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- PDB-7kfa: PCSK9 in complex with PCSK9i a 13mer cyclic peptide LDLR disruptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfa
タイトルPCSK9 in complex with PCSK9i a 13mer cyclic peptide LDLR disruptor
要素
  • 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Propeptide
キーワードLIPID TRANSPORT / HYDROLASE / PRO-PROTEIN CONVERTASE / CORONARY HEART DISEASE / HYPERCHOLESTEROLEMIA / LOW DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR / AUTOCATALYTIC CLEAVAGE / CHOLESTEROL METABOLISM / DISEASE MUTATION / GLYCOPROTEIN / LIPID METABOLISM / PHOSPHORYLATION / PROTEASE / SECRETED / SERINE PROTEASE / STEROID METABOLISM / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle binding ...low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endolysosome membrane / sodium channel inhibitor activity / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / signaling receptor inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / protein autoprocessing / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of receptor internalization / apolipoprotein binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / phospholipid metabolic process / neurogenesis / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / kidney development / liver development / cellular response to insulin stimulus / neuron differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / positive regulation of neuron apoptotic process / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chopra, R. / Xu, M. / Spraggon, G.
引用
ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Identification of a PCSK9-LDLR disruptor peptide with in vivo function.
著者: Brousseau, M.E. / Clairmont, K.B. / Spraggon, G. / Flyer, A.N. / Golosov, A.A. / Grosche, P. / Amin, J. / Andre, J. / Burdick, D. / Caplan, S. / Chen, G. / Chopra, R. / Ames, L. / Dubiel, D. ...著者: Brousseau, M.E. / Clairmont, K.B. / Spraggon, G. / Flyer, A.N. / Golosov, A.A. / Grosche, P. / Amin, J. / Andre, J. / Burdick, D. / Caplan, S. / Chen, G. / Chopra, R. / Ames, L. / Dubiel, D. / Fan, L. / Gattlen, R. / Kelly-Sullivan, D. / Koch, A.W. / Lewis, I. / Li, J. / Liu, E. / Lubicka, D. / Marzinzik, A. / Nakajima, K. / Nettleton, D. / Ottl, J. / Pan, M. / Patel, T. / Perry, L. / Pickett, S. / Poirier, J. / Reid, P.C. / Pelle, X. / Seepersaud, M. / Subramanian, V. / Vera, V. / Xu, M. / Yang, L. / Yang, Q. / Yu, J. / Zhu, G. / Monovich, L.G.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2007
タイトル: The self-inhibited structure of full-length PCSK9 at 1.9 A reveals structural homology with resistin within the C-terminal domain.
著者: Hampton, E.N. / Knuth, M.W. / Li, J. / Harris, J.L. / Lesley, S.A. / Spraggon, G.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Propeptide
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
D: 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9664
ポリマ－73,9263
非ポリマー401
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.422, 70.338, 150.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Propeptide / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 14019.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBP7
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 58272.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質・ペプチド 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL


分子量: 1633.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20.0% PEG-6000, 0.1M TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→57.67 Å / Num. obs: 23342 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3405 / CC1/2: 0.784 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.665 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2QTW

2qtw


解像度: 2.45→57.67 Å / SU ML: 0.2931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1193 5.12 %
Rwork0.1892 22128 -
obs0.1919 23321 93.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→57.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4237 0 119 99 4455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00534445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82376032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0504694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1173620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.550.31631370.25152454X-RAY DIFFRACTION94.67
2.55-2.670.32351460.23752463X-RAY DIFFRACTION95.25
2.67-2.810.27891230.22552489X-RAY DIFFRACTION94.88
2.81-2.980.23631210.2172480X-RAY DIFFRACTION94.82
2.98-3.210.25061250.19872445X-RAY DIFFRACTION93.49
3.21-3.540.30081440.18462445X-RAY DIFFRACTION93.4
3.54-4.050.23421390.17572438X-RAY DIFFRACTION92.5
4.05-5.10.17651430.15652439X-RAY DIFFRACTION91.46
5.1-57.670.23361150.18962475X-RAY DIFFRACTION87.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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