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- PDB-7kir: Crystal structure of inositol polyphosphate 1-phosphatase (INPP1)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kir
タイトルCrystal structure of inositol polyphosphate 1-phosphatase (INPP1) D54A mutant in complex with inositol (1,4)-bisphosphate
要素Inositol polyphosphate 1-phosphatase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,3,4-trisphosphate 1-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate 1-phosphatase, domain 1 / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4-BISPHOSPHATE / Inositol polyphosphate 1-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dollins, D.E. / Xiong, J.-P. / Ren, Y. / York, J.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM124404 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL055672 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural basis for lithium and substrate binding of an inositide phosphatase.
著者: Dollins, D.E. / Xiong, J.P. / Endo-Streeter, S. / Anderson, D.E. / Bansal, V.S. / Ponder, J.W. / Ren, Y. / York, J.D.
履歴
登録2020年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol polyphosphate 1-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3534
ポリマ－43,9331
非ポリマー4203
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.437, 51.437, 142.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Inositol polyphosphate 1-phosphatase / IPPase


分子量: 43932.922 Da / 分子数: 1 / 変異: D54A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: INPP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21327, inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-2IP / D-MYO-INOSITOL-1,4-BISPHOSPHATE


分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were first grown in 0.1M sodium citrate pH 4.3, 16-18% PEG6K, 5 mM CaCl2. Then crystals were soaked with inositol (1,4)-bisphosphate for 1-3 hours

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS II / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→35.3 Å / Num. obs: 10601 / % possible obs: 92.8 % / Biso Wilson estimate: 31.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.099 / Num. unique obs: 929

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1INP

1inp


解像度: 2.6→35.25 Å / SU ML: 0.321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 24.9723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1070 10.1 %
Rwork0.1904 9525 -
obs0.196 10595 92.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2541 0 22 22 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00472604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76093526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4329344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.32741200.27831061X-RAY DIFFRACTION82.36
2.72-2.860.29031340.25681174X-RAY DIFFRACTION91.66
2.86-3.040.32061360.22261231X-RAY DIFFRACTION95.46
3.04-3.280.27581400.18951227X-RAY DIFFRACTION97.43
3.28-3.610.21291360.18121223X-RAY DIFFRACTION96.18
3.61-4.130.25261370.16341232X-RAY DIFFRACTION96.41
4.13-5.20.18131420.15451220X-RAY DIFFRACTION94.45
5.2-35.250.23651250.19141157X-RAY DIFFRACTION89.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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