PDB-7kje: F96S epi-isozizaene synthase: complex with 3 Mg2+ and neridronate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kje

タイトル

F96S epi-isozizaene synthase: complex with 3 Mg2+ and neridronate

要素

epi-isozizaene synthase

キーワード

LYASE / terpene cyclase / complex / bisphosphonate inhibitor / risedronate

機能・相同性

機能・相同性情報

epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ronnebaum, T.A. / Gardner, S. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: An Aromatic Cluster in the Active Site of epi -Isozizaene Synthase Is an Electrostatic Toggle for Divergent Terpene Cyclization Pathways.
著者: Ronnebaum, T.A. / Gardner, S.M. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2020年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kje.cif.gz	105.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kje.ent.gz	62.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kje_validation.pdf.gz	713.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kje_full_validation.pdf.gz	714.6 KB	表示
XML形式データ	7kje_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	7kje_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/7kje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/7kje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kj8C 7kj9C 7kjdC 7kjfC 7kjgC 6axoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lgk-d 4ltv-d 5czl-d 6wkc-2 6yjy-2 5iip-1 1v8t-1 6wkj-2 3p41-d 6x7l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: epi-isozizaene synthase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.680, 76.230, 108.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	epi-isozizaene synthase 分子量: 43655.914 Da / 分子数: 1 / 変異: F96S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: HCU77_26465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6M9XZI2, UniProt: Q9K499*PLUS, epi-isozizaene synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NRD / (6-azanyl-1-oxidanyl-1-phosphono-hexyl)phosphonic acid / ネリドロン酸分子量: 277.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₇NO₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 mM Bis-Tris, pH 5.5, 0.05 mM Bis-Tris, pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate, 26% PEG3350, 4% v/v 1,3-propanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→62.34 Å / Num. obs: 51746 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.66 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 2540 / CC_1/2: 0.692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6AXO

6axo

解像度: 1.6→62.34 Å / SU ML: 0.1874 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.6832 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	5110	3.87 %
R_work	0.1889	94030	-
obs	0.1898	51644	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→62.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2456	0	24	249	2729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	3638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6315	2043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2793	136	0.2946	3522	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.62-1.64	0.3212	138	0.2754	3428	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.64-1.66	0.2943	143	0.2721	3526	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.66-1.69	0.2842	138	0.2601	3463	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.69-1.71	0.3288	141	0.2563	3437	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.71-1.74	0.2607	142	0.2548	3525	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.74-1.77	0.2571	140	0.2379	3487	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.77-1.8	0.2355	143	0.2257	3515	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.8-1.83	0.2202	132	0.2177	3412	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.83-1.87	0.2263	140	0.2116	3501	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.87-1.9	0.2546	133	0.2171	3491	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.9-1.95	0.2287	142	0.2178	3496	X-RAY DIFFRACTION	98.46
1.95-1.99	0.235	139	0.1994	3383	X-RAY DIFFRACTION	98.6
1.99-2.04	0.2039	140	0.1929	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.04-2.1	0.2247	142	0.1766	3493	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.1-2.16	0.2227	138	0.1699	3469	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.16-2.23	0.2325	144	0.1761	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.23-2.31	0.1998	140	0.1711	3484	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.31-2.4	0.1848	143	0.1702	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.4-2.51	0.2212	143	0.1759	3523	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.51-2.64	0.2476	141	0.1803	3496	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.64-2.81	0.1753	141	0.1831	3500	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.81-3.02	0.2088	143	0.1744	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.02-3.33	0.1795	139	0.1755	3537	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.33-3.81	0.1682	141	0.1564	3351	X-RAY DIFFRACTION	96.68
3.81-4.8	0.1741	142	0.1611	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8-62.34	0.1953	144	0.1998	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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