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- PDB-7kdn: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdn
タイトルCrystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Aspergillus fumigatus
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / Aspergillus fumigatus / Acetyl CoenzymeA Synthetase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Aspergillus fumigatus
著者: Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
C: Acetyl-coenzyme A synthetase
D: Acetyl-coenzyme A synthetase
E: Acetyl-coenzyme A synthetase
F: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,38712
ポリマ－459,0516
非ポリマー2,3366
水77543
1
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8982
ポリマ－76,5091
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8982
ポリマ－76,5091
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8982
ポリマ－76,5091
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8982
ポリマ－76,5091
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8982
ポリマ－76,5091
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8982
ポリマ－76,5091
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.790, 104.210, 125.650
Angle α, β, γ (deg.)68.150, 66.550, 62.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...
21(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...
31(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...
41(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...
51(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...A22 - 26
121(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...A27 - 28
131(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...A12 - 695
141(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...A12 - 695
151(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...A12 - 695
161(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...A12 - 695
211(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...B22 - 30
221(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...B31 - 32
231(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...B21 - 695
241(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...B21 - 695
251(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...B21 - 695
261(chain B and (resid 22 through 30 or (resid 31...B21 - 695
311(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...D22 - 49
321(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...D50
331(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...D22 - 695
341(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...D22 - 695
351(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...D22 - 695
361(chain D and (resid 22 through 49 or (resid 50...D22 - 695
411(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...E22 - 31
421(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...E32
431(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...E13 - 638
441(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...E13 - 638
451(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...E13 - 638
461(chain E and (resid 22 through 31 or (resid 32...E13 - 638
511(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...F22 - 35
521(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...F36
531(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...F20 - 638
541(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...F20 - 638
551(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...F20 - 638
561(chain F and (resid 22 through 35 or (resid 36...F20 - 638

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-coenzyme A synthetase


分子量: 76508.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G11080 / プラスミド: pEMB7013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WQ02, acetate-CoA ligase
#2: 化合物
ChemComp-PRX / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE / 5′-アデニル酸プロピル


分子量: 389.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RigakuReagents Morpheus screen, g9:10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02M carboxylic acids (sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate,sodium potassium L-tartrate, sodium ...詳細: RigakuReagents Morpheus screen, g9:10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02M carboxylic acids (sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate,sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate, 0.1M bicine/Trizma base pH8.5; AsfuA.00629.a.FS11.PD00486 at 10 mg/ml, 1mM TCEP, 1mM BSI5663/Propyl-AMP; cryo: direct; tray 313288g9, puck ejj3-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 100485 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 57.775 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.8740.9371.5774050.7031.08397.5
2.87-2.950.8211.8271930.7320.94997.6
2.95-3.040.6182.3970430.8470.71497.7
3.04-3.130.5062.9468270.8830.58497.7
3.13-3.230.3554.0266650.9460.41197.9
3.23-3.350.2844.9564100.9610.32997.9
3.35-3.470.2415.9262060.9710.27998
3.47-3.610.1937.0359460.9830.22398.1
3.61-3.780.1588.8756850.9850.18397.8
3.78-3.960.12510.4655150.9910.14498.4
3.96-4.170.08913.4152250.9950.10398.3
4.17-4.430.0815.2249100.9950.09398.7
4.43-4.730.06517.8846750.9970.07598.4
4.73-5.110.05919.4243070.9970.06898.7
5.11-5.60.06418.6739670.9960.07598.2
5.6-6.260.06219.3535880.9960.07198.6
6.26-7.230.05221.7631710.9970.0698.3
7.23-8.850.03628.5526770.9980.04298.1
8.85-12.520.02736.0220430.9990.03297.2
12.52-500.02736.6610270.9980.03288.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFI

