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万見
- PDB-5iyw: Protruding domain of GII.4 human norovirus CHDC2094 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iyw
タイトルProtruding domain of GII.4 human norovirus CHDC2094 in complex with 3-fucosyllactose (3FL)
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral capsid protein / Protruding domain / Norovirus / Human milk oligosaccharides
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus Hu/GII.4/CHDC2094/1974/US (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Singh, B.K. / Hansman, G.S.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for GII.4 norovirus inhibition by human milk oligosaccharides.
著者: Singh, B.K. / Hansman, G.S.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7757
ポリマ－67,4852
非ポリマー1,2905
水15,079837
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.450, 107.110, 136.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1045-

HOH

21A-1093-

HOH

31B-1140-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33742.633 Da / 分子数: 2 / 断片: P DOMAIN (UNP residues 225-530) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/CHDC2094/1974/US (ウイルス)
プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0QJ68
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: Sodium citrate, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月23日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→43.67 Å / Num. obs: 128031 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 14.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.13
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.440.8651.41194
1.44-1.480.7441.71198.6
1.48-1.520.6142.06198.6
1.52-1.570.5162.48198.9
1.57-1.620.4233.06198.9
1.62-1.670.3413.74198.7
1.67-1.740.2824.41196.4
1.74-1.810.2155.95199.1
1.81-1.890.1757.23199.4
1.89-1.980.1558.6199.4
1.98-2.090.11311.78199.6
2.09-2.210.09913.28199.5
2.21-2.370.09214.49199.1
2.37-2.560.07716.3199.7
2.56-2.80.06618.34199.4
2.8-3.130.05620.56197.2
3.13-3.620.04625.3199.3
3.62-4.430.0427.12198.5
4.43-6.260.03729.2199.7
6.260.03728.73198

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.23 Å48.6 Å
Translation7.23 Å48.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IYN

5iyn


解像度: 1.41→43.669 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1714 6294 5 %
Rwork0.1395 --
obs0.1411 125855 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.43 Å2 / Biso mean: 19.4323 Å2 / Biso min: 9.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.41→43.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4719 0 87 837 5643
Biso mean--34.92 29.31 -
残基数----609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2216926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3681825
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.41-1.4260.30972080.23383947415599
1.426-1.44280.29792080.23863949415798
1.4428-1.46040.25352080.22223950415899
1.4604-1.47890.26582050.21783901410698
1.4789-1.49840.27212070.20083934414199
1.4984-1.51890.26552080.2123951415999
1.5189-1.54060.23552090.19613972418199
1.5406-1.56360.23892080.18993941414999
1.5636-1.5880.25112080.17523953416199
1.588-1.6140.22712090.16673980418999
1.614-1.64190.19542090.15483967417699
1.6419-1.67170.20022080.153948415699
1.6717-1.70390.19442040.14513878408297
1.7039-1.73870.17642040.13913868407296
1.7387-1.77650.18492090.12723982419199
1.7765-1.81780.16142100.12453985419599
1.8178-1.86330.1682090.12753965417499
1.8633-1.91360.15412110.1334017422899
1.9136-1.970.18672110.13813999421099
1.97-2.03350.14682100.126139894199100
2.0335-2.10620.17182110.127540224233100
2.1062-2.19050.13732120.124740154227100
2.1905-2.29020.17152100.12893990420099
2.2902-2.4110.15842120.1264045425799
2.411-2.5620.14082130.130540414254100
2.562-2.75980.16332120.136540214233100
2.7598-3.03750.17272110.13814009422098
3.0375-3.47680.16952120.13854034424699
3.4768-4.37980.15752140.12914061427599
4.3798-43.69030.1322240.12334247447199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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