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- PDB-7kdu: Ricin bound to VHH antibody V5E4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdu
タイトルRicin bound to VHH antibody V5E4
要素
  • Ricin chain A
  • Ricin chain B
  • VHH antibody V5E4
キーワードTOXIN / Ribosome inactivating protein
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.809 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Analysis of Toxin-Neutralizing, Single-Domain Antibodies that Bridge Ricin's A-B Subunit Interface.
著者: Rudolph, M.J. / Poon, A.Y. / Kavaliauskiene, S. / Myrann, A.G. / Reynolds-Peterson, C. / Davis, S.A. / Sandvig, K. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin chain A
B: Ricin chain B
C: VHH antibody V5E4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5969
ポリマ－73,1873
非ポリマー1,4096
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.281, 76.494, 101.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin chain A


分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Glycosidase / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Ricin chain B


分子量: 28989.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lectin / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 1種, 1分子 C

#3: 抗体 VHH antibody V5E4


分子量: 14260.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VHH antibody / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 211分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 290 mM zinc Aaetate and 17% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16859 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 1.136 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 58988
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.31.1088220.5560.7121.320.937100
2.85-2.93.30.9478240.7360.5961.1210.935100
2.9-2.963.40.9158290.6990.5771.0840.96799.9
2.96-3.023.40.7588670.7560.4780.8990.98199.9
3.02-3.083.40.5598090.8390.3510.6620.96999.8
3.08-3.153.50.4618590.8590.2880.5451.00799.9
3.15-3.233.50.388440.8920.2350.4480.981100
3.23-3.323.50.318170.9170.1930.3660.966100
3.32-3.423.50.2618580.9380.1610.3081.042100
3.42-3.533.50.2038410.9480.1250.2391.023100
3.53-3.653.60.1578300.9640.0970.1851.077100
3.65-3.83.60.1388520.9810.0860.1631.208100
3.8-3.973.60.1318370.9820.0810.1541.246100
3.97-4.183.60.1218550.9870.0740.1421.32399.9
4.18-4.443.60.0858460.990.0520.11.394100
4.44-4.793.50.0848340.9910.0520.0991.3100
4.79-5.273.60.0828480.9920.050.0961.138100
5.27-6.033.60.0818480.9910.050.0951.123100
6.03-7.593.50.0668740.9950.0410.0781.21100
7.59-503.40.0448650.9940.0280.0521.83797.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AAI, 3EZJ

