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- PDB-5czl: Crystal structure of a novel GH8 endo-beta-1,4-glucanase from an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5czl
タイトルCrystal structure of a novel GH8 endo-beta-1,4-glucanase from an Achatina fulica gut metagenomic library
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase family 8 / endo-beta-1 / 4-glucanase / Achatina fulica gut metagenome
機能・相同性Glycosyltransferase - #10 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Raoultella ornithinolytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.391 Å
データ登録者Scapin, S.M.N. / Souza, F.H.M. / Zanphorlin, L.M. / Almeida, T.S. / Sade, Y.B. / Cardoso, A.M. / Pinheiro, G.L. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a novel GH8 endo-beta-1,4-glucanase from an Achatina fulica gut metagenomic library
著者: Scapin, S.M.N. / Souza, F.H.M. / Zanphorlin, L.M. / Almeida, T. / Pinheiro, G.L. / Murakami, M.T.
履歴
登録2015年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3053
ポリマ－38,1151
非ポリマー1902
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.424, 76.374, 95.663
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucanase


分子量: 38114.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Raoultella ornithinolytica (バクテリア)
遺伝子: TE10_01090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG1000 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44.6 Å / Num. obs: 14898 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 51.182 Å2 / Rmerge F obs: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 7.02 / Num. measured all: 79003
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.39-2.540.6591.3810314239922031.33591.8
2.54-2.710.842.412549226022470.8499.40.761
2.71-2.930.9073.4311624210720980.59399.60.537
2.93-3.210.9685.5210762195619430.33299.30.301
3.21-3.580.9828.679516179317800.19899.30.178
3.58-4.130.9911.818329158615650.12798.70.114
4.13-5.050.99113.666805136613330.10297.60.091
5.05-7.10.99414.265876108310780.09199.50.082
7.10.9916.4432286686510.09297.50.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.391→44.6 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 733 4.92 %
Rwork0.2011 --
obs0.2034 14890 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.45 Å2 / Biso mean: 47.8033 Å2 / Biso min: 25.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.391→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2513 0 10 51 2574
Biso mean--45.31 44.09 -
残基数----315
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6081-2.3641-1.3331.6418-0.88013.4284-0.03790.824-0.4726-0.0197-0.2395-0.1969-0.08-0.02310.30440.401-0.05230.00330.4709-0.07330.432754.498617.986643.2835
22.9579-0.7918-3.53435.5689-1.75995.6566-0.18110.4942-0.0555-0.24330.3395-0.0689-0.1014-0.614-0.22640.3836-0.0315-0.03270.3471-0.05610.336247.462229.608450.0917
35.04410.42460.23554.42890.00045.2343-0.20070.21170.5276-0.20330.18440.2709-0.7622-0.31690.03810.4470.0338-0.00810.314-0.00410.35746.2237.708455.631
41.76330.9410.22383.14840.00352.77050.0544-0.06940.2709-0.125-0.19120.5285-0.4635-0.47260.11870.47550.07490.01620.3543-0.07520.390346.789440.435968.3407
56.321-0.3613-0.05444.4354-2.38632.04370.1492-0.9040.57020.35-0.02621.1026-0.7201-1.3452-0.03250.52390.05820.07840.6131-0.16230.585631.811235.200172.2601
61.08790.79340.55093.40841.22162.10020.0924-0.32580.05510.4772-0.11510.23460.2085-0.35920.00990.3915-0.00010.01370.41030.0320.266738.195419.236668.7383
76.5253-1.542-0.87026.7881-1.86732.40470.25220.0971-0.0549-0.0877-0.2778-0.40420.520.0436-0.00620.40810.06110.03580.303-0.0060.380850.25715.725355.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 19 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 52 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 113 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 135 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 136 through 152 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 153 through 286 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 287 through 317 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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