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- PDB-7kd6: Insulin Receptor L1-CR plus alphaCT fragment in co-complex with F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kd6
タイトルInsulin Receptor L1-CR plus alphaCT fragment in co-complex with Fv 83-7 and single-chain insulin SCI-b
要素
  • (Insulin receptor ...) x 2
  • Fv 83-7 Heavy chain
  • Fv 83-7 Light chain
  • Single-chain Insulin SCI-b
キーワードSIGNALING PROTEIN / Insulin receptor Single-chain insulin Antibody Fv module Insulin micro-receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / exocrine pancreas development / positive regulation of protein-containing complex disassembly / dendritic spine maintenance ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / exocrine pancreas development / positive regulation of protein-containing complex disassembly / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / insulin binding / neuronal cell body membrane / adrenal gland development / PTB domain binding / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / regulation of embryonic development / positive regulation of receptor internalization / protein kinase activator activity / insulin receptor substrate binding / epidermis development / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / phosphatidylinositol 3-kinase binding / transport across blood-brain barrier / heart morphogenesis / activation of protein kinase B activity / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / dendrite membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of glycolytic process / learning / positive regulation of D-glucose import / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / caveola / receptor internalization / memory / cellular response to insulin stimulus / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / late endosome / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / positive regulation of protein phosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / symbiont entry into host cell / axon / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Menting, J.G.
資金援助 オーストラリア, 米国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058233 オーストラリア
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK040949 米国
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2022
タイトル: Single-chain insulin analogs threaded by the insulin receptor alpha CT domain.
著者: Smith, N.A. / Menting, J.G. / Weiss, M.A. / Lawrence, M.C. / Smith, B.J.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Single-chain Insulin SCI-b
C: Fv 83-7 Heavy chain
D: Fv 83-7 Light chain
E: Insulin receptor subunit alpha
F: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
H: Single-chain Insulin SCI-b
I: Fv 83-7 Heavy chain
J: Fv 83-7 Light chain
K: Insulin receptor subunit alpha
L: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
N: Single-chain Insulin SCI-b
O: Fv 83-7 Heavy chain
P: Fv 83-7 Light chain
Q: Insulin receptor subunit alpha
R: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
T: Single-chain Insulin SCI-b
U: Fv 83-7 Heavy chain
V: Fv 83-7 Light chain
W: Insulin receptor subunit alpha
X: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,39045
ポリマ－286,77020
非ポリマー8,62025
水2,972165
1
B: Single-chain Insulin SCI-b
C: Fv 83-7 Heavy chain
D: Fv 83-7 Light chain
E: Insulin receptor subunit alpha
F: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,56212
ポリマ－71,6925
非ポリマー2,8707
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Single-chain Insulin SCI-b
I: Fv 83-7 Heavy chain
J: Fv 83-7 Light chain
K: Insulin receptor subunit alpha
L: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,60911
ポリマ－71,6925
非ポリマー1,9176
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: Single-chain Insulin SCI-b
O: Fv 83-7 Heavy chain
P: Fv 83-7 Light chain
Q: Insulin receptor subunit alpha
R: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,60911
ポリマ－71,6925
非ポリマー1,9176
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
T: Single-chain Insulin SCI-b
U: Fv 83-7 Heavy chain
V: Fv 83-7 Light chain
W: Insulin receptor subunit alpha
X: Insulin receptor isoform A alphaCT peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,60911
ポリマ－71,6925
非ポリマー1,9176
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.670, 128.430, 148.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BHNT

#1: タンパク質
Single-chain Insulin SCI-b


分子量: 6515.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Single-chain insulin SCI-b / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)

-
Insulin receptor ... , 2種, 8分子 EKQWFLRX

#4: タンパク質
Insulin receptor subunit alpha / IR


分子量: 36231.762 Da / 分子数: 4 / Mutation: Y171H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / プラスミド: pEE14 / 細胞株 (発現宿主): Lec 8 mutant / 器官 (発現宿主): Ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase
#5: タンパク質・ペプチド
Insulin receptor isoform A alphaCT peptide


分子量: 1922.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: receptor protein-tyrosine kinase

-
抗体 , 2種, 8分子 CIOUDJPV

#2: 抗体
Fv 83-7 Heavy chain


分子量: 13655.276 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus brevis (バクテリア)
#3: 抗体
Fv 83-7 Light chain


分子量: 13367.913 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus brevis (バクテリア)

-
糖 , 4種, 20分子

#6: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 170分子

#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate (NaSCN), 0.02% sodium azide (NaN3)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.67 Å / Num. obs: 112001 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 3.32 / Num. unique obs: 11764 / CC1/2: 0.168

