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- PDB-7kjh: Plasmodium falciparum protein Pf12p bound to nanobody B9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjh
タイトルPlasmodium falciparum protein Pf12p bound to nanobody B9
要素
  • Nanobody B9
  • Surface protein P12p
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Plasmodium falciparum / 6-cysteine protein / s48/45 domain / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2860 / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Surface protein P12p
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 英国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1154937 オーストラリア
Wellcome Trust208693/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Nanobody generation and structural characterization of Plasmodium falciparum 6-cysteine protein Pf12p.
著者: Dietrich, M.H. / Chan, L.J. / Adair, A. / Keremane, S. / Pymm, P. / Lo, A.W. / Cao, Y.C. / Tham, W.H.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody B9
C: Surface protein P12p
D: Surface protein P12p
B: Nanobody B9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,76110
ポリマ－102,5624
非ポリマー1,1996
水10,683593
1
A: Nanobody B9
C: Surface protein P12p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8805
ポリマ－51,2812
非ポリマー5993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
2
D: Surface protein P12p
B: Nanobody B9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8805
ポリマ－51,2812
非ポリマー5993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.986, 107.044, 113.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...
21(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...
12(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...
22(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 161 - 16
121LEULEUALAALA(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA18 - 7518 - 75
131LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA7676
141GLNGLNSERSER(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 1201 - 120
151GLNGLNSERSER(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 1201 - 120
161GLNGLNSERSER(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 1201 - 120
171GLNGLNSERSER(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 1201 - 120
181GLNGLNSERSER(chain A and (resid 1 through 16 or resid 18...AA1 - 1201 - 120
211GLNGLNLEULEU(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...BD1 - 41 - 4
221GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...BD55
231GLNGLNHOHHOH(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...BD - N1 - 4011
241GLNGLNHOHHOH(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...BD - N1 - 4011
251GLNGLNHOHHOH(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...BD - N1 - 4011
261GLNGLNHOHHOH(chain B and (resid 1 through 4 or (resid 5...BD - N1 - 4011
112ASNASNASNASN(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB24 - 574 - 37
122VALVALPROPRO(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB59 - 7739 - 57
132ARGARGLYSLYS(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB79 - 8059 - 60
142ASNASNGLYGLY(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB82 - 10162 - 81
152SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
162SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
172SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
182SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
192SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
1102SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
1112SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
1122SERSERSERSER(chain C and (resid 24 through 57 or resid 59...CB23 - 3413 - 321
212ASNASNSERSER(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...DC24 - 314 - 11
222GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...DC3212
232ASNASNSERSER(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...DC24 - 3414 - 321
242ASNASNSERSER(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...DC24 - 3414 - 321
252ASNASNSERSER(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...DC24 - 3414 - 321
262ASNASNSERSER(chain D and (resid 24 through 31 or (resid 32...DC24 - 3414 - 321

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 Nanobody B9


分子量: 14033.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Surface protein P12p


分子量: 37247.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS12P, PF12P, PFF0620c
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C6KSX1
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3000, 0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953725 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.338 Å / Num. obs: 70873 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.813 % / Biso Wilson estimate: 34.603 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rrim(I) all: 0.203 / Χ2: 0.785 / Net I/σ(I): 10.73 / Num. measured all: 978968
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.1214.1261.4341.615962611311113000.7021.48799.9
2.12-2.2714.0040.9462.6914898710639106390.8390.982100
2.27-2.4513.4220.6763.84133359993799360.910.702100
2.45-2.6813.9670.4615.88128291918591850.960.479100
2.68-314.1930.2959.26117872830583050.9840.306100
3-3.4613.410.16415.6698950737973790.9940.171100
3.46-4.2313.8540.09526.4887279630063000.9980.099100
4.23-5.9613.8380.07233.6868514495149510.9990.075100
5.96-47.33812.540.0733.2236090288628780.9990.07399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YMO, 6WAQ

2ymo

6waq


解像度: 2→47.338 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 2126 3 %
Rwork0.1803 68716 -
obs0.1814 70842 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.55 Å2 / Biso mean: 35.9642 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6019 0 128 593 6740
Biso mean--66.46 41.16 -
残基数----767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9328551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.635037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051110
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A714X-RAY DIFFRACTION11.352TORSIONAL
12B714X-RAY DIFFRACTION11.352TORSIONAL
21C1472X-RAY DIFFRACTION11.352TORSIONAL
22D1472X-RAY DIFFRACTION11.352TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2-2.04650.30651390.27374492
2.0465-2.09770.31761400.24994548
2.0977-2.15440.26781400.23544527
2.1544-2.21780.27231400.21984515
2.2178-2.28940.2271410.20634552
2.2894-2.37120.26781410.21434556
2.3712-2.46620.24121390.20634499
2.4662-2.57840.2571420.2084607
2.5784-2.71430.23681410.19224538
2.7143-2.88440.2221410.18594559
2.8844-3.1070.21911410.18584575
3.107-3.41960.22081430.17064617
3.4196-3.91430.18731430.15664627
3.9143-4.93070.16921440.13384665
4.9307-47.3380.20011510.17764839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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