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7752 / CC_1/2: 0.868 / R_rim(I) all: 0.703 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX	1.14_3260	位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→40.89 Å / SU ML: 0.1069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.8035 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	2666	4.81 %
R_work	0.1721	52811	-
obs	0.1727	55477	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1792	0	52	178	2022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0157	1915
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4746	2622
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0991	299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5707	650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.58	0.2344	146	0.2099	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.58-1.61	0.2291	129	0.2009	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.61-1.64	0.2027	140	0.1706	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.64-1.68	0.1936	139	0.1646	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.72	0.1976	141	0.1625	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.72-1.76	0.1694	139	0.1671	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.81	0.193	135	0.159	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.81-1.86	0.1747	120	0.1537	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.92	0.1883	125	0.145	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.99	0.1467	136	0.1476	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.07	0.1403	136	0.1468	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.16	0.1823	134	0.1553	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.28	0.1684	133	0.1611	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.28-2.42	0.1851	154	0.1694	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.61	0.1895	156	0.1837	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.87	0.2096	139	0.176	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.28	0.2137	173	0.1883	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.28-4.14	0.1575	147	0.1627	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.14-40.89	0.1902	144	0.1893	2999	X-RAY DIFFRACTION	99.12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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