5ifi


解像度: 2.8→47.92 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1999 1.99 %
Rwork0.2155 98432 -
obs0.2161 100431 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.45 Å2 / Biso mean: 65.7636 Å2 / Biso min: 35.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26431 0 156 43 26630
Biso mean--64.74 52.71 -
残基数----3499
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12549X-RAY DIFFRACTION5.987TORSIONAL
12B12549X-RAY DIFFRACTION5.987TORSIONAL
13D12549X-RAY DIFFRACTION5.987TORSIONAL
14E12549X-RAY DIFFRACTION5.987TORSIONAL
15F12549X-RAY DIFFRACTION5.987TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.47111370.3536983712098
2.87-2.950.42771440.34266979712398
2.95-3.030.36821420.31167046718898
3.03-3.130.32161490.29446989713898
3.13-3.240.28741460.27077078722498
3.24-3.370.2971400.25326997713798
3.37-3.530.28921390.23777031717098
3.53-3.710.27811490.24827095724498
3.71-3.950.25611440.216975711998
3.95-4.250.22041440.18547093723799
4.25-4.680.18361330.1627103723699
4.68-5.350.18671490.16377038718799
5.35-6.740.21431480.19117064721299
6.74-47.920.17221350.17816961709697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46090.3734-0.3010.374-0.18360.24510.09690.10560.46570.11150.03820.8603-0.031-0.20340.00010.63150.0103-0.03370.6882-0.07280.8133-31.8868-0.386817.7261
21.7872-0.02990.23150.79420.29731.0350.04190.3603-0.0814-0.0584-0.00790.0058-0.05650.047600.42180.0447-0.03760.49360.00240.4463-10.0058-4.4303-6.4549
31.90330.0046-0.30570.96320.22850.73830.07280.2052-0.2503-0.0558-0.05440.14940.0137-0.0985-00.41020.0642-0.07480.5277-0.01570.5155-23.3939-8.0861-1.3921
40.65980.21220.29290.06680.09630.1291-0.1884-0.13591.34210.0214-0.1607-0.1251-0.5837-0.0319-0.00680.51210.017-0.00730.5549-0.02680.7414-31.837717.23877.705
50.75080.29680.25690.8148-0.28680.2946-0.07050.26530.6049-0.13560.06180.2527-0.0425-0.25980.00010.52480.0627-0.06920.56460.05180.817-25.988113.7387-1.182
60.0481-0.06580.00690.33710.20370.1607-0.00770.30260.4392-0.572-0.0566-0.01660.219-0.12530.00020.9954-0.0060.01061.08510.31750.5948-36.39087.63-23.3274
70.24380.0849-0.13890.0343-0.07760.17260.2994-0.32470.4512-0.2207-0.6135-0.1350.0124-0.2317-0.00520.8090.1384-0.15811.37530.1810.9644-38.46047.2062-24.3894
82.0749-0.3049-0.1110.8026-0.32290.62510.07780.3256-0.2843-0.0167-0.0387-0.080.0482-0.0541-00.42740.0624-0.01680.5004-0.11650.492926.0686-9.4971-1.4106
90.5602-0.1304-0.26560.5611-0.75241.49120.04290.53770.0061-0.2558-0.01330.2950.097-0.06480.00020.51580.1317-0.02280.684-0.11450.715425.127-3.6061-12.1366
101.90730.07930.02111.41-0.04620.79920.14610.1894-0.6293-0.0325-0.1069-0.09580.15990.057100.46950.0699-0.05260.4989-0.07130.711430.8352-23.83212.662
111.0027-0.0684-0.11440.48010.03970.05940.00680.7884-0.5453-0.7453-0.0348-0.12940.0538-0.31870.00091.12020.1133-0.14530.9537-0.25161.443227.8396-32.8598-15.7012
120.0850.15180.08020.32170.04630.1623-0.3625-0.2020.20780.44520.1126-0.67440.08460.1379-00.9205-0.0526-0.04830.70110.02610.74021.07448.478229.0939
131.35050.1874-0.39581.4084-0.1870.61950.0764-0.0360.00380.23420.0033-0.01790.085-0.05-00.5685-0.0733-0.05410.4142-0.00170.3741-10.628927.848451.2739
140.3645-0.1138-0.26690.4538-0.04510.81520.0111-0.33840.25380.2030.00810.37760.3276-0.05180.00010.693-0.05390.03240.5738-0.05770.6283-17.197829.004960.6539
151.46930.0352-0.14821.74930.11351.1457-0.0627-0.0203-0.11650.04670.0636-0.33090.23730.088700.5994-0.0064-0.06730.4459-0.020.57671.922115.873944.2383
162.1761.06770.52160.52430.25640.1258-0.00070.006-0.0249-0.0457-0.02470.0570.054-0.05150.00021.0278-0.2438-0.57441.23080.0171.203117.283117.627854.1498
170.88430.06230.33440.59950.13120.70220.01480.09540.2075-0.0803-0.0142-0.0281-0.07920.0533-00.48570.02290.04430.4630.06870.676611.155626.6422-0.4945
181.35340.12270.47271.31490.14880.89090.00640.11520.3186-0.09430.05180.0056-0.2296-0.0034-00.47610.03550.06130.4910.07990.765810.276135.6815-1.0874
190.75270.3753-0.06661.0101-0.07880.90330.05490.05730.4056-0.0285-0.0386-0.1578-0.16060.157200.5227-0.01950.07080.50640.05080.920930.128433.67256.5583
200.0037-0.00590.0231-0.00180.01380.23030.0270.37550.007-0.36490.1585-0.1343-0.09890.287-0.00010.965-0.13120.17910.9649-0.01011.076933.338741.8633-13.3739