2aai

3ezj


解像度: 2.809→30.536 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2937 879 5.22 %
Rwork0.2367 15948 -
obs0.2396 16827 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.47 Å2 / Biso mean: 79.984 Å2 / Biso min: 18.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.809→30.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4792 0 86 208 5086
Biso mean--86.13 57.2 -
残基数----611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6896770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4422955
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8091-2.98490.36931440.3025250094
2.9849-3.21520.36461410.28922671100
3.2152-3.53830.34011650.26832657100
3.5383-4.04930.27531580.23172662100
4.0493-5.09780.26441340.20282710100
5.0978-30.5360.26511370.22562748100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3395-2.11640.28175.57830.85326.44850.43170.1427-0.1310.9547-0.58682.39490.5186-1.24990.2460.8918-0.3010.50150.8887-0.43331.496535.6383-16.6038128.2136
23.17090.89823.45180.98720.06044.73040.2612-0.4816-0.48390.5678-0.42230.4222-0.15440.2599-0.09042.4375-0.17470.40970.0065-0.76171.972436.5508-22.6988136.7007
34.9343-0.6903-0.16173.388-0.53560.09510.0058-0.10910.1721-0.2347-0.1750.6577-0.302-0.13230.09250.6988-0.2387-0.04770.9908-0.77182.609829.1342-29.249122.6569
42.01255.14553.68692.01625.6992.0155-0.1432-0.7016-1.38520.9408-0.46431.19920.2917-0.03080.82851.30970.0790.63991.4622-0.29711.046445.4081-25.5618128.343
58.95522.08873.25162.5513-2.48086.2955-0.6158-0.32810.46080.5038-0.2423-0.0112-1.13010.14810.76430.7302-0.08280.02210.6031-0.24110.976258.9956-21.8226129.4592
69.82081.98722.07910.40560.47610.4558-0.9047-0.1175-2.33040.38170.07830.43910.60640.03120.61581.13740.05920.17730.595-0.12591.177646.7728-29.6892128.806
74.3058-2.57281.0325.18641.26513.52310.2172-0.0921-0.2339-0.1096-0.32160.27590.2509-0.22070.08810.4215-0.07180.0150.24670.00780.336761.41182.9863145.0157
810.0342-4.44020.71227.94661.01645.632-0.2001-0.46521.0091.03890.2915-1.3076-0.51710.0777-0.12880.6017-0.06520.03590.3174-0.06220.628372.53359.3763155.9474
95.0999-2.0962.40375.6781-0.10455.66740.05830.79410.0101-0.5047-0.3222-0.3862-0.25070.43880.23910.3878-0.06570.04580.34640.00830.325770.97932.535134.5111
101.5297-0.53381.21950.9299-1.32432.0408-0.17390.61110.9853-0.37190.05940.1946-0.59750.81550.3371.3284-0.0931-0.33011.08380.46190.639459.839523.0824118.341
111.1306-0.1093-0.55332.76781.88171.82230.57311.08130.4895-1.22490.57080.1088-0.73750.2163-0.57671.43370.434-0.13132.21030.65610.360953.628321.469799.3537
123.5791-0.33370.95172.582-1.0562.6076-0.93131.22441.16350.30440.3276-0.5604-0.49440.6420.52481.3351-0.2618-0.30541.24510.43180.815857.399225.6292108.2387
134.1244-0.05381.29363.15130.8474.6321-0.83010.74451.1772-0.0917-0.2480.1595-1.08610.32491.02241.11230.0121-0.41020.99740.24210.749844.816526.2419111.1015
142.26770.27721.69712.3592-1.52642.3335-0.02531.9390.1022-0.71340.28350.40010.4704-0.2788-0.24081.0258-0.0737-0.19691.37730.19210.50948.027913.8405108.0344
151.2062-0.20660.3923.525-1.50923.36770.38991.5206-0.2706-0.68430.1153-0.70090.6050.0022-0.37940.74780.1257-0.1191.168-0.42340.575457.6805-8.656118.1484
163.0007-0.25520.59245.2984-0.27681.80890.07351.1473-0.4912-1.3056-0.0856-0.1947-0.2981-0.37730.06340.81460.068-0.06071.0452-0.25830.556555.5187-5.6822110.3325
171.9178-0.30580.20572.8436-0.86976.99820.12911.2778-0.0978-1.2184-0.54421.0911-0.208-1.63140.31840.85120.1587-0.2421.3111-0.1680.734544.145-1.1769114.6858
181.1591-1.8413-1.41544.59670.45654.14240.09161.1575-0.4442-0.2019-0.16970.88780.31740.03590.10420.587-0.0734-0.18450.8286-0.22380.600547.1563-6.4751122.8145
198.02042.0430.49891.65640.94527.26190.3626-0.8082-0.63412.3668-0.31931.68840.99140.0814-0.21831.6274-0.24050.5550.7515-0.32161.734243.3587-30.0859135.3332
203.02481.7969-0.7817.259-4.63254.5237-0.5426-0.51040.45430.4984-0.16020.67650.62750.12960.40981.7527-0.53391.10891.9736-0.94091.02748.8183-20.3054137.6155
215.7573-3.3013-0.07268.30760.49575.18111.21520.7770.0585-0.0349-1.33951.22660.05330.20410.26310.7008-0.17060.13961.3068-0.69131.555239.1726-26.7467121.614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 51 through 73 )C51 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 74 through 83 )C74 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 84 through 94 )C84 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 95 through 100 )C95 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 101 through 109 )C101 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 110 through 117 )C110 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 6 through 86 )A6 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 87 through 113 )A87 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 114 through 261 )A114 - 261
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 15 )B3 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 16 through 37 )B16 - 37
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 38 through 66 )B38 - 66
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 67 through 102 )B67 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 103 through 139 )B103 - 139
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 140 through 155 )B140 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 156 through 192 )B156 - 192
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 193 through 221 )B193 - 221
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 222 through 262 )B222 - 262
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid -1 through 23 )C-1 - 23
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 24 through 33 )C24 - 33
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 34 through 49 )C34 - 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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