PDB-7kiz: reduced human peroxiredoxin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kiz

タイトル

reduced human peroxiredoxin 2

要素

Peroxiredoxin-2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / hydrogen peroxide

機能・相同性

機能・相同性情報

respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Modifying the resolving cysteine affects the structure and hydrogen peroxide reactivity of peroxiredoxin 2.
著者: Peskin, A.V. / Meotti, F.C. / Kean, K.M. / Gobl, C. / Peixoto, A.S. / Pace, P.E. / Horne, C.R. / Heath, S.G. / Crowther, J.M. / Dobson, R.C.J. / Karplus, P.A. / Winterbourn, C.C.

履歴

登録	2020年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kiz.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kiz.ent.gz	1022.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kiz_validation.pdf.gz	487.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kiz_full_validation.pdf.gz	503.9 KB	表示
XML形式データ	7kiz_validation.xml.gz	88 KB	表示
CIF形式データ	7kiz_validation.cif.gz	128.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kj0C 7kj1C 1qmvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kj0-d 7kj1-d 3tkr-d 1qmv-d 3tks-1 3tjf-1 4llr-d 3tkp-1 3sbc-d 2pn8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (2) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (2)
#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxiredoxin-2

B: Peroxiredoxin-2

C: Peroxiredoxin-2

D: Peroxiredoxin-2

E: Peroxiredoxin-2

F: Peroxiredoxin-2

G: Peroxiredoxin-2

H: Peroxiredoxin-2

I: Peroxiredoxin-2

J: Peroxiredoxin-2

218 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.800, 88.100, 127.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Peroxiredoxin-2 / Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / ...Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / Thioredoxin peroxidase 1 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 1 / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin 2 分子量: 21787.691 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX2, NKEFB, TDPX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32119, thioredoxin-dependent peroxiredoxin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peroxiredoxin-2 / Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / ...

分子量: 21787.691 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX2, NKEFB, TDPX1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32119, thioredoxin-dependent peroxiredoxin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→49.67 Å / Num. obs: 271919 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.62 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 19847 / CC_1/2: 0.186 / R_rim(I) all: 3.025 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QMV

1qmv

解像度: 1.7→48.33 Å / SU ML: 0.3845 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5648
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	13610	5.01 %
R_work	0.1825	258213	-
obs	0.1844	271823	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15378	0	0	1689	17067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	16296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0493	22150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0637	2419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	2927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0661	6030