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OGA

4oga


解像度: 2.6→45.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.341 / SU Rfree Blow DPI: 0.231 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 5626 5.08 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 110844 98.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 210.94 Å2 / Biso mean: 87.37 Å2 / Biso min: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4735 Å20 Å21.5052 Å2
2---17.8071 Å20 Å2
3---16.3336 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18341 0 561 165 19067
Biso mean--119.48 50.06 -
残基数----2324
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6731SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3224HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19441HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2593SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20835SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19441HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26446HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.04
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3187 112 5.05 %
Rwork0.253 2105 -
all0.2564 2217 -
obs--75.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40370.82090.07980.9635-2.00146.3733-0.0341-0.5144-0.17880.43260.0167-0.17260.1294-0.04270.0174-0.02830.09130.04420.3062-0.1406-0.3069110.914410.491648.4304
22.622-0.2048-1.06680.85510.28323.46690.03720.320.14750.147-0.084-0.0444-0.10340.21770.0468-0.22460.00930.05110.2757-0.0194-0.0919137.6726-1.7476-13.3335
34.49921.35081.25032.30511.26174.46460.09680.3691-0.34180.0985-0.09480.39980.5378-0.5504-0.002-0.2791-0.05240.09440.2035-0.0575-0.0886118.3892-12.069-14.8227
41.4672-0.8866-0.80041.35510.90662.4153-0.03350.08310.19190.0756-0.10730.0525-0.02140.0160.1408-0.198-0.0290.09060.1217-0.056-0.1633113.156810.872918.7054
5-0.0007-3.74970.10640-0.59465.9553-0.005-0.0571-0.0949-0.12520.1145-0.20160.1535-0.0115-0.10950.1625-0.00760.09760.1251-0.0119-0.2251110.43016.977639.3007
65.19510.41230.58313.1454-1.65568.3164-0.01780.3133-0.4538-0.22690.17730.1152-0.1239-0.2584-0.1595-0.0192-0.14190.14920.27460.0918-0.307386.99397.2665-99.0027
72.97540.3589-0.31871.29530.73173.87320.01780.1328-0.0158-0.2129-0.23330.0564-0.086-0.47040.2155-0.18620.00520.02520.1665-0.002-0.081368.0702-11.0675-35.6082
84.3183-1.39650.45362.3195-1.41114.12350.136-0.0882-0.1435-0.2658-0.17-0.77090.21140.59130.0341-0.27990.01070.11870.08580.04480.024688.5291-18.176-36.1181
91.13971.5376-1.91362.9964-2.28084.7720.02340.02280.1268-0.2748-0.0353-0.0282-0.2106-0.21660.0119-0.09040.12620.1632-0.03670.0871-0.323586.25396.4193-68.8658
100.11160.0026-3.45930.9396-0.57574.6373-0.00770.036-0.178-0.03640.08580.1270.102-0.0124-0.07810.2464-0.14260.28640.0296-0.0091-0.232689.29913.2639-90.8301
113.1336-1.9414-1.82630.0744-0.51259.27090.0683-0.3850.14540.17070.13010.21640.09290.0849-0.19840.30560.0108-0.28180.25030.0678-0.34394.9352-16.507548.7803
123.43860.16421.64670.55650.34154.1074-0.1202-0.24010.37840.1333-0.06750.0449-0.1665-0.35570.1877-0.2437-0.0105-0.00890.2614-0.0505-0.099668.7741-2.5897-13.1927
134.73931.4361.47382.9677-1.42597.4511-0.24170.48480.42210.1359-0.0676-0.5595-0.78760.8490.3093-0.3406-0.2035-0.09450.35910.0123-0.040788.257.2549-14.4553
142.0615-0.35471.61931.82560.154.34570.3074-0.1622-0.23470.6158-0.1771-0.35250.9888-0.4108-0.1303-0.0118-0.1074-0.2774-0.09360.0123-0.314892.8428-16.821918.4077
15-0.0199-2.29383.15080.4583-0.00995.3787-0.0054-0.0610.14590.04440.05150.1914-0.0718-0.0311-0.04610.3679-0.0248-0.30180.0868-0.004-0.318495.937-12.881439.5389
161.18280.0837-2.10592.0911.09296.4446-0.01980.11360.3051-0.4209-0.0540.12890.18090.26360.07380.20650.0915-0.2010.3715-0.0688-0.3955119.2989-14.7131-99.0958
173.49471.16241.91152.60640.62174.4479-0.32130.53590.3855-0.49130.03950.0507-0.31870.72450.2818-0.2775-0.1139-0.02920.40120.1007-0.282138.47836.6578-36.1811
183.9621-0.9693-0.17623.81312.55544.7852-0.15250.19420.509-0.8227-0.24811.0859-0.6863-0.03230.4006-0.33610.0046-0.30570.06790.09270.1969118.368414.2668-36.8717
191.84371.23022.98082.14342.29318.519-0.14940.2985-0.0034-0.1561-0.27560.27170.28750.8820.425-0.08740.0993-0.1360.08380.0009-0.3843119.0959-12.3593-67.8869
200.3871-0.37833.77920.306-2.08255.0154-0.00570.08010.1318-0.0239-0.003-0.0362-0.03850.08020.00870.3482-0.1445-0.30180.1576-0.006-0.3444116.7985-9.9681-90.0496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|1 - B|57 }B1 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|0 - C|123 }C0 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|-2 - D|113 }D-2 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|6 - E|310 }E6 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|704 - F|718 }F704 - 718
6X-RAY DIFFRACTION6{ H|1 - H|57 }H1 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7{ I|0 - I|122 }I0 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8{ J|-1 - J|113 }J-1 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9{ K|5 - K|303 }K5 - 303
10X-RAY DIFFRACTION10{ L|704 - L|718 }L704 - 718
11X-RAY DIFFRACTION11{ N|1 - N|57 }N1 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12{ O|0 - O|123 }O0 - 123
13X-RAY DIFFRACTION13{ P|-2 - P|112 }P-2 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14{ Q|5 - Q|310 }Q5 - 310
15X-RAY DIFFRACTION15{ R|704 - R|718 }R704 - 718
16X-RAY DIFFRACTION16{ T|1 - T|57 }T1 - 57
17X-RAY DIFFRACTION17{ U|0 - U|119 }U0 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18{ V|-1 - V|112 }V-1 - 112
19X-RAY DIFFRACTION19{ W|3 - W|303 }W3 - 303
20X-RAY DIFFRACTION20{ X|704 - X|717 }X704 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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