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Yorodumi- PDB-5czl: Crystal structure of a novel GH8 endo-beta-1,4-glucanase from an ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5czl | ||||||
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Title | Crystal structure of a novel GH8 endo-beta-1,4-glucanase from an Achatina fulica gut metagenomic library | ||||||
Components | Glucanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / glycosyl hydrolase family 8 / endo-beta-1 / 4-glucanase / Achatina fulica gut metagenome | ||||||
Function / homology | Glycosyltransferase - #10 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Raoultella ornithinolytica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.391 Å | ||||||
Authors | Scapin, S.M.N. / Souza, F.H.M. / Zanphorlin, L.M. / Almeida, T.S. / Sade, Y.B. / Cardoso, A.M. / Pinheiro, G.L. / Murakami, M.T. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a novel GH8 endo-beta-1,4-glucanase from an Achatina fulica gut metagenomic library Authors: Scapin, S.M.N. / Souza, F.H.M. / Zanphorlin, L.M. / Almeida, T. / Pinheiro, G.L. / Murakami, M.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5czl.cif.gz | 139.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5czl.ent.gz | 108.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5czl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38114.988 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Raoultella ornithinolytica (bacteria) / Gene: TE10_01090 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: Hydrolases; Glycosylases; Glycosidases, i.e. enzymes that hydrolyse O- and S-glycosyl compounds | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 10% PEG1000 10% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.458 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.458 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→44.6 Å / Num. obs: 14898 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 51.182 Å2 / Rmerge F obs: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 7.02 / Num. measured all: 79003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.391→44.6 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.45 Å2 / Biso mean: 47.8033 Å2 / Biso min: 25.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.391→44.6 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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