210.5841-0.09170.06930.0326-0.10090.46090.23640.02630.74130.3367-0.1023-0.0559-0.409-0.12480.00010.7271-0.046-0.0190.5501-0.00030.7141-42.765-10.478229.7217
221.29750.0040.04561.2631-0.24640.84220.0709-0.17270.09930.3502-0.0553-0.0693-0.1185-0.0513-00.5459-0.0634-0.0070.426-0.04710.4926-47.426-31.557853.7589
231.18420.01280.36021.6577-0.61851.31080.0167-0.13380.08820.2704-0.1312-0.2667-0.2110.1209-0.00020.5255-0.0735-0.02380.4193-0.07170.6085-38.7278-24.279351.184
240.89040.17270.5990.4940.05891.3205-0.04230.10610.20040.0313-0.14140.3747-0.3425-0.149300.6205-0.01650.06350.4263-0.01280.7548-51.3143-9.024744.052
250.59470.4457-0.08230.50810.23940.45220.0915-0.76820.09080.45520.10610.0451-0.05980.125300.99110.07140.05751.03040.00720.8978-49.0616-3.395258.0005
260.174-0.0090.16320.0884-0.00420.1687-0.0901-0.1944-0.0492-0.1934-0.0545-0.4599-0.4366-0.3426-01.5792-0.03080.12430.9836-0.20981.0065-43.268-2.606170.857
270.7625-0.08580.0091.44660.1661.29780.0684-0.11570.17450.18780.03290.3057-0.0288-0.2028-00.5091-0.02770.11780.5942-0.0090.789319.9043-35.532150.2875
281.03380.38620.04351.00860.58111.31390.0039-0.00250.22340.0883-0.13310.7355-0.0833-0.472-00.4955-0.00770.05570.7267-01.06775.4942-35.174743.7783
290.54520.0634-0.31960.6248-0.17890.70390.10380.1010.01830.1391-0.04970.69480.1864-0.13300.6365-0.1187-0.00320.69090.06831.04827.2442-57.314342.6313
300.2386-0.0044-0.0876-0.0065-0.01330.13710.4145-0.2211-0.04850.42460.17310.06710.2471-0.3666-0.00011.0692-0.13320.01121.2120.12691.0687-3.7123-51.547257.5516
310.1046-0.12110.11590.1518-0.13120.1298-0.19660.5520.5078-0.09360.0058-0.73550.4882-0.39390.01250.9137-0.22620.30161.45340.23581.3401-6.4974-45.635868.8927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 54 )A12 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 238 )A55 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 239 through 455 )A239 - 455
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 456 through 485 )A456 - 485
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 486 through 543 )A486 - 543
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 544 through 590 )A544 - 590
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 591 through 638 )A591 - 638
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 238 )B21 - 238
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 239 through 296 )B239 - 296
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 297 through 518 )B297 - 518
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 519 through 616 )B519 - 616
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 16 through 41 )C16 - 41
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 42 through 238 )C42 - 238
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 239 through 289 )C239 - 289
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 290 through 533 )C290 - 533
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 534 through 535 )C534 - 535
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 22 through 238 )D22 - 238
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 239 through 408 )D239 - 408
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 409 through 518 )D409 - 518
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 519 through 638 )D519 - 638
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 13 through 54 )E13 - 54
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 55 through 238 )E55 - 238
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 239 through 408 )E239 - 408
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 409 through 518 )E409 - 518
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 519 through 571 )E519 - 571
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 572 through 638 )E572 - 638
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 20 through 271 )F20 - 271
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 272 through 444 )F272 - 444
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 445 through 518 )F445 - 518
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 519 through 594 )F519 - 594
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 595 through 638 )F595 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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