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.5069	446	0.5203	8481	X-RAY DIFFRACTION	98.15
1.72-1.74	0.5134	455	0.5062	8466	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.74-1.76	0.4938	442	0.4707	8561	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.76-1.78	0.4556	434	0.4406	8532	X-RAY DIFFRACTION	98.67
1.78-1.81	0.4516	442	0.4529	8511	X-RAY DIFFRACTION	98.68
1.81-1.83	0.4566	434	0.457	8502	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.83-1.86	0.4105	482	0.3764	8513	X-RAY DIFFRACTION	98.73
1.86-1.89	0.3582	445	0.3298	8595	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.89-1.91	0.3492	453	0.3212	8477	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.91-1.95	0.3178	432	0.2678	8600	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.95-1.98	0.3002	451	0.2426	8551	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.98-2.02	0.289	477	0.2404	8560	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.02-2.05	0.2926	449	0.2368	8594	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.05-2.1	0.2557	473	0.2291	8551	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.1-2.14	0.2613	471	0.2262	8544	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.14-2.19	0.2658	450	0.2078	8659	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.19-2.25	0.2612	464	0.2005	8552	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.25-2.31	0.2289	440	0.1844	8622	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.31-2.38	0.2347	469	0.1703	8597	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.38-2.45	0.2281	438	0.1669	8684	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.45-2.54	0.2078	461	0.1628	8609	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.54-2.64	0.2062	457	0.1599	8620	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.64-2.76	0.2229	443	0.1671	8684	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.76-2.91	0.2197	457	0.1743	8658	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.91-3.09	0.2077	440	0.1643	8690	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.09-3.33	0.2214	457	0.1665	8700	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.33-3.66	0.1828	473	0.1525	8704	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.66-4.19	0.1741	471	0.1397	8700	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.19-5.28	0.15	435	0.1262	8795	X-RAY DIFFRACTION	99.78
5.28-48.33	0.2032	469	0.1797	8901	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.61718254366	1.25839390592	0.559310514279	1.72817079756	0.629445310472	0.556508493498	-0.0590380084551	-0.0526944910533	0.275824879105	-0.114797623622	-0.0910246255255	0.278050478532	-0.100341782394	-0.0993691735181	0.140374730177	0.278573330331	0.0557831287268	-0.0567974502398	0.244483184173	-0.0884061061414	0.406814278209	17.1765291466	41.2988826661	46.2105188611
2	2.85262079504	0.599318322412	0.140719153179	1.10330045305	0.298714544749	0.514281698833	0.0434167339699	-0.33703559954	0.0385437194522	0.107428097497	-0.144044666988	0.136243432138	0.0231749043304	-0.171809880552	0.101207977761	0.269684667855	-0.000594819522906	-0.000198140884237	0.284648059427	-0.0670516625931	0.238396737876	29.2212231875	39.1835674938	62.743875457
3	2.06149665326	-0.754697943623	0.0603588242113	2.6227449753	0.787443963334	1.14317169524	-0.0707563854361	0.341684957708	-0.102438130565	-0.241087558796	-0.079862663799	0.325151168277	-0.077873224743	-0.0615868480578	0.148833808131	0.264608846778	-0.0406138003869	-0.0350075991803	0.305564962472	-0.0857087692799	0.330242720124	3.42244433534	-0.384859180054	20.8267453937
4	1.78367563699	-0.147660735616	-0.306378270664	2.80640270941	0.989193828965	1.05781673716	-0.154753999907	-0.08271086209	-0.138829327145	0.252939374741	-0.00702383621489	0.295296577684	0.183996218943	-0.0662917902346	0.14817879706	0.292775519669	-0.0128653512509	0.0475857485169	0.23752746263	-0.0527470425535	0.343536190747	0.86296311318	3.40316643225	40.7276867545
5	2.61591664901	-0.768152974947	-0.842163714977	1.28728008284	0.777324056202	1.03213473846	0.141009864019	0.0810510092343	0.309039100183	-0.272700589335	0.00725440902484	-0.237382146197	-0.242593590412	0.0343144421531	-0.146744134358	0.334967206065	0.00263763193544	0.039294694339	0.17511252863	0.0209249539434	0.293809077664	67.8159589937	42.8419289973	47.6943677185
6	1.63732298123	-0.705650487207	-0.584019310338	1.33268977543	1.00492689081	1.44267333298	-0.0296194644734	-0.232963426135	-0.0010564046006	0.0898185675927	0.132416793674	-0.134208468879	0.0498462463216	0.202198614947	-0.0996639176335	0.269824718247	0.0125162951422	-0.0216733963111	0.259101075443	0.00432782193643	0.273392051277	77.77691655	26.6065651193	55.3917500287
7	2.86483038856	-0.0565505819241	0.205061254238	0.467706572885	0.282036562307	0.411792539861	0.0327877091947	0.809844153376	-0.510610293708	-0.0997439859663	-0.187729411916	0.0318199752938	0.0959671946769	-0.119551574829	0.0103633805954	0.331716020496	-0.0125459273494	-0.00832278880548	0.607307054475	-0.286567227228	0.471520795563	45.7678125712	-24.162697546	5.87589958327
8	2.57834429656	-0.171793984477	-0.05694682894	1.13548444233	0.0135258210239	0.195068265605	0.00173561314209	0.24730879013	-0.796859731345	0.0781810521923	-0.0525818416234	-0.0255359528756	0.163680225177	-0.0343779971111	0.0565912754805	0.351019930434	-0.0302009722972	0.0093178586216	0.352150152622	-0.203745210205	0.630277418736	31.479749334	-30.5761643448	19.2928142368
9	1.78103773955	0.707438701297	0.294942741628	2.32082337096	1.48846602738	1.83152585001	-0.042532149257	0.302626172319	-0.050443422222	-0.150008396043	0.164881711587	-0.17321421301	-0.00839505243636	0.137083190179	-0.126972857568	0.195501992857	0.00793355973446	-0.0120543319048	0.239362670697	-0.0103549866516	0.234366956493	85.5221914877	2.51822634013	22.5457245391
10	2.00500067002	0.818608711655	0.726561697852	2.35425045675	1.36166145767	1.23871854437	0.0732209603695	0.0543141989345	-0.417350104701	0.313936744749	0.057882556028	-0.204405756184	0.279416279293	0.0654228208915	-0.135243617579	0.330407922788	0.0297372104821	-0.0672063854095	0.235787849197	-0.0189065989487	0.41031606916	80.061429273	-16.3025305349	28.5107987878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)