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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ke1 | ||||||
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タイトル | Factor H enhancing human antibody fragment (Fab) to meningococcal Factor H binding protein | ||||||
要素 | (Immunoglobulin gamma, ...) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / human / antibody / Fab / meningococcal vaccine / Factor H binding protein | ||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Beernink, P.T. / Sands, N. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021 タイトル: Two human antibodies to a meningococcal serogroup B vaccine antigen enhance binding of complement Factor H by stabilizing the Factor H binding site. 著者: Sands, N.A. / Beernink, P.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ke1.cif.gz | 569.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ke1.ent.gz | 425.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ke1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ke1_validation.pdf.gz | 453.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ke1_full_validation.pdf.gz | 456.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ke1_validation.xml.gz | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ke1_validation.cif.gz | 62.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/7ke1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/7ke1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 BDAC
#1: 抗体 | 分子量: 23661.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 25093.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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-非ポリマー , 5種, 909分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris Propane, lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→70.47 Å / Num. obs: 143102 / % possible obs: 98.07 % / Observed criterion σ(I): 1.89 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1672 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 12.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.012 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 97061 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 1.086 / % possible all: 96.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: homology model 解像度: 1.5→70.47 Å / SU ML: 0.1631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4007 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→70.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.6945270849 Å / Origin y: -16.2579363628 Å / Origin z: -6.11518543547 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |