PDB-5f4o: Protruding domain of GII.17 norovirus Kawasaki308

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f4o

タイトル

Protruding domain of GII.17 norovirus Kawasaki308

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Capsid protein / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Kawasaki308 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural Evolution of the Emerging 2014-2015 GII.17 Noroviruses.
著者: Singh, B.K. / Koromyslova, A. / Hefele, L. / Gurth, C. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f4o.cif.gz	355.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f4o.ent.gz	293.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f4o_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f4o_full_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示
XML形式データ	5f4o_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5f4o_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f4jC 5f4mSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wze-d 5hza-d 5iyr-d 3zho-1 5j35-d 4z4u-d 5bsy-d 3ony-2 4ops-d 3pvd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.720, 86.970, 97.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 530 / Label seq-ID: 1 - 307

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 34258.152 Da / 分子数: 2 / 断片: P DOMAIN (UNP residues 225-530) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Kawasaki308 (ウイルス) 遺伝子: VP1 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E4B1P1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Magnesium Chloride, PEG8000, Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月13日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8726 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→43.485 Å / Num. obs: 85727 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.81 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.971 / Net I/σ(I): 11.75 / Num. measured all: 333283

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.58-1.62		0.658	0.712	1.68	22565	6476	6176	0.826	95.4
1.62-1.66		0.761	0.578	2.13	23267	6322	6256	0.667	99
1.66-1.71		0.851	0.448	2.63	21964	6188	6067	0.519	98
1.71-1.77		0.923	0.32	3.72	22711	5967	5769	0.367	96.7
1.77-1.82		0.946	0.25	4.7	21532	5778	5553	0.286	96.1
1.82-1.89		0.961	0.214	5.61	21612	5662	5465	0.244	96.5
1.89-1.96		0.976	0.167	7.08	21595	5427	5333	0.19	98.3
1.96-2.04		0.984	0.134	8.78	20729	5221	5119	0.153	98
2.04-2.13		0.988	0.114	10.3	19690	5029	4925	0.129	97.9
2.13-2.23		0.992	0.095	12.06	18487	4800	4682	0.109	97.5
2.23-2.35		0.994	0.078	13.61	16703	4591	4455	0.09	97
2.35-2.5		0.996	0.071	14.99	16129	4345	4163	0.081	95.8
2.5-2.67		0.996	0.064	17.05	14998	4087	3820	0.073	93.5
2.67-2.88		0.997	0.053	20.31	14910	3832	3661	0.061	95.5
2.88-3.16		0.998	0.045	24.42	13883	3526	3407	0.051	96.6
3.16-3.53		0.998	0.036	29.29	12389	3208	3077	0.041	95.9
3.53-4.08		0.999	0.03	32.6	10577	2854	2720	0.035	95.3
4.08-4.99		0.999	0.027	34.18	8525	2440	2282	0.031	93.5
4.99-7.06		0.999	0.03	33.43	6930	1912	1755	0.034	91.8
	7.06	0.999	0.026	36.67	4087	1142	1042	0.03	91.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.24 Å	43.48 Å
Translation	7.24 Å	43.48 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F4M

5f4m

解像度: 1.59→43.485 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	4207	5 %
R_work	0.1514	79922	-
obs	0.1526	84129	96.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.16 Å² / B_iso mean: 23.4047 Å² / B_iso min: 10.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.59→43.485 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4759	0	38	563	5360
B_iso mean	-	-	29.13	28.33	-
残基数	-	-	-	-	610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.189	6814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	729
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.592	1815

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3516	X-RAY DIFFRACTION	5.786	TORSIONAL
1	2	B	3516	X-RAY DIFFRACTION	5.786	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.59-1.6081	0.2886	141	0.266	2684	2825	99
1.6081-1.627	0.2652	142	0.2474	2693	2835	99
1.627-1.6468	0.2385	143	0.2286	2718	2861	99
1.6468-1.6677	0.2719	141	0.2254	2668	2809	99
1.6677-1.6896	0.2767	139	0.2168	2674	2813	98
1.6896-1.7128	0.2451	141	0.199	2675	2816	98
1.7128-1.7372	0.2049	138	0.1872	2620	2758	97
1.7372-1.7632	0.2144	139	0.1788	2647	2786	97
1.7632-1.7907	0.1997	138	0.1688	2629	2767	97
1.7907-1.8201	0.2127	137	0.1661	2611	2748	95
1.8201-1.8515	0.2186	135	0.1614	2569	2704	94
1.8515-1.8851	0.1658	142	0.1531	2685	2827	98
1.8851-1.9214	0.208	141	0.1468	2688	2829	98
1.9214-1.9606	0.143	142	0.138	2684	2826	98
1.9606-2.0032	0.1555	140	0.1368	2673	2813	98
2.0032-2.0498	0.1722	142	0.1378	2679	2821	98
2.0498-2.1011	0.1702	141	0.1399	2695	2836	98
2.1011-2.1579	0.188	140	0.1429	2679	2819	98
2.1579-2.2214	0.1571	142	0.1352	2685	2827	98
2.2214-2.2931	0.1671	141	0.1354	2680	2821	97
2.2931-2.3751	0.1584	139	0.1362	2647	2786	97
2.3751-2.4701	0.1623	139	0.14	2645	2784	96
2.4701-2.5826	0.1805	137	0.1475	2599	2736	95
2.5826-2.7187	0.1818	136	0.1474	2578	2714	92
2.7187-2.889	0.1799	140	0.1509	2658	2798	97
2.889-3.112	0.1513	142	0.1479	2699	2841	97
3.112-3.4251	0.1759	142	0.1485	2694	2836	96
3.4251-3.9204	0.1515	141	0.1476	2670	2811	95
3.9204-4.9382	0.1303	140	0.1264	2668	2808	94
4.9382-43.5012	0.1809	146	0.1567	2728	2874	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0171	0.3745	0.1588	0.8579	0.3964	0.7181	0.0497	-0.0294	0.0968	-0.0178	-0.1095	0.1349	-0.0668	-0.1177	0.0752	0.1305	0.0172	0.0014	0.1338	-0.0243	0.1605	26.6322	4.3021	-6.4266
2	1.1023	-0.0884	0.0104	1.3767	0.5852	0.7433	0.0224	0.1087	0.1873	-0.17	-0.1048	0.1414	-0.1595	-0.1505	0.0679	0.153	0.0386	-0.0249	0.1479	-0.009	0.16	23.2535	7.1993	-16.3071
3	0.9549	0.1522	0.1379	1.0503	0.4143	1.314	0.0917	-0.2727	0.2966	0.1513	-0.1202	0.0383	-0.1631	-0.0003	-0.002	0.1873	-0.0447	0.0245	0.1856	-0.0837	0.2236	37.2427	18.0224	7.5438
4	1.5537	-0.1998	-0.4656	1.2971	-0.4599	1.6051	0.0535	-0.1763	-0.0017	0.0669	-0.0398	0.0447	-0.0538	0.0309	-0.0567	0.124	-0.0276	-0.0091	0.1334	0.0035	0.1414	34.9085	-8.1429	5.1564
5	1.4754	0.4257	-0.5268	0.9405	-0.685	1.3085	0.0511	0.0222	-0.0004	-0.0337	-0.0807	-0.1433	-0.0125	0.1196	0.0595	0.1264	0.0086	0.0076	0.1344	0.0112	0.1547	50.5029	-5.189	-7.2776
6	1.0032	0.1229	0.4255	1.6595	-0.6605	1.0016	0.0412	0.0814	0.0652	-0.051	-0.0841	-0.0531	-0.0254	0.0791	0.0482	0.1131	0.0208	0.0341	0.1293	0.0112	0.1032	47.4374	2.6275	-16.1188
7	1.0549	-0.009	-0.0264	1.2272	-0.5643	0.8449	0.0596	0.1082	-0.0626	-0.1288	-0.1006	-0.0719	0.0666	0.1155	0.0365	0.1445	0.0264	0.0159	0.1536	0.004	0.1203	49.7374	-7.7845	-16.4024
8	0.7109	0.0783	0.13	0.6192	-0.2264	1.6333	0.0663	-0.0912	-0.1341	0.0104	-0.0672	-0.0644	0.0827	0.0251	-0.0061	0.1117	-0.0145	-0.0126	0.1291	0.0185	0.1538	38.4476	-15.007	0.5928
9	2.3591	0.1145	0.7058	1.682	-0.5031	2.1155	0.0981	-0.3859	-0.0445	0.258	-0.0091	0.4364	-0.1137	-0.1717	-0.0411	0.2165	-0.0514	0.0124	0.2748	0.0615	0.231	34.1778	-14.9448	16.709
10	1.3321	-0.7309	-0.0984	1.7219	-0.281	1.8698	0.0742	-0.0959	-0.2009	-0.0663	-0.0282	0.3007	0.1553	-0.0999	-0.0439	0.1694	-0.0626	-0.024	0.1837	0.0595	0.2621	33.516	-21.3313	8.1753
11	1.6962	-0.0158	0.9333	1.999	-0.5919	2.6825	-0.0818	-0.3576	-0.3014	0.1727	0.0471	0.0679	0.0588	0.0402	-0.0372	0.1915	-0.0703	0.0148	0.301	0.0942	0.2448	36.5113	-20.862	17.2664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 347 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 348 through 422 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 423 through 530 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 224 through 247 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 248 through 319 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 320 through 347 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 348 through 422 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 423 through 464 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 465 through 484 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 485 through 513 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 514 through 530 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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